6vrh

Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with paroxetine and 8B6 Fab

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 104.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-dependent serotonin transporter

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–630	未记录	8B6 antibody, light chain × 1 （A0A0U5BC76） 8B6 antibody, heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 8PR Paroxetine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6VRH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5I6X X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with paroxetine at the central site 提交 2016-02-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	突变：Y110A, I291A, T439S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 8PR Paroxetine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.5, 25-125 mM KCl, 32.5-34% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 3.14 Å R-free 0.270
5I6Z X-ray structure of the ts2 human serotonin transporter 提交 2016-02-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	突变：I291A, T439S	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8, 250 mM LiCl, 34.7% PEG 400	分辨率 4.53 Å R-free 0.317
5I71 X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with s-citalopram at the central site 提交 2016-02-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	未记录	68P (1S)-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1-(4-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2-benzofuran-5-carbonitrile × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 D12 DODECANE × 1 HEX HEXANE × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.5, 25-125 mM KCl, 32.5-34% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 3.15 Å R-free 0.276
5I73 X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with s-citalopram at the central and allosteric sites 提交 2016-02-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	未记录	68P (1S)-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1-(4-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2-benzofuran-5-carbonitrile × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 C14 TETRADECANE × 1 NA SODIUM ION × 2 ACA 6-AMINOHEXANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.5, 25-125 mM KCl, 32.5-34% PEG 400	分辨率 3.24 Å R-free 0.275
5I74 X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with Br-citalopram at the central site 提交 2016-02-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	未记录	69D (1S)-1-(4-bromophenyl)-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1,3-dihydro-2-benzofuran-5-carbonitrile × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 D12 DODECANE × 1 HEX HEXANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.5, 125 mM NaCl, 125 mM magnesium chloride, 33.4% PEG 400	分辨率 3.40 Å R-free 0.296
5I75 X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with s-citalopram at the central site and Br-citalopram at the allosteric site 提交 2016-02-16	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	未记录	68P (1S)-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1-(4-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2-benzofuran-5-carbonitrile × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 C14 TETRADECANE × 1 69D (1S)-1-(4-bromophenyl)-1-[3-(dimethylamino)propyl]-1,3-dihydro-2-benzofuran-5-carbonitrile × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM Tris pH 8.5, 25-125 mM KCl, 32.5-34% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 3.49 Å R-free 0.286
6AWN X-ray structure of the S439T human serotonin transporter complexed with paroxetine at the central site 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）片段：residues 76-618	突变：Y110A, I291A, C554A, C580A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 8PR Paroxetine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 40 mM Li2S04, 40 mM Na2S04, 34.5% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 3.62 Å R-free 0.263
6AWO X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with sertraline at the central site 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	突变：Y110A, I291A, T439S, C554A, C580A	SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 75 mM Li2SO4, 75 mM Na2SO4, 35% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 3.53 Å R-free 0.283
6AWP X-ray structure of the ts3 human serotonin transporter complexed with fluvoxamine at the central site 提交 2017-09-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）片段：residues 76-618	突变：Y110A, I291A, T439S, C554A, C580A	FVX Fluvoxamine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 75 mM Li2SO4, 75 mM Na2SO4, 34% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 3.80 Å R-free 0.269
6AWQ Anomalous chloride signal reveals the position of sertraline complexed with the serotonin transporter at the central site 提交 2017-09-06	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）	未记录	SRE (1S,4S)-4-(3,4-dichlorophenyl)-N-methyl-1,2,3,4-tetrahydronaphthalen-1-amine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CLR CHOLESTEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Tris-HCl pH 8.5, 40 mM Li2SO4, 40 mM Na2SO4, 35% PEG 400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 4.05 Å R-free 0.316
6DZV Wild type human serotonin transporter in complex with 15B8 Fab bound to ibogaine in occluded conformation 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–615（537 aa）片段：UNP residues 79-615	未记录	HJM (5beta)-12-methoxyibogamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6DZW Cryo-EM structure of the ts2-inactive human serotonin transporter in complex with paroxetine and 15B8 Fab and 8B6 ScFv 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 79–615（537 aa）	未记录	8PR Paroxetine × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6DZY Cryo-EM structure of the ts2-active human serotonin transporter in complex with 15B8 Fab and 8B6 ScFv bound to ibogaine 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 79–615（537 aa）片段：UNP residues 79-615	未记录	HJM (5beta)-12-methoxyibogamine × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6DZZ Cryo-EM Structure of the wild-type human serotonin transporter in complex with ibogaine and 15B8 Fab in the inward conformation 提交 2018-07-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 78–617（540 aa）片段：UNP residues 79-615	未记录	HJM (5beta)-12-methoxyibogamine × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
6VRK Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with Br-paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–630（630 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 RFS Br-paroxetine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6VRL Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with I-paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–630（630 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 RFY I-paroxetine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6W2B Anomalous bromine signal reveals the position of Br-paroxetine complexed with the serotonin transporter at the central site 提交 2020-03-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）片段：UNP residues 76-618	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 RFS Br-paroxetine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM Tris, pH 8.5, 20 mM sodium sulfate, 20 mM lithium chloride, 36% PEG400, 0.5% 6-aminohexanoic acid	分辨率 4.70 Å R-free 0.293
6W2C Anomalous iodine signal reveals the position of I-paroxetine complexed with the serotonin transporter at the central site 提交 2020-03-05	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 76–618（543 aa）片段：UNP residues 76-618	未记录	RFY I-paroxetine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；100 mM HEPES, pH 7.5, 40 mM magnesium chloride, 32% PEG400	分辨率 6.30 Å R-free 0.369
7LI6 apo SERT reconstituted in lipid nanodisc in KCl 提交 2021-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–617（539 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 R16 HEXADECANE × 1 HP6 HEPTANE × 9 D10 DECANE × 6 D12 DODECANE × 3 LNK PENTANE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7LI7 apo serotonin transporter reconstituted in lipid nanodisc in presence of NaCl in occluded conformation 提交 2021-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–615（537 aa）	未记录	D12 DODECANE × 3 HP6 HEPTANE × 5 LNK PENTANE × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 D10 DECANE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7LI8 apo serotonin transporter reconstituted in lipid nanodisc in presence of NaCl in inward open conformation 提交 2021-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–617（539 aa）	未记录	R16 HEXADECANE × 1 D10 DECANE × 1 D12 DODECANE × 3 HP6 HEPTANE × 6 LNK PENTANE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LI9 5-HT bound serotonin transporter reconstituted in lipid nanodisc in KCl 提交 2021-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–617（539 aa）	未记录	D12 DODECANE × 2 HP6 HEPTANE × 2 D10 DECANE × 3 LNK PENTANE × 1 SRO SEROTONIN × 2 CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
7LIA 5-HT bound serotonin transporter reconstituted in lipid nanodisc in presence of NaCl in outward facing conformation 提交 2021-01-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–617（539 aa）	未记录	SRO SEROTONIN × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 D10 DECANE × 5 HP6 HEPTANE × 13 LNK PENTANE × 1 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7LWD Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with vilazodone, imipramine and 15B8 Fab 提交 2021-03-01	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–617（541 aa）	未记录	IXX 3-(5H-DIBENZO[B,F]AZEPIN-5-YL)-N,N-DIMETHYLPROPAN-1-AMINE × 1 YG7 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
7MGW 5-HT bound serotonin transporter reconstituted in lipid nanodisc in NaCl in occluded conformation 提交 2021-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 79–615（537 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 D12 DODECANE × 4 LNK PENTANE × 1 HP6 HEPTANE × 6 D10 DECANE × 1 SRO SEROTONIN × 2 CLR CHOLESTEROL × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7TXT Structure of human serotonin transporter bound to small molecule '8090 in lipid nanodisc and NaCl 提交 2022-02-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 S 77–617（541 aa）	未记录	KWC 1-[4-(4-fluorophenyl)-1,3-thiazol-2-yl]piperazine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9HCO Outward-open structure of human serotonin transporter bound to vilazodone 提交 2024-11-11	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–630（630 aa）	未记录	YG7 5-{4-[4-(5-cyano-1H-indol-3-yl)butyl]piperazin-1-yl}-1-benzofuran-2-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.78 Å
9IY7 Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with S-ketamine 提交 2024-07-30	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–630（630 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 3 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 JC9 (2~{S})-2-(2-chlorophenyl)-2-(methylamino)cyclohexan-1-one × 1 DD9 nonane × 5 D12 DODECANE × 6 D10 DECANE × 2 OCT N-OCTANE × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
9PNS Structure of human serotonin transporter bound to small molecule zPZd in lipid nanodisc and NaCl 提交 2025-07-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 77–617（541 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 A1CIZ (6M)-1-methyl-6-(1,2,5,6-tetrahydropyridin-3-yl)-1H-indole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC6A4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–630； UniProt 1–630

8B6 antibody, light chain

Mus musculus

UniProt A0A0U5BC76

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 117–234	未记录	Sodium-dependent serotonin transporter × 1 （P31645） 8B6 antibody, heavy chain × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 8PR Paroxetine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6VRH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 22–233（212 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5IKC X-RAY STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF HUMAN DOUBLECORTIN in complex with FAB 提交 2016-03-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 22–233（212 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；unknown	分辨率 2.06 Å R-free 0.265
5VLP PCSK9 complex with LDLR antagonist peptide and Fab7G7 提交 2017-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–234（108 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；ammonium acetate, 1,8diaminooctane	分辨率 2.90 Å R-free 0.209
6U2F PCSK9-Fab 7G7 complex bound to cis-1-amino-4-phenylcyclohexaneacyl-WNLK(hR)IGLLR - NH2 提交 2019-08-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–234（108 aa）片段：Fab	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane	分辨率 2.94 Å R-free 0.209
6U3I Design of organo-peptides as bipartite PCSK9 antagonists 提交 2019-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 127–234（108 aa）片段：Fab	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；291 K；4 M ammonium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 3% v/v 1,8 diaminooctane	分辨率 2.90 Å R-free 0.217
6VRK Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with Br-paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 117–234（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 RFS Br-paroxetine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6VRL Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with I-paroxetine and 8B6 Fab 提交 2020-02-07	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 117–234（118 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 1 RFY I-paroxetine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0U5BC76_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 97–214； UniProt 117–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vrh
沉积日期 deposition_date	2020-02-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with paroxetine and 8B6 Fab
关键词 keywords	antidepressant, complex, transporter, antibody, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.96 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.35 Å
零角强度 I(0) i0	103087000.00
分子量 molecular_weight	86927.0 kDa
排除体积 excluded_volume	111120 Å³
包络体积 envelope_volume	133870 Å³
水化壳体积 shell_volume	37642 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.1 Å
壳层 Rg shell_rg	36.90 Å
包络 Rg envelope_rg	30.55 Å
形状 Rg shape_rg	30.32 Å
总 Rg total_rg	31.04 Å
总原子数 total_atoms	6142
残基数 n_residues	764
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	104.2 Å
Rg (实空间) rg_real	31.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0310e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.04 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8621
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.481
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.302
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.797; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.904; Smooth: 0.907

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium-dependent serotonin transporter
分子量 formula_weight	70371.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6142

METTPLNSQKQLSACEDGEDCQENGVLQKVVPTPGDKVESGQISNGYSAVPSPGAGDDTRHSIPATTTTLVAELHQGERETWGKKVDFLLSVIGYAVDLGNVWRFPYICYQNGGGAFLLPYTIMAIFGGIPLFYMELALGQYHRNGCISIWRKICPIFKGIGYAICIIAFYIASYYNTIMAWALYYLISSFTDQLPWTSCKNSWNTGNCTNYFSEDNITWTLHSTSPAEEFYTRHVLQIHRSKGLQDLGGISWQLALCIMLIFTVIYFSIWKGVKTSGKVVWVTATFPYIILSVLLVRGATLPGAWRGVLFYLKPNWQKLLETGVWIDAAAQIFFSLGPGFGVLLAFASYNKFNNNCYQDALVTSVVNCMTSFVSGFVIFTVLGYMAEMRNEDVSEVAKDAGPSLLFITYAEAIANMPASTFFAIIFFLMLITLGLDSTFAGLEGVITAVLDEFPHVWAKRRERFVLAVVITCFFGSLVTLTFGGAYVVKLLEEYATGPAVLTVALIEAVAVSWFYGITQFCRDVKEMLGFSPGWFWRICWVAISPLFLLFIICSFLMSPPQLRLFQYNYPYWSIILGYCIGTSSFICIPTYIAYRLIITPGTFKERIIKSITPETPTEIPCGDIRLNAV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	8B6 antibody, light chain
分子量 formula_weight	23718.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DIVMTQSHKFMSTSVGDRVSITCKASQDVSTAVAWYQQKPGQSPKLLIYSASYRYTGVPDRFTGSGSGTDFTFTISSVQAEDLAVYYCQQHYSIPRTFGGGTKLEIKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRNEC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	8B6 antibody, heavy chain
分子量 formula_weight	23688.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EVQLQQSGPELVKPGASVKISCKASGYTFTDYYMNWVKQSHGKSLEWIGNINPNNGGTSYNQKFKGKATLTVDKSSTTAYMELRSLTSEDSAVYYCTRSPVRPYYFDYWGQGTTLTVSSAKTTPPSVYPLAPGCGDTTGSSVTLGCLVKGYFPESVTVTWNSGSLSSSVHTFPALLQSGLYTMSSSVTVPSSTWPSQTVTCSVAHPASSTTVDKKLEPSGP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	Paroxetine
分子量 formula_weight	329.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	420373

fit	/app/data/saxs_computation/vr/6vrh/6vrh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/vr/6vrh/6vrh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/vr/6vrh/6vrh.dat

Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with paroxetine and 8B6 Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium-dependent serotonin transporter

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

8B6 antibody, light chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)