SAXSdb — 6vld

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 ASPARAGINE × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 9 water × 2	与蛋白数一致
2	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 2 ASPARAGINE × 2 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FUT8_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 105–575 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 105–575 作者链 G； PDB构建体 1–471； UniProt 105–575 作者链 H； PDB构建体 1–471； UniProt 105–575

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vld
沉积日期 deposition_date	2020-01-23
结构标题 title	Crystal structure of human alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8 bound to GDP and A2SGP
关键词 keywords	FUT8, Fucosyltransferase, Glycosyltransferase, N-glycan, Core fucose, SH3 domain, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vld__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vld__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.42 Å
Rg（电子密度）	33.97 Å
总 Rg	34.54 Å
原子数	7753
残基数	920
排除体积	137000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vld__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6vld__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-(1,6)-fucosyltransferase
分子量 formula_weight	55748.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.1.68
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	16219

RNGLGKDHEILRRRIENGAKELWFFLQSELKKLKNLEGNELQRHADEFLLDLGHHERSIMTDLYYLSQTDGAGDWREKEAKDLTELVQRRITYLQNPKDCSKAKKLVCNINKGCGYGCQLHHVVYCFMIAYGTQRTLILESQNWRYATGGWETVFRPVSETCTDRSGISTGHWSGEVKDKNVQVVELPIVDSLHPRPPYLPLAVPEDLADRLVRVHGDPAVWWVSQFVKYLIRPQPWLEKEIEEATKKLGFKHPVIGVHVRRTDKVGTEAAFHPIEEYMVHVEEHFQLLARRMQVDKKRVYLATDDPSLLKEAKTKYPNYEFISDNSISWSAGLHNRYTENSLRGVILDIHFLSQADFLVCTFSSQVCRVAYEIMQTLHPDASANFHSLDDIYYFGGQNAHNQIAIYAHQPRTADEIPMEPGDIIGVAGNHWDGYSKGVNRKLGRTGLYPSYKVREKIETVKYPTYPEAEKHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	1317.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ASPARAGINE
分子量 formula_weight	132.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	628

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6vldA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	6vldA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	6vldB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	6vldB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	6vldG01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	6vldG03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	6vldH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1060 — ESAT-6-like

结构域编号 domain_id	6vldH03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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晶胞边长 a length_a	208.307 Å
晶胞边长 b length_b	68.453 Å
晶胞边长 c length_c	249.983 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.280 Å
最低分辨率 resolution_low	48.550 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1914
R_free r_free	0.2239

Crystal structure of human alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8 bound to GDP and A2SGP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vld__assembly_1__model_1

6vld__assembly_1__model_1 | I(q)

6vld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human alpha 1,6-fucosyltransferase, FUT8 bound to GDP and A2SGP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-(1,6)-fucosyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vld__assembly_1__model_1

6vld__assembly_1__model_1 | I(q)

6vld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)