SAXSdb — 6vj5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PE-PGRS family protein PE25

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PPE family protein PPE41 × 1 （Q79FE1） ESX-5 secretion-associated protein EspG5 × 1 （B2HSU5） CHLORIDE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PE25_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–101； UniProt 1–99

PPE family protein PPE41

Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)

UniProt Q79FE1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PE-PGRS family protein PE25 × 1 （I6X486） ESX-5 secretion-associated protein EspG5 × 1 （B2HSU5） CHLORIDE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PPE41_MYCTU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–194； UniProt 1–194

ESX-5 secretion-associated protein EspG5

Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M)

UniProt B2HSU5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	PE-PGRS family protein PE25 × 1 （I6X486） PPE family protein PPE41 × 1 （Q79FE1） CHLORIDE ION × 2 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ESPG5_MYCMM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vj5
沉积日期 deposition_date	2020-01-14
结构标题 title	Structure of PE25-PPE41(A124L) in complex with EspG5 chaperone from the type VII (ESX-5) secretion system
关键词 keywords	chaperone, protein secretion, mycobacteria, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vj5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vj5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.22 Å
Rg（电子密度）	36.23 Å
总 Rg	36.32 Å
原子数	8362
残基数	545
排除体积	74609 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vj5__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PE-PGRS family protein PE25
分子量 formula_weight	10894.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8571

GHMSFVITNPEALTVAATEVRRIRDRAIQSDAQVAPMTTAVRPPAADLVSEKAATFLVEYARKYRQTIAAAAVVLEEFAHALTTGADKYATAEADNIKTFS

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PPE family protein PPE41
分子量 formula_weight	22005.8 kDa
突变 mutation	A124L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHFEAYPPEVNSANIYAGPGPDSMLAAARAWRSLDVEMTAVQRSFNRTLLSLMDAWAGPVVMQLMEAAKPFVRWLTDLCVQLSEVERQIHEIVRAYEWAHHDMVPLAQIYNNRAERQILIDNNLLGQFTAQIADLDQEYDDFWDEDGEVMRDYRLRVSDALSKLTPWKAPPPIAHSTVLVAPVSPSTASSRTDT

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83332
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ESX-5 secretion-associated protein EspG5
分子量 formula_weight	32384.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MDQQSTRTDITVNVDGFWMLQALLDIRHVAPELRCRPYVSTDSNDWLNEHPGMAVMREQGIVVGDTVNEQVAARMRVLAAPDLEVVALLSRGKLLYGVVDNEDQPPGSRDIPDNEFRVVLARRGQHWVSAVRVGNDITVDDVSVSDSASIAALVIDGLESIHHADPAAINAVNVPLEEMLEATKSWQESGFNVFSGGDLRRMGISASTVAALGQALSDPAAEVAVYARQYRDDAKGPSASVLSLKDGSGGRIALYQQARTAGSGEAWLAICPATPQLVQVGVKTVLDTLPYGEWKTHSRV

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium marinum (strain ATCC BAA-535 / M)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	216594
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	184

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6vj5a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.4 — PE/PPE dimer-like
家族 Family family	a.25.4.1 — PE

结构域编号 domain_id	d6vj5b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.4 — PE/PPE dimer-like
家族 Family family	a.25.4.2 — PPE

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晶胞边长 a length_a	139.020 Å
晶胞边长 b length_b	139.020 Å
晶胞边长 c length_c	170.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	45.505 Å
R 因子 r_factor	0.2121
R_work r_work	0.2100
R_free r_free	0.2538

Structure of PE25-PPE41(A124L) in complex with EspG5 chaperone from the type VII (ESX-5) secretion system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PE-PGRS family protein PE25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PPE family protein PPE41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ESX-5 secretion-associated protein EspG5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vj5__assembly_1__model_1

6vj5__assembly_1__model_1 | I(q)

6vj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of PE25-PPE41(A124L) in complex with EspG5 chaperone from the type VII (ESX-5) secretion system

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PE-PGRS family protein PE25

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PPE family protein PPE41

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ESX-5 secretion-associated protein EspG5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vj5__assembly_1__model_1

6vj5__assembly_1__model_1 | I(q)

6vj5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)