SAXSdb — 6vjz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1 × 1 （Q08109） ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 × 1 （Q05787） U1 SNP1-associating protein 1 × 1 （Q03714）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DER1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–211； UniProt 1–211

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q08109

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1 × 1 （P38307） ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 × 1 （Q05787） U1 SNP1-associating protein 1 × 1 （Q03714）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HRD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–480； UniProt 1–480

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q05787

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1 × 1 （P38307） ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1 × 1 （Q08109） U1 SNP1-associating protein 1 × 1 （Q03714）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HRD3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–767； UniProt 1–767

U1 SNP1-associating protein 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q03714

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1 × 1 （P38307） ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1 × 1 （Q08109） ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3 × 1 （Q05787）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	USA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–339； UniProt 500–838

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vjz
沉积日期 deposition_date	2020-01-18
结构标题 title	CryoEM structure of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 complex of the expected topology
关键词 keywords	retro-translocation, ERAD, protein degradation, ubiquitination, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vjz__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vjz__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vjz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.41 Å
Rg（电子密度）	42.18 Å
总 Rg	42.41 Å
原子数	8996
残基数	1093
排除体积	162270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vjz__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1
分子量 formula_weight	24411.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	8996

MDAVILNLLGDIPLVTRLWTIGCLVLSGLTSLRIVDPGKVVYSYDLVFKKGQYGRLLYSIFDYGAFNWISMINIFVSANHLSTLENSFNLRRKFCWIIFLLLVILVKMTSIEQPAASLGVLLHENLVYYELKKNGNQMNVRFFGAIDVSPSIFPIYMNAVMYFVYKRSWLEIAMNFMPGHVIYYMDDIIGKIYGIDLCKSPYDWFRNTETP

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1
分子量 formula_weight	55638.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MVPENRRKQLAIFVVVTYLLTFYCVYSATKTSVSFLQVTLKLNEGFNLMVLSIFILLNSTLLWQLLTKLLFGELRLIEHEHIFERLPFTIINTLFMSSLFHERYFFTVAFFGLLLLYLKVFHWILKDRLEALLQSINDSTTMKTLIFSRFSFNLVLLAVVDYQIITRCISSIYTNQKSDIESTSLYLIQVMEFTMLLIDLLNLFLQTCLNFWEFYRSQQSLSNENNHIVHGDPTDENTVESDQSQPVLNDDDDDDDDDRQFTGLEGKFMYEKAIDVFTRFLKTALHLSMLIPFRMPMMLLKDVVWDILALYQSGTSLWKIWRNNKQLDDTLVTVTVEQLQNSANDDNICIICMDELIHSPNQQTWKNKNKKPKRLPCGHILHLSCLKNWMERSQTCPICRLPVFDEKGNVVQTTFTSNSDITTQTTVTDSTGIATDQQGFANEVDLLPTRTTSPDIRIVPTQNIDTLAMRTRSTSTPSPT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3
分子量 formula_weight	88239.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MITLLLYLCVICNAIVLIRADSIADPWPEARHLLNTIAKSRDPMKEAAMEPNADEFVGFYVPMDYSPRNEEKNYQSIWQNEITDSQRHIYELLVQSSEQFNNSEATYTLSQIHLWSQYNFPHNMTLAHKYLEKFNDLTHFTNHSAIFDLAVMYATGGCASGNDQTVIPQDSAKALLYYQRAAQLGNLKAKQVLAYKYYSGFNVPRNFHKSLVLYRDIAEQLRKSYSRDEWDIVFPYWESYNVRISDFESGLLGKGLNSVPSSTVRKRTTRPDIGSPFIAQVNGVQMTLQIEPMGRFAFNGNDGNINGDEDDEDASERRIIRIYYAALNDYKGTYSQSRNCERAKNLLELTYKEFQPHVDNLDPLQVFYYVRCLQLLGHMYFTGEGSSKPNIHMAEEILTTSLEISRRAQGPIGRACIDLGLINQYITNNISQAISYYMKAMKTQANNGIVEFQLSKLATSFPEEKIGDPFNLMETAYLNGFIPAIYEFAVMIESGMNSKSSVENTAYLFKTFVDKNEAIMAPKLRTAFAALINDRSEVALWAYSQLAEQGYETAQVSAAYLMYQLPYEFEDPPRTTDQRKTLAISYYTRAFKQGNIDAGVVAGDIYFQMQNYSKAMALYQGAALKYSIQAIWNLGYMHEHGLGVNRDFHLAKRYYDQVSEHDHRFYLASKLSVLKLHLKSWLTWITREKVNYWKPSSPLNPNEDTQHSKTSWYKQLTKILQRMRHKEDSDKAAEDSHKHRTVVQNGANHRGDDQEEASEILGFQMED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	U1 SNP1-associating protein 1
分子量 formula_weight	39944.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

VRAADNTSSANDNNTVENDESAWNRRVVRPLRNSFPLLLVLIRTFYLIGYNSLVPFFIILEFGSFLPWKYIILLSLLFIFRTVWNTQEVWNLWRDYLHLNEIDEVKFSQIKEFINSNSLTLNFYKKCKDTQSAIDLLMIPNLHEQRLSVYSKYDIEYDTNTPDVGQLNLLFIKVLSGEIPKDALDELFKEFFELYETTRNMNTLYPQDSLNELLLMIWKESQKKDINTLPKYRRWFQTLCSQIAEHNVLDVVLRYIIPDPVNDRVITAVIKNFVLFWVTLLPYVKEKLDDIVAQRARDREQPAPSAQQQENEDEALIIPDEEEPTATGAQPHLYIPDED

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	172291

CryoEM structure of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 complex of the expected topology

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

U1 SNP1-associating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vjz__assembly_1__model_1

6vjz__assembly_1__model_1 | I(q)

6vjz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

CryoEM structure of Hrd1-Usa1/Der1/Hrd3 complex of the expected topology

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Degradation in the endoplasmic reticulum protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase HRD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ERAD-associated E3 ubiquitin-protein ligase component HRD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

U1 SNP1-associating protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vjz__assembly_1__model_1

6vjz__assembly_1__model_1 | I(q)

6vjz__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)