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6w7g

Structure of EED bound to inhibitor 1056

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 69.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycomb protein EED

Homo sapiens

UniProt O75530

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 77–441 未记录 Q3A 8-(2,6-dimethylpyridin-3-yl)-N-[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]-1-(methylsulfonyl)imidazo[1,5-c]pyrimidin-5-amine × 3 NA SODIUM ION × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 4.2 M Sodium Formate, 18% glycerol, 10 mM TCEP 分辨率 1.85 Å R-free 0.191

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6W7G Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3IIW Crystal structure of Eed in complex with a trimethylated histone H3K27 peptide 提交 2009-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa） 片段：Eed residues 77-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4.0 M Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
3IIY Crystal structure of Eed in complex with a trimethylated histone H1K26 peptide 提交 2009-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa） 片段：Eed residues 77-441
突变：M370T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4M Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.259
3IJ0 Crystal structure of Eed in complex with a trimethylated histone H3K9 peptide 提交 2009-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa） 片段：Eed residues 77-441
突变：M370T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4M Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.45 Å R-free 0.244
3IJ1 Crystal structure of Eed in complex with a trimethylated histone H4K20 peptide 提交 2009-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa） 片段：Eed residues 77-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4M Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.204
3IJC Crystal structure of Eed in complex with NDSB-195 提交 2009-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa） 片段：Eed residues 77-441
突变：M370T NDS ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；291 K；4M Sodium formate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 1.95 Å R-free 0.232
3JPX EED: A Novel Histone Trimethyllysine Binder Within The EED-EZH2 Polycomb Complex 提交 2009-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–441（402 aa） 片段：UNP RESIDUE: 40-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；300 K；3.5M NaF, 10 mM TCEP Chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
分辨率 2.05 Å R-free 0.211
3JZG Structure of EED in complex with H3K27me3 提交 2009-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–441（402 aa） 片段：UNP RESIDUE 40-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；300 K；3.5M NaF, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
分辨率 2.10 Å R-free 0.222
3JZH EED-H3K79me3 提交 2009-09-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 40–441（402 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；300 K；3.5M NaF, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K
分辨率 2.05 Å R-free 0.218
3JZN Structure of EED in apo form 提交 2009-09-23 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；3.5 mM NaF, 10 mM TCEP, 15% Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
分辨率 2.60 Å R-free 0.239
3K26 Complex structure of EED and trimethylated H3K4 提交 2009-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；3.5M NaF, 10 mM TCEP, 15%Glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.58 Å R-free 0.197
3K27 Complex structure of EED and trimethylated H3K9 提交 2009-09-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；3.5M NaF, 10 mM TCEP, 15%GLYCEROL, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 1.76 Å R-free 0.198
4W2R Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 81–441（361 aa） 片段：UNP residues 81-441
未记录 ZN ZINC ION × 7 CJD 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；286 K；Precipitant: 26.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.70)
分辨率 2.81 Å R-free 0.266
4W2R Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 81–441（361 aa） 片段：UNP residues 81-441
未记录 ZN ZINC ION × 7 CJD 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.7；286 K；Precipitant: 26.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.70)
分辨率 2.81 Å R-free 0.266
4X3E Crystal structure of EED in complex with a trimethylated Jarid2 peptide 提交 2014-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa） 片段：UNP residues 77-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；Sodium Formate
分辨率 2.30 Å R-free 0.224
5GSA EED in complex with an allosteric PRC2 inhibitor 提交 2016-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 73K N-(furan-2-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；293 K；0.1 M TRIS, 16% PEG 8000
分辨率 2.49 Å R-free 0.255
5GSA EED in complex with an allosteric PRC2 inhibitor 提交 2016-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 73K N-(furan-2-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8；293 K；0.1 M TRIS, 16% PEG 8000
分辨率 2.49 Å R-free 0.255
5H13 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED396 提交 2016-10-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 GOL GLYCEROL × 1 PR PRASEODYMIUM ION × 1 LQA 4-azanylidene-2-(3-methoxy-4-propan-2-yloxy-phenyl)-6,7-dihydro-[1,3]benzodioxolo[6,5-a]quinolizine-3-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.3 M Na formate, 0.01 M Yttrium chloride hexahydrate
分辨率 1.90 Å R-free 0.229
5H14 EED in complex with an allosteric PRC2 inhibitor EED666 提交 2016-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 GOL GLYCEROL × 1 LQB 2-[3-(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)-4-nitro-phenyl]-3,4-dihydro-1H-isoquinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
5H14 EED in complex with an allosteric PRC2 inhibitor EED666 提交 2016-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 GOL GLYCEROL × 1 LQB 2-[3-(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)-4-nitro-phenyl]-3,4-dihydro-1H-isoquinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 1.90 Å R-free 0.223
5H15 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED709 提交 2016-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQD (3R,4S)-1-[(2-methoxyphenyl)methyl]-N,N-dimethyl-4-(1-methylindol-3-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.27 Å R-free 0.236
5H15 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED709 提交 2016-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQD (3R,4S)-1-[(2-methoxyphenyl)methyl]-N,N-dimethyl-4-(1-methylindol-3-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.27 Å R-free 0.236
5H17 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED210 提交 2016-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQE (3R,4aS,10aS)-6-methoxy-3-[(3-methoxyphenyl)methyl]-1-methyl-3,4,4a,5,10,10a-hexahydro-2H-benzo[g]quinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000,10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.30 Å R-free 0.239
5H19 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor EED162 提交 2016-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQF 5-(furan-2-ylmethylamino)-9-(phenylmethyl)-8,10-dihydro-7H-[1,2,4]triazolo[3,4-a][2,7]naphthyridine-6-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 20% PEG 3350
分辨率 1.90 Å R-free 0.215
5H24 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 8 提交 2016-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQG 5-(furan-2-ylmethylamino)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridine-6-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
5H24 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 8 提交 2016-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQG 5-(furan-2-ylmethylamino)-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridine-6-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.50 Å R-free 0.255
5H25 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 11 提交 2016-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQH 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.88 Å R-free 0.274
5H25 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 11 提交 2016-10-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 LQH 5-(2-fluorophenyl)-2,3-dihydroimidazo[2,1-a]isoquinoline × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide
分辨率 2.88 Å R-free 0.274
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 L 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 R 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 G 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5HYN Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with oncogenic histone H3K27M peptide 提交 2016-02-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 R 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；25% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.5
分辨率 2.95 Å R-free 0.273
5IJ7 Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 81–441（361 aa）
未记录 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；286 K；24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.60)
分辨率 2.62 Å R-free 0.238
5IJ7 Structure of Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 81–441（361 aa）
未记录 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；286 K；24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M Bis_tris (pH 6.60)
分辨率 2.62 Å R-free 0.238
5IJ8 Structure of the primary oncogenic mutant Y641N Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 81–441（361 aa）
未记录 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；286 K；24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 5.80)
分辨率 2.99 Å R-free 0.240
5IJ8 Structure of the primary oncogenic mutant Y641N Hs/AcPRC2 in complex with a pyridone inhibitor 提交 2016-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 81–441（361 aa）
未记录 6BN 5,8-dichloro-2-[(4-ethyl-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-({1-[(2R)-2-hydroxypropanoyl]piperidin-4-yl}oxy)-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 ZN ZINC ION × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；286 K；24.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 5.80)
分辨率 2.99 Å R-free 0.240
5K0M Targeting the PRC2 complex through a novel protein-protein interaction inhibitor of EED 提交 2016-05-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 6PU (3R,4S)-1-[(1S)-7-fluoro-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-N,N-dimethyl-4-{4-[4-(methylsulfonyl)piperazin-1-yl]phenyl}pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；290 K；3.08M Sodium Formate, 20% Glycerol, 0.1M Tris pH8.5
分辨率 1.83 Å R-free 0.185
5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.67；291 K；24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
分辨率 3.47 Å R-free 0.299
5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.67；291 K；24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
分辨率 3.47 Å R-free 0.299
5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.67；291 K；24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
分辨率 3.47 Å R-free 0.299
5LS6 Structure of Human Polycomb Repressive Complex 2 (PRC2) with inhibitor 提交 2016-08-22 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 K 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 74D 1-[(1~{R})-1-[1-[2,2-bis(fluoranyl)propyl]piperidin-4-yl]ethyl]-~{N}-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxidanylidene-3~{H}-pyridin-3-yl)methyl]-2-methyl-indole-3-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.67；291 K；24% PEG3350, 400mM Ammonian Citrate pH6.67
分辨率 3.47 Å R-free 0.299
5TTW Crystal Structure of EED in Complex with UNC4859 提交 2016-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；291.15 K；20% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 5.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.214
5TTW Crystal Structure of EED in Complex with UNC4859 提交 2016-11-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 76–441（366 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；291.15 K；20% PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1M Bis Tris pH 5.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.214
5U5H Crystal structure of EED in complex with 6-(2-fluoro-5-methoxybenzyl)-1-isopropyl-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine 6-(2-fluoro-5-methoxybenzyl)-1-isopropyl-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine 提交 2016-12-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 7VV (6S)-6-[(2-fluoro-5-methoxyphenyl)methyl]-1-(propan-2-yl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 degree Celsius and harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant with 1-2 mM of compound (typically solubilized in DMSO) for 24-48 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 3.5 M sodium formate, 1-2 mM of compound, and 30% (v/v) glycerol.
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
5U5K Crystal structure of EED in complex with 3-(3-methoxybenzyl)piperidine hydrochloride 提交 2016-12-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 FMT FORMIC ACID × 1 7VY (3R)-3-[(3-methoxyphenyl)methyl]piperidine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；Crystals grown in a precipitant composed of 3-3.5 M sodium formate using the vapor diffusion method. Crystals grew in 3-5 days at 18 Celsius and harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant with 1-2 mM of compound (typically solubilized in DMSO) for 24-48 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 3.5 M sodium formate, 1-2 mM of compound, and 30% (v/v) glycerol.
分辨率 2.33 Å R-free 0.225
5U5T Crystal structure of EED in complex with H3K27Me3 peptide and 3-(benzo[d][1,3]dioxol-4-ylmethyl)piperidine-1-carboximidamide 提交 2016-12-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 7W7 (3R)-3-[(2H-1,3-benzodioxol-4-yl)methyl]piperidine-1-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Using a PEG/salt combination as a precipitant. Briefly, EED was incubated with 10 mM B-nicotinamide adenine dinucleotide hydrate, 2 mM of a tightly binding proprietary compound, and 0.5 mM of a synthesized peptide which comprises the helix on EZH2 which interacts with EED. The crystals were grown using the vapor diffusion method. One uL of the protein mixture was combined with 1 uL of a precipitant comprised of 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, on a cover slip which was suspended over a reservoir comprised of 0.5 mL of precipitant at 18 Celsius and sealed. The crystals grew in 4-6 days at 18 Celsius and then harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant and 2 mM of compound for 24 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 30% PEG 400 (v/v), 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.200
5U5T Crystal structure of EED in complex with H3K27Me3 peptide and 3-(benzo[d][1,3]dioxol-4-ylmethyl)piperidine-1-carboximidamide 提交 2016-12-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 7W7 (3R)-3-[(2H-1,3-benzodioxol-4-yl)methyl]piperidine-1-carboximidamide × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Using a PEG/salt combination as a precipitant. Briefly, EED was incubated with 10 mM B-nicotinamide adenine dinucleotide hydrate, 2 mM of a tightly binding proprietary compound, and 0.5 mM of a synthesized peptide which comprises the helix on EZH2 which interacts with EED. The crystals were grown using the vapor diffusion method. One uL of the protein mixture was combined with 1 uL of a precipitant comprised of 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, on a cover slip which was suspended over a reservoir comprised of 0.5 mL of precipitant at 18 Celsius and sealed. The crystals grew in 4-6 days at 18 Celsius and then harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant and 2 mM of compound for 24 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 30% PEG 400 (v/v), 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.200
5U62 Crystal structure of EED in complex with H3K27Me3 peptide and 6-(benzo[d][1,3]dioxol-4-ylmethyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine 提交 2016-12-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 GOL GLYCEROL × 1 YT3 YTTRIUM (III) ION × 2 7WD (6S)-6-[(2H-1,3-benzodioxol-4-yl)methyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Using a PEG/salt combination as a precipitant. Briefly, EED was incubated with 10 mM B-nicotinamide adenine dinucleotide hydrate, 2 mM of a tightly binding proprietary compound, and 0.5 mM of a synthesized peptide which comprises the helix on EZH2 which interacts with EED. The crystals were grown using the vapor diffusion method. One uL of the protein mixture was combined with 1 uL of a precipitant comprised of 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, on a cover slip which was suspended over a reservoir comprised of 0.5 mL of precipitant at 18 Celsius and sealed. The crystals grew in 4-6 days at 18 Celsius and then harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant and 2 mM of compound for 24 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 30% PEG 400 (v/v), 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
5U62 Crystal structure of EED in complex with H3K27Me3 peptide and 6-(benzo[d][1,3]dioxol-4-ylmethyl)-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine 提交 2016-12-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
未记录 7WD (6S)-6-[(2H-1,3-benzodioxol-4-yl)methyl]-5,6,7,8-tetrahydroimidazo[1,5-a]pyridin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；Using a PEG/salt combination as a precipitant. Briefly, EED was incubated with 10 mM B-nicotinamide adenine dinucleotide hydrate, 2 mM of a tightly binding proprietary compound, and 0.5 mM of a synthesized peptide which comprises the helix on EZH2 which interacts with EED. The crystals were grown using the vapor diffusion method. One uL of the protein mixture was combined with 1 uL of a precipitant comprised of 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, on a cover slip which was suspended over a reservoir comprised of 0.5 mL of precipitant at 18 Celsius and sealed. The crystals grew in 4-6 days at 18 Celsius and then harvested and soaked in defined drops consisting of 30 uL of precipitant and 2 mM of compound for 24 h. Crystals were cryopreserved for data collection using a cryosolution consisting of 30% PEG 400 (v/v), 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M potassium iodide, and 0.1M Tris-HCl, pH 8.5.
分辨率 1.90 Å R-free 0.208
5U69 Polycomb protein EED in complex with inhibitor: (3R,4S)-1-[(2-methoxyphenyl)methyl]-N,N-dimethyl-4-(1-methylindol-3-yl)pyrrolidin-3-amine 提交 2016-12-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 LQD (3R,4S)-1-[(2-methoxyphenyl)methyl]-N,N-dimethyl-4-(1-methylindol-3-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；290 K；3.08M Sodium Formate, 20% Glycerol, 0.1M Tris pH8.5
分辨率 1.28 Å R-free 0.152
5U6D Polycomb protein EED in complex with inhibitor: 2-[4-(4-{(3S,4R)-4-(dimethylamino)-1-[(2-fluoro-6-methylphenyl)methyl]pyrrolidin-3-yl}phenyl)-1H-pyrazol-1-yl]acetamide 提交 2016-12-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 7XG 2-[4-(4-{(3S,4R)-4-(dimethylamino)-1-[(2-fluoro-6-methylphenyl)methyl]pyrrolidin-3-yl}phenyl)-1H-pyrazol-1-yl]acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；290 K；3.08M Sodium Formate, 20% Glycerol, 0.1M Tris, pH8.5
分辨率 1.64 Å R-free 0.178
5U8A Polycomb protein EED in complex with inhibitor: (3R,4S)-1-[(2-bromo-6-fluorophenyl)methyl]-N,N-dimethyl-4-(1-methyl-1H-indol-3-yl)pyrrolidin-3-amine 提交 2016-12-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 82D (3R,4S)-1-[(2-bromo-6-fluorophenyl)methyl]-N,N-dimethyl-4-(1-methyl-1H-indol-3-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；290 K；3.08M Sodium Formate, 20% Glycerol, 0.1M Tris pH8.5
分辨率 1.45 Å R-free 0.173
5U8F Polycomb protein EED in complex with inhibitor: (3R,4S)-1-[(1S)-7-fluoro-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-N,N-dimethyl-4-(1-methyl-1H-indol-3-yl)pyrrolidin-3-amine 提交 2016-12-14 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 82G (3R,4S)-1-[(1S)-7-fluoro-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-N,N-dimethyl-4-(1-methyl-1H-indol-3-yl)pyrrolidin-3-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；290 K；3.08M Sodium Formate, 20% Glycerol, 0.1M Tris pH8.5
分辨率 1.34 Å R-free 0.176
5WG6 Human Polycomb Repressive Complex 2 in complex with GSK126 inhibitor 提交 2017-07-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–441（440 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 A9G 1-[(2S)-butan-2-yl]-N-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3-methyl-6-[6-(piperazin-1-yl)pyridin-3-yl]-1H-indole-4-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；200 mM ammonium citrate pH 7.2, 16% PEG 3350
分辨率 3.90 Å R-free 0.300
5WG6 Human Polycomb Repressive Complex 2 in complex with GSK126 inhibitor 提交 2017-07-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–441（440 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.2；298 K；200 mM ammonium citrate pH 7.2, 16% PEG 3350
分辨率 3.90 Å R-free 0.300
5WP3 Crystal Structure of EED in complex with EB22 提交 2017-08-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 75–441（367 aa） 片段：residues 75-401
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG-3350, 0.2 M sodium bromide
分辨率 2.55 Å R-free 0.244
5WUK Crystal structure of EED [G255D] in complex with EZH2 peptide and EED226 compound 提交 2016-12-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa） 片段：UNP residues 76-441
突变：G255D GOL GLYCEROL × 1 73K N-(furan-2-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；10% polyethylene glycol (PEG) 6000, 0.1M Bicine(pH9.0)
分辨率 2.03 Å R-free 0.191
6B3W Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 81–441（361 aa） 片段：UNP residues 81-441
未记录 ZN ZINC ION × 7 CJG 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；23.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 6.20)
分辨率 3.05 Å R-free 0.282
6B3W Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one 提交 2017-09-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 81–441（361 aa） 片段：UNP residues 81-441
未记录 ZN ZINC ION × 7 CJG 5,8-dichloro-7-(3,5-dimethyl-1,2-oxazol-4-yl)-2-[(4,6-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；286 K；23.0 %w/v PEG monomethyl ether 2000, 0.0050 M TCEP hydrochloride, 0.1 M MES (pH 6.20)
分辨率 3.05 Å R-free 0.282
6C23 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Compact Active State 提交 2018-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6C24 Cryo-EM structure of PRC2 bound to cofactors AEBP2 and JARID2 in the Extended Active State 提交 2018-01-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6LO2 Crystal structure of EED in complex with EZH2 peptide and compound 11# 提交 2020-01-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 EJU 8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-N-[(2-methoxyphenyl)methyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M TRIS pH 8.0, 15.6% PEG 8000
分辨率 2.21 Å R-free 0.232
6LO2 Crystal structure of EED in complex with EZH2 peptide and compound 11# 提交 2020-01-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 EJU 8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-N-[(2-methoxyphenyl)methyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-a]pyridin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；0.1 M TRIS pH 8.0, 15.6% PEG 8000
分辨率 2.21 Å R-free 0.232
6SFB EED in complex with a triazolopyrimidine 提交 2019-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；23% PEG3350, 0.1 M PCTP pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM TCEP
分辨率 1.52 Å R-free 0.206
6SFB EED in complex with a triazolopyrimidine 提交 2019-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；23% PEG3350, 0.1 M PCTP pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM TCEP
分辨率 1.52 Å R-free 0.206
6SFC EED in complex with a methyl-thiazole 提交 2019-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 2 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；23% PEG3350, 0.1 M PCTP pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM TCEP
分辨率 2.00 Å R-free 0.228
6SFC EED in complex with a methyl-thiazole 提交 2019-08-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 L9T N-(1,3-benzodioxol-4-ylmethyl)-4-methyl-5-(1-methylpyrazol-3-yl)-1,3-thiazol-2-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；23% PEG3350, 0.1 M PCTP pH 8.5, 200 mM MgCl2, 10 mM TCEP
分辨率 2.00 Å R-free 0.228
6U4Y Crystal Structure of an EZH2-EED Complex in an Oligomeric State 提交 2019-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 D 78–441（364 aa） 片段：UNP residues 78-441
链 E 78–441（364 aa） 片段：UNP residues 78-441
链 F 78–441（364 aa） 片段：UNP residues 78-441
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 M sodium/potassium tartrate, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 7.0
分辨率 2.91 Å R-free 0.224
6V3X Crystal structure of EED in complex with PALI1-K1241me3 peptide 提交 2019-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 81–440（360 aa） 片段：UNP residues 81-440
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.6 M sodium formate, 10 mM TCEP, 5% glycerol
分辨率 1.70 Å R-free 0.200
6V3Y Crystal structure of EED in complex with PALI1-K1219me3 peptide 提交 2019-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 81–439（359 aa） 片段：UNP residues 81-439
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.6 M sodium formate, 10 mM TCEP, 5% glycerol
分辨率 1.63 Å R-free 0.193
6W7F Structure of EED bound to inhibitor 5285 提交 2020-03-19 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 Q3D 8-(6-cyclopropylpyridin-3-yl)-N-[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]-1-(methylsulfonyl)imidazo[1,5-c]pyrimidin-5-amine × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 4.3 M Sodium Formate, 18% Glycerol, 10 mM TCEP
分辨率 2.20 Å R-free 0.199
6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6YVI EED in complex with a cyano-benzofuran 提交 2020-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15M CaCl2, 18% PEG 3350, 0.1M PCPT pH 8.3
分辨率 2.26 Å R-free 0.241
6YVI EED in complex with a cyano-benzofuran 提交 2020-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 PV5 5-fluoranyl-4-[[[8-(2-methylpyridin-3-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-yl]amino]methyl]-2,3-dihydro-1-benzofuran-7-carbonitrile × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15M CaCl2, 18% PEG 3350, 0.1M PCPT pH 8.3
分辨率 2.26 Å R-free 0.241
6YVJ EED in complex with a triazolopyrimidine 提交 2020-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 1.84 Å R-free 0.199
6YVJ EED in complex with a triazolopyrimidine 提交 2020-04-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 1 EJR N-[(5-fluoranyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]-8-(2-methylpyridin-3-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 1.84 Å R-free 0.199
7KSO Cryo-EM structure of PRC2:EZH1-AEBP2-JARID2 提交 2020-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
7KSR PRC2:EZH1_A from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
7KTP PRC2:EZH1_B from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
7KXT Crystal structure of human EED 提交 2020-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–441（402 aa）
未记录 XB7 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperidin-4-yl}-1H-benzimidazol-2-amine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 27 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；3.5M Sodium Formate, 0.1M TrisCl pH8.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.215
7KXT Crystal structure of human EED 提交 2020-12-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 40–441（402 aa）
未记录 XB7 1-[(4-fluorophenyl)methyl]-N-{1-[2-(4-methoxyphenyl)ethyl]piperidin-4-yl}-1H-benzimidazol-2-amine × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 25 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；3.5M Sodium Formate, 0.1M TrisCl pH8.5
分辨率 2.15 Å R-free 0.215
7MSB Structure of EED bound to EEDi-4259 提交 2021-05-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 ZNG (9aM,12aS)-12-{[(5-fluoro-1-benzofuran-4-yl)methyl]amino}-7-(trifluoromethyl)-4,5-dihydro-3H-2,4,11,12a-tetraazabenzo[4,5]cycloocta[1,2,3-cd]inden-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；2uL of protein + 2 uL of well (0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol, 4.3 M Na Formate, 10 mM TCEP)
分辨率 1.90 Å R-free 0.190
7MSD Structure of EED bound to EEDi-6068 提交 2021-05-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 ZMY (9aP,12aR)-4-(2,2-difluoropropyl)-12-{[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]amino}-7-(trifluoromethyl)-4,5-dihydro-3H-2,4,8,11,12a-pentaazabenzo[4,5]cycloocta[1,2,3-cd]inden-3-one × 1 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 20% glycerol, 4.5 M Na Formate, 10 mM TCEP
分辨率 2.20 Å R-free 0.212
7P3C EED in complex with compound 4 提交 2021-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 1.61 Å R-free 0.206
7P3C EED in complex with compound 4 提交 2021-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 51A N-[5-[(5-fluoranyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methylamino]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-8-yl]benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 1.61 Å R-free 0.206
7P3G EED in complex with compound 4 提交 2021-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 2.39 Å R-free 0.239
7P3G EED in complex with compound 4 提交 2021-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 52R N5-[(5-fluoranyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]-N8-methyl-N8-(1-methylpyrazol-3-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidine-5,8-diamine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 2.39 Å R-free 0.239
7P3J EED in complex with compound 4 提交 2021-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 76–441（366 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 L9W N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-(4-methylsulfonylphenyl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 1.93 Å R-free 0.204
7P3J EED in complex with compound 4 提交 2021-07-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 76–441（366 aa）
未记录 54N 8-[6-[(dimethylamino)methyl]-2-methyl-pyridin-3-yl]-5-[(5-fluoranyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methylamino]-2H-pyrido[3,4-d]pyridazin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.1M PCTP pH7.7, 130mM MgCl2
分辨率 1.93 Å R-free 0.204
7QJG EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 6 提交 2021-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EKR N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-7-ylmethyl)-8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 16% PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
7QJG EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 6 提交 2021-12-16 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–441（365 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EKR N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-7-ylmethyl)-8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 16% PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.218
7QJU EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 7 提交 2021-12-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EKF N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 16% PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
7QJU EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 7 提交 2021-12-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 77–441（365 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 EKF N-(2,3-dihydro-1-benzofuran-4-ylmethyl)-8-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0, 16% PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.213
7QK4 EED in complex with PRC2 allosteric inhibitor compound 22 (MAK683) 提交 2021-12-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 77–441（365 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 EJR N-[(5-fluoranyl-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]-8-(2-methylpyridin-3-yl)-[1,2,4]triazolo[4,3-c]pyrimidin-5-amine × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.0, 0.2 M MgCl2, 20% PEG 3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.206
7SI4 CRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-2219 提交 2021-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–441（402 aa）
未记录 9JL (4S)-8-{4-[(dimethylamino)methyl]-2-methylphenyl}-5-{[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]amino}imidazo[1,2-c]pyrimidine-2-carbonitrile × 1 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；3.5 M Sodium Formate, 50 mM 0.1 M Hepes pH 7.0
分辨率 1.90 Å R-free 0.213
7SI5 CRYSTAL STRUCTURE OF EED WITH MRTX-1919 提交 2021-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 40–441（402 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 2 9L0 (4R)-8-(1,3-dimethyl-1H-pyrazol-5-yl)-5-{[(5-fluoro-2,3-dihydro-1-benzofuran-4-yl)methyl]amino}imidazo[1,2-c]pyrimidine-2-carbonitrile × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 FMT FORMIC ACID × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；3.1 mM Sodium Formate, 100 mM Hepes pH 7.5, seeding
分辨率 1.75 Å R-free 0.187
7TD5 Structure of human PRC2-EZH1 containing phosphorylated SUZ12 提交 2021-12-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10% PEG3350, 100 mM (NH4)2SO4, 50mM HEPES 6.8
分辨率 2.99 Å R-free 0.230
7TD5 Structure of human PRC2-EZH1 containing phosphorylated SUZ12 提交 2021-12-30 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 G 77–441（365 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；289 K；10% PEG3350, 100 mM (NH4)2SO4, 50mM HEPES 6.8
分辨率 2.99 Å R-free 0.230
8EQV Cryo-EM structure of PRC2 in complex with the long isoform of AEBP2 提交 2022-10-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–441（441 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；200 mM NaCl, 20 mM HEPES pH 7.5, 1 mM TCEP, 0.01% NP-40
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blotting 3 seconds
分辨率 3.64 Å
8FYH G4 RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2023-01-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric
链 C 1–441（441 aa）
链 I 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1mM TCEP).
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3s of single side blotting
分辨率 3.40 Å
8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 F 1–441（441 aa）
链 K 1–441（441 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 G 1–441（441 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 G 1–441（441 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8VMI PRC2_AJ119-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VML PRC2_AJ1-450 bound to H3K4me3 提交 2024-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8VNV PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3 with histone H3 tail engaged 提交 2024-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VNZ PRC2_AJ1-450 bound to H3K36me3-modified nucleosome with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 1–441（441 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9C8U Human PRC2 - RvLEAM (short) (1:6 molar ratio), cross-linked 10 min 提交 2024-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 75–441（367 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9DCH Single-stranded RNA-mediated PRC2 dimer 提交 2024-08-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric
链 C 1–441（441 aa）
链 J 1–441（441 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；RNP complex buffer (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2 mM MgCl2, 10% glycerol, and 1 mM TCEP) EM preparation buffer I (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, and 1 mM TCEP) EM preparation buffer II (25 mM HEPES pH 7.9, 50 mM KCl, 2.5% glycerol, 0.01%NP-40, and 1 mM TCEP).
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；2-3s of single side blotting
分辨率 3.40 Å

共 77 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EED_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–368； UniProt 77–441

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6w7g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6w7g
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6w7g
沉积日期 deposition_date2020-03-19
结构标题 titleStructure of EED bound to inhibitor 1056
关键词 keywordsInhibitor, GENE REGULATION, Transcription-Inhibitor complex; GENE REGULATION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.85 Å
零角强度 I(0) i030875500.00
分子量 molecular_weight42104.0 kDa
排除体积 excluded_volume52241 ų
包络体积 envelope_volume59419 ų
水化壳体积 shell_volume24127 ų
包络直径 envelope_diameter70.7 Å
壳层 Rg shell_rg27.38 Å
包络 Rg envelope_rg20.24 Å
形状 Rg shape_rg19.84 Å
总 Rg total_rg20.81 Å
总原子数 total_atoms3019
残基数 n_residues359
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.6 Å
Rg (实空间) rg_real20.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0880e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0060e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30880000.0000
解质量估计 total_estimate0.8017
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.2 Å
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.380
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8589000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)