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6vbc

Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable peptidoglycan D,D-transpeptidase PenA

Neisseria gonorrhoeae

UniProt F2Z7K9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 237–575 未记录 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.3；291 K；40% PEG 600, 0.1 M CHES 分辨率 1.55 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6VBC Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6VBD Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041 acylated by ceftriaxone 提交 2019-12-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 CEF CEFOTAXIME, C3' cleaved, open, bound form × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.3；291 K；40% PEG 600, 0.1M CHES
分辨率 1.80 Å R-free 0.195
8VBZ Crystal structure of the transpeptidase domain of a S310A mutant of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae strain H041 提交 2023-12-13 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；32-40% PEG 600, 0.1 M CHES
分辨率 1.90 Å R-free 0.211
8VEN Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041 in complex with cefoperazone 提交 2023-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 A1ADP (2R,4R)-2-[(1R)-1-{[(2R)-2-[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazine-1-carbonyl)amino]-2-(4-hydroxyphenyl)acetyl]amino}-2-oxoethyl]-5-methylidene-1,3-thiazinane-4-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；32-40% PEG 600, 0.1 M CHES
分辨率 1.80 Å R-free 0.201
8VEP Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041 acylated by piperacillin 提交 2023-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 JPP Piperacillin (Open Form) × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.8；291 K；32-40% PEG 600, 0.1 M CHES
分辨率 2.00 Å R-free 0.206
8VEQ Crystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041 in complex with azlocillin 提交 2023-12-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 59H (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-[(1R)-2-oxo-1-{[(2R)-2-{[(2-oxoimidazolidin-1-yl)carbonyl]amino}-2-phenylacetyl]amino}ethyl]-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.8；291 K；32-40% PEG 600, 0.1 M CHES
分辨率 2.40 Å R-free 0.250
9OSK Crystal structure of the transpeptidase domain of a Y422A mutant of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae strain H041 提交 2025-05-24 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
突变：Y422A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.253
9OSL Crystal structure of the transpeptidase domain of a Y422A mutant of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae strain H041 acylated by ceftriaxone 提交 2025-05-24 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å R-free 0.243
9Z5T Crystal structure of the transpeptidase domain of PBP2 from the Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041 in complex with boronate inhibitor VNRX-14079 提交 2025-11-12 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 237–575（339 aa）
未记录 A1C02 (3R)-7-fluoro-3-{[(2R)-2-(3-fluoro-4-phosphonophenyl)-2-{[3-(methanesulfonyl)-2-oxoimidazolidine-1-carbonyl]amino}acetyl]amino}-2-hydroxy-3,4-dihydro-2H-1,2-benzoxaborinine-8-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.3；291 K；40% PEG 600, 0.1 M CHES
分辨率 2.10 Å R-free 0.236

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F2Z7K9_NEIGO
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–330； UniProt 237–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6vbc

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6vbc
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6vbc
沉积日期 deposition_date2019-12-18
结构标题 titleCrystal structure of transpeptidase domain of PBP2 from Neisseria gonorrhoeae cephalosporin-resistant strain H041
关键词 keywordsPENICILLIN-BINDING PROTEIN, ANTIBIOTIC RESISTANCE, TRANSPEPTIDASE DOMAIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.41 Å
零角强度 I(0) i019920400.00
分子量 molecular_weight34839.0 kDa
排除体积 excluded_volume44024 ų
包络体积 envelope_volume49070 ų
水化壳体积 shell_volume21533 ų
包络直径 envelope_diameter59.0 Å
壳层 Rg shell_rg25.45 Å
包络 Rg envelope_rg18.72 Å
形状 Rg shape_rg18.42 Å
总 Rg total_rg19.34 Å
总原子数 total_atoms2453
残基数 n_residues324
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.5 Å
Rg (实空间) rg_real19.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.21 Å
I(0) (实空间) i0_real1.9920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1540e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal19920000.0000
解质量估计 total_estimate0.8975
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.0 Å
偏度 Skewness skewness0.073
峰度 Kurtosis kurtosis-0.450
角度范围 angular_range— – 0.4100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6045000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.981; Smooth: 0.987
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6vbca1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.3 — beta-lactamase/transpeptidase-like
超家族 Superfamily superfamilye.3.1 — beta-lactamase/transpeptidase-like
家族 Family familye.3.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd6vbca2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6vbcA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Beta-lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DD-peptidase/beta-lactamase superfamily
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)