6vtm

Human Cathepsin-G Inhibited by S. aureus EapH1

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin G

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MAP domain-containing protein × 1 （A0A0H3K0M1） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MAP domain-containing protein × 1 （A0A0H3K0M1） SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MAP domain-containing protein × 1 （A0A0H3K0M1） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	MAP domain-containing protein × 1 （A0A0H3K0M1） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CATG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–224； UniProt 21–244 作者链 C； PDB构建体 1–224； UniProt 21–244 作者链 D； PDB构建体 1–224； UniProt 21–244 作者链 G； PDB构建体 1–224； UniProt 21–244

MAP domain-containing protein

Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699)

UniProt A0A0H3K0M1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cathepsin G × 1 （P08311） SULFATE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cathepsin G × 1 （P08311） SULFATE ION × 5 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cathepsin G × 1 （P08311） SULFATE ION × 3 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cathepsin G × 1 （P08311） SULFATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0H3K0M1_STAAM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 43–141 作者链 E； PDB构建体 1–99； UniProt 43–141 作者链 F； PDB构建体 1–99； UniProt 43–141 作者链 H； PDB构建体 1–99； UniProt 43–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6vtm
沉积日期 deposition_date	2020-02-13
结构标题 title	Human Cathepsin-G Inhibited by S. aureus EapH1
关键词 keywords	Inhibitor, Protease, Complex, Neutrophil, HYDROLASE-INHIBITOR complex; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6vtm__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6vtm__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6vtm__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.92 Å
Rg（电子密度）	19.77 Å
总 Rg	20.75 Å
原子数	2545
残基数	319
排除体积	44888 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6vtm__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6vtm__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6vtm__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6vtm__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cathepsin G
分子量 formula_weight	25484.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.20
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,D,G
原子数 atom_count	11227

IIGGRESRPHSRPYMAYLQIQSPAGQSRCGGFLVREDFVLTAAHCWGSNINVTLGAHNIQRRENTQQHITARRAIRHPQYNQRTIQNDIMLLQLSRRVRRNRNVNPVALPRAQEGLRPGTLCTVAGWGRVSMRRGTDTLREVQLRVQRDRQCLRIFGSYDPRRQICVGDRRERKAAFKGDSGGPLLCNNVAHGIVSYGKSSGVPPEVFTRVSSFLPWIRTTMRS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MAP domain-containing protein
分子量 formula_weight	11107.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,F,H

GKHTVPYTISVDGITALHRTYFVFPENKKVLYQEIDSKVKNELASQRGVTTEKINNAQTATYTLTLNDGNKKVVNLKKNDDAKNSIDPSTIKQIQIVVK

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158878
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1002

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6vtma_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6vtmc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6vtmd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6vtmg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	6vtmA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6vtmC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6vtmF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	6vtmG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6vtmH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	59.229 Å
晶胞边长 b length_b	72.902 Å
晶胞边长 c length_c	88.906 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	113.58 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.17 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	106.24 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	34.350 Å
R 因子 r_factor	0.1750
R_work r_work	0.1740
R_free r_free	0.2090

Human Cathepsin-G Inhibited by S. aureus EapH1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MAP domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vtm__assembly_4__model_1

6vtm__assembly_4__model_1 | I(q)

6vtm__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Human Cathepsin-G Inhibited by S. aureus EapH1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cathepsin G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MAP domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6vtm__assembly_4__model_1

6vtm__assembly_4__model_1 | I(q)

6vtm__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)