6v8w

CDYL2 chromodomain in complex with a synthetic peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromodomain Y-like protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 3	与蛋白数一致
10	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
11	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
12	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
13	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
14	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 2	与蛋白数一致
15	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
16	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
17	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
18	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
19	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
20	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
21	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
22	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
23	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
24	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
25	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
26	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 2	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 4	与蛋白数一致
7	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
8	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致
9	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2 × 1 UNKNOWN LIGAND × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDYL2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 B； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 C； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 D； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 E； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 F； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 G； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 H； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 I； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 J； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 K； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 L； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 M； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 N； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 O； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 P； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 Q； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 R； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 S； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 T； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 U； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 V； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 W； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 X； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 Y； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62 作者链 Z； PDB构建体 2–62； UniProt 2–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6v8w
沉积日期 deposition_date	2019-12-12
结构标题 title	CDYL2 chromodomain in complex with a synthetic peptide
关键词 keywords	chromodomain, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6v8w__assembly_16__model_1

Assembly 16 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6v8w__assembly_16__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6v8w__assembly_16__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	13.29 Å
Rg（电子密度）	12.35 Å
总 Rg	13.71 Å
原子数	469
残基数	54
排除体积	8353 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6v8w__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`6v8w__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6v8w__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
4	1	`6v8w__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
5	1	`6v8w__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`6v8w__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
7	1	`6v8w__assembly_7__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
8	1	`6v8w__assembly_8__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
9	1	`6v8w__assembly_9__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
10	1	`6v8w__assembly_10__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
11	1	`6v8w__assembly_11__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
12	1	`6v8w__assembly_12__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
13	1	`6v8w__assembly_13__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
14	1	`6v8w__assembly_14__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
15	1	`6v8w__assembly_15__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
16	1	`6v8w__assembly_16__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
17	1	`6v8w__assembly_17__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
18	1	`6v8w__assembly_18__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
19	1	`6v8w__assembly_19__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
20	1	`6v8w__assembly_20__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
21	1	`6v8w__assembly_21__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
22	1	`6v8w__assembly_22__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
23	1	`6v8w__assembly_23__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
24	1	`6v8w__assembly_24__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
25	1	`6v8w__assembly_25__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
26	1	`6v8w__assembly_26__model_1`	dimeric （2）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chromodomain Y-like protein 2
分子量 formula_weight	7451.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	26

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z
原子数 atom_count	12251

GASGDLYEVERIVDKRKNKKGKWEYLIRWKGYGSTEDTWEPEHHLLHCEEFIDEFNGLHMSK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	IVA-PHE-ALA-PHE-5T3-SER-NH2
分子量 formula_weight	750.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	26

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AA,BB,CC,DD,EE,FF,GG,HH,II,JJ,KK,LL,MM,NN,OO,PP,QQ,RR,SS,TT,UU,VV,WW,XX,YY,ZZ

XFAFXSX

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

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晶胞边长 a length_a	88.840 Å
晶胞边长 b length_b	82.160 Å
晶胞边长 c length_c	128.630 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	97.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	52

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	36.250 Å
R 因子 r_factor	0.2077
R_work r_work	0.2045
R_free r_free	0.2705

CDYL2 chromodomain in complex with a synthetic peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromodomain Y-like protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6v8w__assembly_16__model_1

6v8w__assembly_16__model_1 | I(q)

6v8w__assembly_16__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

CDYL2 chromodomain in complex with a synthetic peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromodomain Y-like protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6v8w__assembly_16__model_1

6v8w__assembly_16__model_1 | I(q)

6v8w__assembly_16__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)