SAXSdb — 6w2i

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UV excision repair protein RAD23 homolog A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 155–204	突变：Y188G	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M Ammonium sulfate X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0M Ammonium sulfate	分辨率 1.45 Å R-free 0.183

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6W2I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1DV0 Refined NMR solution structure of the C-terminal UBA domain of the human homologue of RAD23A (HHR23A) 提交 2000-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–363（45 aa）片段：UBA DOMAIN (C-TERMINAL DOMAIN)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成 1mM Uba-domain, chemically synthesized; 50mM potassium phosphate pH 6.5; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 2mM Uba-domain, expressed in E.coli, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2mM Uba-domain, U-15N, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2mM Uba-domain, U-15N,13C, 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1F4I SOLUTION STRUCTURE OF THE HHR23A UBA(2) MUTANT P333E, DEFICIENT IN BINDING THE HIV-1 ACCESSORY PROTEIN VPR 提交 2000-06-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 319–363（45 aa）片段：C-TERMINAL UBA DOMAIN	突变：P333E	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成 2mM UBA(2) domain mutant P333E; 50mM phosphate buffer, 150mM sodium chloride; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1IFY Solution Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2001-04-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 156–204（49 aa）片段：INTERNAL UBA DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成 2mM UBA1 U-15N,13C \| 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 2mM UBA1 U-15N \| 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride 95% H2O, 5% D2O NMR样品组成 2mM UBA1 \| 50mM phosphate buffer, 100mM sodium chloride 95% H2O, 5% D2O	分辨率未提供
1OQY Structure of the DNA repair protein hHR23a 提交 2003-03-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–363（363 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM 13C,15N,2H hHR23a; 20 mM NaPO4 pH 6.5; 100 mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1P98 High-resolution NMR structure of the Ubl-domain of HHR23A 提交 2003-05-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–78（78 aa）片段：Ubiquitin-like domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 ambient NMR样品组成 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A U-15N,13C \| 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, pH 6.5, 5% D2O NMR样品组成 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A, unlabeled \| 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, pH 6.5, 5% D2O	分辨率未提供
1P9D High-resolution structure of the complex of HHR23A ubiquitin-like domain and the C-terminal ubiquitin-interacting motif of proteasome subunit S5a 提交 2003-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 1–78（78 aa）片段：ubiquitin-like domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 ambient NMR样品组成 2mM S5a peptide unlabeled, 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A U-15N,13C \| 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 5% D2O NMR样品组成 2mM S5a peptide U-15N,13C, 2mM ubiquitin-like domain of HHR23A unlabeled \| 50mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 5% D2O	分辨率未提供
1QZE HHR23a protein structure based on residual dipolar coupling data 提交 2003-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–363（362 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.55 MM 15N, HHR23A; 20MM NAPO4 PH 6.5; 100 MM NACL;7.5 mg/ml Pf1 phage; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
1TP4 Solution structure of the XPC binding domain of hHR23A protein 提交 2004-06-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–317（95 aa）片段：XPC binding domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide；压力 ambient NMR样品组成 1mM XPCB U-15N,13C, 20mM sodium phosphate, 122mM sodium chloride, 0.05% sodium azide \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2WYQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) 提交 2009-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–82（82 aa）片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 1.65 Å R-free 0.160
2WYQ THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE UBIQUITIN-LIKE (UBL) DOMAIN OF HHR23A (HUMAN HOMOLOGUE A OF RAD23) 提交 2009-11-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–82（82 aa）片段：UBIQUITIN-LIKE DOMAIN, RESIDUES 1-82	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；0.1 M HEPES PH 7.5, 2% PEG 400 AND 2.0 M AMMONIUM SULFATE, AT ROOM TEMPERATURE	分辨率 1.65 Å R-free 0.160
5XBO Lanthanoid tagging via an unnatural amino acid for protein structure characterization 提交 2017-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 156–204（49 aa）片段：UNP residues 156-204	未记录	TB TERBIUM(III) ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 760 NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 10% D2O, 0.2mM [U-99% 15N] ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20mM HEPES, 100mM sodium chloride, 0.1mM [U-99% 15N] HHR23A UBA1 Domain, 0.1 mM ubiquitin, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6W2G Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A in Monoclinic Unit Cell 提交 2020-03-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–204（50 aa）	突变：Y188G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40%(v/v) Ethylene glycol	分辨率 1.10 Å R-free 0.153
6W2G Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A in Monoclinic Unit Cell 提交 2020-03-05	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 155–204（50 aa）	突变：Y188G	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Phosphate-citrate pH 4.2, 40%(v/v) Ethylene glycol	分辨率 1.10 Å R-free 0.153
6W2H Crystal Structure of the Internal UBA Domain of HHR23A 提交 2020-03-05	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–204（50 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Tris pH 8.5, 1.5 M Ammonium sulfate, 12%(v/v) Glycerol	分辨率 1.60 Å R-free 0.205
6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 319–358（40 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000	分辨率 2.34 Å R-free 0.220
6XQI Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 319–358（40 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；0.1M Tris, pH 7.5, 10% PEG 4000	分辨率 2.34 Å R-free 0.220
6XQJ Structure of HIV-1 Vpr in complex with the human nucleotide excision repair protein hHR23A 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–363（141 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1 NMR样品组成 927 uM [U-100% 2H; U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1100 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1110 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1000 uM [U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 745 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Vpr-hHR23A complex, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.1 mM ZnSO4, 0.1 mM EDTA, 0.02 % sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
7TGP E176T/Y188G variant of the internal UBA Domain of HHR23A 提交 2022-01-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 155–204（50 aa）片段：residues 154-204 of the Internal UBA domain	突变：E176T, Y188G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；sodium formate	分辨率 1.40 Å R-free 0.175
8Q06 EF-hand of MINDY3 Deubiquitylase in Complex with UBL of RAD23A 提交 2023-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–84（84 aa）链 D 1–84（84 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M potassium chloride, 2.2 M ammonium sulphate	分辨率 1.90 Å R-free 0.247

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RD23A_HUMAN
Isoform	P54725-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–51； UniProt 155–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6w2i
沉积日期 deposition_date	2020-03-05
结构标题 title	Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A
关键词 keywords	Ubiquitin Associated Domain, UBA Domain, DNA Binding Protein, Helical Bundle; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	11.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.23 Å
零角强度 I(0) i0	757006.00
分子量 molecular_weight	5374.0 kDa
排除体积 excluded_volume	6668 Å³
包络体积 envelope_volume	7616 Å³
水化壳体积 shell_volume	6725 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.0 Å
壳层 Rg shell_rg	15.22 Å
包络 Rg envelope_rg	10.75 Å
形状 Rg shape_rg	10.21 Å
总 Rg total_rg	11.77 Å
总原子数 total_atoms	375
残基数 n_residues	48
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	39.6 Å
Rg (实空间) rg_real	11.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.26 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.5700e+05
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2460e+03
Rg (倒空间) rg_reciprocal	11.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	757000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8539
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	14.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.237
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.137
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	126000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.726; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.919

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	UV excision repair protein RAD23 homolog A
分子量 formula_weight	5534.2 kDa
突变 mutation	Y188G
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	431

GSTLVTGSEYETMLTEIMSMGYERERVVAALRASGNNPHRAVEYLLTGIPG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6w2ia_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.1 — UBA domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	31.164 Å
晶胞边长 b length_b	31.164 Å
晶胞边长 c length_c	40.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 43
空间群编号 int_tables_number	78
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	31.160 Å
R 因子 r_factor	0.1532
R_work r_work	0.1498
R_free r_free	0.1830

fit	/app/data/saxs_computation/w2/6w2i/6w2i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w2/6w2i/6w2i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w2/6w2i/6w2i.dat

Crystal Structure of Y188G Variant of the Internal UBA Domain of HHR23A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

UV excision repair protein RAD23 homolog A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement