6vk8

Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex with small organic carboxylate at active center

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methane monooxygenase component A alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Methane monooxygenase × 2 （A0A2D2D5X7） Methane monooxygenase × 2 （A0A2D2D0T0） Methane monooxygenase regulatory protein B × 2 （A0A2D2D0T8） FE (III) ION × 4 SUCCINIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 24 BENZOIC ACID × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2D2D5X0_METTR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–526； UniProt 1–526 作者链 E； PDB构建体 1–526； UniProt 1–526

Methane monooxygenase

物种未注明

UniProt A0A2D2D5X7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Methane monooxygenase component A alpha chain × 2 （A0A2D2D5X0） Methane monooxygenase × 2 （A0A2D2D0T0） Methane monooxygenase regulatory protein B × 2 （A0A2D2D0T8） FE (III) ION × 4 SUCCINIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 24 BENZOIC ACID × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2D2D5X7_METTR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 F； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

Methane monooxygenase

物种未注明

UniProt A0A2D2D0T0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Methane monooxygenase component A alpha chain × 2 （A0A2D2D5X0） Methane monooxygenase × 2 （A0A2D2D5X7） Methane monooxygenase regulatory protein B × 2 （A0A2D2D0T8） FE (III) ION × 4 SUCCINIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 24 BENZOIC ACID × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2D2D0T0_METTR
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169 作者链 G； PDB构建体 1–169； UniProt 1–169

Methane monooxygenase regulatory protein B

物种未注明

UniProt A0A2D2D0T8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Methane monooxygenase component A alpha chain × 2 （A0A2D2D5X0） Methane monooxygenase × 2 （A0A2D2D5X7） Methane monooxygenase × 2 （A0A2D2D0T0） FE (III) ION × 4 SUCCINIC ACID × 1 1,2-ETHANEDIOL × 24 BENZOIC ACID × 1 water × 8	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2D2D0T8_METTR
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138 作者链 H； PDB构建体 1–138； UniProt 1–138

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vk8
沉积日期 deposition_date	2020-01-18
结构标题 title	Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex with small organic carboxylate at active center
关键词 keywords	Methane Monooxygenase Hydroxylase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vk8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vk8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vk8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.47 Å
Rg（电子密度）	40.17 Å
总 Rg	40.54 Å
原子数	19601
残基数	2419
排除体积	346910 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vk8__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methane monooxygenase component A alpha chain
分子量 formula_weight	60031.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	21000

MAISLATKAATDALKVNRAPVGVEPQEVHKWLQSFNWDFKENRTKYPTKYHMANETKEQFKVIAKEYARMEAAKDERQFGTLLDGLTRLGAGNKVHPRWGETMKVISNFLEVGEYNAIAASAMLWDSATAAEQKNGYLAQVLDEIRHTHQCAFINHYYSKHYHDPAGHNDARRTRAIGPLWKGMKRVFADGFISGDAVECSVNLQLVGEACFTNPLIVAVTEWASANGDEITPTVFLSVETDELRHMANGYQTVVSIANDPASAKFLNTDLNNAFWTQQKYFTPVLGYLFEYGSKFKVEPWVKTWNRWVYEDWGGIWIGRLGKYGVESPASLRDAKRDAYWAHHDLALAAYAMWPLGFARLALPDEEDQAWFEANYPGWADHYGKIFNEWKKLGYEDPKSGFIPYQWLLANGHDVYIDRVSQVPFIPSLAKGTGSLRVHEFNGKKHSLTDDWGERQWLIEPERYECHNVFEQYEGRELSEVIAEGHGVRSDGKTLIAQPHTRGDNLWTLEDIKRAGCVFPDPLAKF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methane monooxygenase
分子量 formula_weight	45295.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MSQPQSSQVTKRGLTDPERAAIIAAAVPDHALDTQRKYHYFIQPRWKRLSEYEQLSCYAQPNPDWIAGGLDWGDWTQKFHGGRPSWGNESTELRTTDWYRHRDPARRWHHPYVKDKSEEARYTQRFLAAYSSEGSIRTIDPYWRDEILNKYFGALLYSEYGLFNAHSSVGRDCLSDTIRQTAVFAALDKVDNAQMIQMERLFIAKLVPGFDASTDVPKKIWTTDPIYSGARATVQEIWQGVQDWNEILWAGHAVYDATFGQFARREFFQRLATVYGDTLTPFFTAQSQTYFQTTRGAIDDLFVYCLANDSEFGAHNRTFLNAWTEHYLASSVAALKDFVGLYAKVEKVAGATDRAGVSEALQRVFGDWKIDYADKIGFRVDVDQKVDAVLAGYKN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Methane monooxygenase
分子量 formula_weight	19444.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

MAKREPIHDNSIRTEWEAKIAKLTSVDQATKFIQDFRLAYTSPFRKSYDIDVDYQYIERKIEEKLSVLKTEKLPVADLITKATTGEDAAAVEATWIAKIKAAKSKYEAERIHIEFRQLYKPPVLPVNVFLRTDAALGTVLMEIRNTDYYGTPLEGLRKERGVKVLHLQA

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Methane monooxygenase regulatory protein B
分子量 formula_weight	14896.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MSSAHNAYNAGIMQKTGKAFADEFFAEENQVVHESNAVVLVLMKSDEIDAIIEDIVLKGGKAKNPSIVVEDKAGFWWIKADGAIEIDAAEAGELLGKPFSVYDLLINVSSTVGRAYTLGTKFTITSELMGLDRALTDI

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SUCCINIC ACID
分子量 formula_weight	118.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	BENZOIC ACID
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1382

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6vk8a_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like

结构域编号 domain_id	d6vk8b_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like

结构域编号 domain_id	d6vk8c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.23.3 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
家族 Family family	a.23.3.1 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit

结构域编号 domain_id	d6vk8d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.137 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein
超家族 Superfamily superfamily	d.137.1 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein
家族 Family family	d.137.1.1 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein

结构域编号 domain_id	d6vk8e_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like

结构域编号 domain_id	d6vk8f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.25 — Ferritin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.25.1 — Ferritin-like
家族 Family family	a.25.1.2 — Ribonucleotide reductase-like

结构域编号 domain_id	d6vk8g_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.23 — Open three-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.23.3 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit
家族 Family family	a.23.3.1 — Methane monooxygenase hydrolase, gamma subunit

结构域编号 domain_id	d6vk8h_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.137 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein
超家族 Superfamily superfamily	d.137.1 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein
家族 Family family	d.137.1.1 — Monooxygenase (hydroxylase) regulatory protein

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晶胞边长 a length_a	101.866 Å
晶胞边长 b length_b	105.349 Å
晶胞边长 c length_c	297.720 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	2.030 Å
最低分辨率 resolution_low	85.990 Å
R 因子 r_factor	0.1688
R_work r_work	0.1667
R_free r_free	0.2075

Crystal Structure of Methylosinus trichosporium OB3b Soluble Methane Monooxygenase Hydroxylase and Regulatory Component Complex with small organic carboxylate at active center

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methane monooxygenase component A alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methane monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methane monooxygenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methane monooxygenase regulatory protein B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vk8__assembly_1__model_1

6vk8__assembly_1__model_1 | I(q)

6vk8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)