SAXSdb — 6vaa

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fanconi anemia, complementation group I

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 4	Fanconi anemia group D2 protein × 1 （Q9BXW9） DNA (26-MER) × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B7ZMF2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1328； UniProt 1–1328

Fanconi anemia group D2 protein

Homo sapiens

UniProt Q9BXW9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 4	Fanconi anemia, complementation group I × 1 （B7ZMF2） DNA (26-MER) × 1 ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTP*T)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FACD2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1451； UniProt 1–1451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vaa
沉积日期 deposition_date	2019-12-17
结构标题 title	Structure of the Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA
关键词 keywords	DNA repair, DNA BINDING PROTEIN, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vaa__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vaa__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vaa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.15 Å
Rg（电子密度）	52.37 Å
总 Rg	52.37 Å
原子数	40016
残基数	2396
排除体积	357710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vaa__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fanconi anemia, complementation group I
分子量 formula_weight	149566.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	40016

MDQKILSLAAEKTADKLQEFLQTLREGDLTNLLQNQAVKGKVAGALLRAIFKGSPCSEEAGTLRRRKIYTCCIQLVESGDLQKEIVSEIIGLLMLEAHHFPGPLLVELANEFISAVREGSLVNGKSLELLPIILTVLATKKENLAYGKGVLSGEECKKQLINTLCSGRWDQQYVIQLTSMFKDVPLTAEEVEFVVEKALSMFSKMNLQEIPPLVYQLLVLSSKGSRKSVLEGIIAFFSALDKQHNEEQSGDELLDVVTVPSGELRHVEGTIILHIVFAIKLDYELGRELVKHLKVGQQGDSNNNLSPFSIALLLSVTRIQRFQDQVLDLLKTSVVKSFKDLQLLQGSKFLQNLVPHRSYVSTMILEVVKNSVHSWDHVTQGLVELGFILMDSYGPKKVLDGKTIETSPSLSRMPNQHACKLGANILLETFKIHEMIRQEILEQVLNRVVTRASSPISHFLDLLSNIVMYAPLVLQNCSSKVTEAFDYLSFLPLQTVQRLLKAVQPLLKVSMSMRDCLILVLRKAMFANQLDARKSAVAGFLLLLKNFKVLGSLSSSQCSQSLSVSQVHVDVHSHYNSVANETFCLEIMDSLRRCLSQQADVRLMLYEGFYDVLRRNSQLANSVMQTLLSQLKQFYEPEPDLLPPLKLEACILTQGDQISLQEPLDYLLCCIQHCLAWYKNTVIPLQQGEEEEEEEEAFYEDLDDILESITNRMIKSELEDFELDKSADFSQSTSIGIKNNISAFLVMGVCEVLIEYNFSISSFSKNRFEDILSLFMCYKKLSDILNEKAGKAKTKMANKTSDSLLSMKFVSSLLTALFRDSIQSHQESLSVLRSSNEFMRYAVNVALQKVQQLKETGHVSGPDGQNPEKIFQNLCDLTRVLLWRYTSIPTSVEESGKKEKGKSISLLCLEGLQKIFSAVQQFYQPKIQQFLRALDVTDKEGEEREDADVSVTQRTAFQIRQFQRSLLNLLSSQEEDFNSKEALLLVTVLTSLSKLLEPSSPQFVQMLSWTSKICKENSREDALFCKSLMNLLFSLHVSYKSPVILLRDLSQDIHGHLGDIDQDVEVEKTNHFAIVNLRTAAPTVCLLVLSQAEKVLEEVDWLITKLKGQVSQETLSEEASSQATLPNQPVEKAIIMQLGTLLTFFHELVQTALPSGSCVDTLLKDLCKMYTTLTALVRYYLQVCQSSGGIPKNMEKLVKLSGSHLTPLCYSFISYVQNKSKSLNYTGEKKEKPAVVATAMARVLRETKPIPNLIFAIEQYEKFLIHLSKKSKVSLMQHMKLSTSRDFKIKGNILDMVLREDGEDENEEGTASEHGGQNKEPAKKKRKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fanconi anemia group D2 protein
分子量 formula_weight	164314.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVSKRRLSKSEDKESLTEDASKTRKQPLSKKTKKSHIANEVEENDSIFVKLLKISGIILKTGESQNQLAVDQIAFQKKLFQTLRRHPSYPKIIEEFVSGLESYIEDEDSFRNCLLSCERLQDEEASMGASYSKSLIKLLLGIDILQPAIIKTLFEKLPEYFFENKNSDEINIPRLIVSQLKWLDRVVDGKDLTTKIMQLISIAPENLQHDIITSLPEILGDSQHADVGKELSDLLIENTSLTVPILDVLSSLRLDPNFLLKVRQLVMDKLSSIRLEDLPVIIKFILHSVTAMDTLEVISELREKLDLQHCVLPSRLQASQVKLKSKGRASSSGNQESSGQSCIILLFDVIKSAIRYEKTISEAWIKAIENTASVSEHKVFDLVMLFIIYSTNTQTKKYIDRVLRNKIRSGCIQEQLLQSTFSVHYLVLKDMCSSILSLAQSLLHSLDQSIISFGSLLYKYAFKFFDTYCQQEVVGALVTHICSGNEAEVDTALDVLLELVVLNPSAMMMNAVFVKGILDYLDNISPQQIRKLFYVLSTLAFSKQNEASSHIQDDMHLVIRKQLSSTVFKYKLIGIIGAVTMAGIMAADRSESPSLTQERANLSDEQCTQVTSLLQLVHSCSEQSPQASALYYDEFANLIQHEKLDPKALEWVGQTICNDFQDAFVVDSCVVPEGDFPFPVKALYGLEEYDTQNGIAINLLPLLFSQDFAKDGGPVTSQESGQKLVSPLCLAPYFRLLRLCVERQHNGNLEEIDGLLDCPIFLTDLEPGEKLESMSAKERSFMCSLIFLTLNWFREIVNAFCQETSPEMKGKVLTRLKHIVELQIILEKYLAVTPDYVPPLGNFDVETLDITPHTVTAISAKIRKKGKIERKQKTDGSKTSSSDTLSEEKNSECDPTPSHRGQLNKEFTGKEEKTSLLLHNSHAFFRELDIEVFSILHCGLVTKFILDTEMHTEATEVVQLGPPELLFLLEDLSQKLESMLTPPIARRVPFLKNKGSRNIGFSHLQQRSAQEIVHCVFQLLTPMCNHLENIHNYFQCLAAENHGVVDGPGVKVQEYHIMSSCYQRLLQIFHGLFAWSGFSQPENQNLLYSALHVLSSRLKQGEHSQPLEELLSQSVHYLQNFHQSIPSFQCALYLIRLLMVILEKSTASAQNKEKIASLARQFLCRVWPSGDKEKSNISNDQLHALLCIYLEHTESILKAIEEIAGVGVPELINSPKDASSSTFPTLTRHTFVVFFRVMMAELEKTVKKIEPGTAADSQQIHEEKLLYWNMAVRDFSILINLIKVFDSHPVLHVCLKYGRLFVEAFLKQCMPLLDFSFRKHREDVLSLLETFQLDTRLLHHLCGHSKIHQDTRLTQHVPLLKKTLELLVCRVKAMLTLNNCREAFWLGNLKNRDLQGEEIKSQNSQESTADESEDDMSSQASKSKATEDGEEDEVSAGEKEQDSDESYDDSD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (26-MER)
分子量 formula_weight	8411.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W

AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5430.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	X

TTTTTTTTTTTTTTTTTT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAPAP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	4653.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Y

AAAAAAAAAAAAAAA

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	4822.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	Z

TTTTTTTTTTTTTTTT

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	3.400 Å
R 因子 r_factor	0.3425
R_work r_work	0.3425
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	231943

Structure of the Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fanconi anemia, complementation group I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Fanconi anemia group D2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vaa__assembly_1__model_1

6vaa__assembly_1__model_1 | I(q)

6vaa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the Fanconi Anemia ID complex bound to ICL DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fanconi anemia, complementation group I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Fanconi anemia group D2 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vaa__assembly_1__model_1

6vaa__assembly_1__model_1 | I(q)

6vaa__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)