6v8r

Proteinase K Determined by MicroED Phased by ARCIMBOLDO_SHREDDER

Method: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY Dmax: 52.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Proteinase K

Parengyodontium album

UniProt P06873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 106–384 未记录 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 1.60 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 256 个其他 PDB 条目、256 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRTK_PARAQ
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–279; UniProt 106–384

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6v8r

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6v8r
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6v8r
沉积日期 deposition_date2019-12-11
结构标题 titleProteinase K Determined by MicroED Phased by ARCIMBOLDO_SHREDDER
关键词 keywordsARCIMBOLDO, MicroED, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON CRYSTALLOGRAPHY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.46
零角强度 I(0) i016462500.00
分子量 molecular_weight29016.0 kDa
排除体积 excluded_volume35528 ų
包络体积 envelope_volume37308 ų
水化壳体积 shell_volume18274 ų
包络直径 envelope_diameter53.8
壳层 Rg shell_rg23.24
包络 Rg envelope_rg16.80
形状 Rg shape_rg16.49
总 Rg total_rg17.29
总原子数 total_atoms2034
残基数 n_residues279
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.3
Rg (实空间) rg_real17.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.19
I(0) (实空间) i0_real1.6460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0780e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.43
I(0) (倒空间) i0_reciprocal16460000.0000
解质量估计 total_estimate0.9029
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness0.040
峰度 Kurtosis kurtosis-0.509
角度范围 angular_range— – 0.4550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4372000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.928; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.973

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6v8ra_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamilyc.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family familyc.41.1.1 — Subtilases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)