SAXSdb — 6wdt

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

viral protein 1

Enterovirus D68

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	viral protein 2 × 60 （A0A0A7X639） viral protein 4 × 60 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 60 EV68-228 light chain × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	viral protein 2 × 1 （A0A0A7X639） viral protein 4 × 1 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 1 EV68-228 light chain × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	viral protein 2 × 5 （A0A0A7X639） viral protein 4 × 5 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 5 EV68-228 light chain × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	viral protein 2 × 6 （A0A0A7X639） viral protein 4 × 6 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 6 EV68-228 light chain × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	viral protein 2 × 1 （A0A0A7X639） viral protein 4 × 1 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 1 EV68-228 light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A097BW12_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	1, 3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 565–861 作者链 C； PDB构建体 1–247； UniProt 318–564

viral protein 2

Enterovirus D68

UniProt A0A0A7X639

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	viral protein 1 × 60 （A0A097BW12） viral protein 3 × 60 （A0A097BW12） viral protein 4 × 60 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 60 EV68-228 light chain × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	viral protein 1 × 1 （A0A097BW12） viral protein 3 × 1 （A0A097BW12） viral protein 4 × 1 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 1 EV68-228 light chain × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	viral protein 1 × 5 （A0A097BW12） viral protein 3 × 5 （A0A097BW12） viral protein 4 × 5 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 5 EV68-228 light chain × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	viral protein 1 × 6 （A0A097BW12） viral protein 3 × 6 （A0A097BW12） viral protein 4 × 6 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 6 EV68-228 light chain × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	viral protein 1 × 1 （A0A097BW12） viral protein 3 × 1 （A0A097BW12） viral protein 4 × 1 （A0A126D252） EV68-228 heavy chain × 1 EV68-228 light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0A7X639_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–248； UniProt 70–317

viral protein 4

Enterovirus D68

UniProt A0A126D252

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	viral protein 1 × 60 （A0A097BW12） viral protein 2 × 60 （A0A0A7X639） viral protein 3 × 60 （A0A097BW12） EV68-228 heavy chain × 60 EV68-228 light chain × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	viral protein 1 × 1 （A0A097BW12） viral protein 2 × 1 （A0A0A7X639） viral protein 3 × 1 （A0A097BW12） EV68-228 heavy chain × 1 EV68-228 light chain × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	viral protein 1 × 5 （A0A097BW12） viral protein 2 × 5 （A0A0A7X639） viral protein 3 × 5 （A0A097BW12） EV68-228 heavy chain × 5 EV68-228 light chain × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	viral protein 1 × 6 （A0A097BW12） viral protein 2 × 6 （A0A0A7X639） viral protein 3 × 6 （A0A097BW12） EV68-228 heavy chain × 6 EV68-228 light chain × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	viral protein 1 × 1 （A0A097BW12） viral protein 2 × 1 （A0A0A7X639） viral protein 3 × 1 （A0A097BW12） EV68-228 heavy chain × 1 EV68-228 light chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A126D252_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 2–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wdt
沉积日期 deposition_date	2020-04-01
结构标题 title	Enterovirus D68 in complex with human monoclonal antibody EV68-228
关键词 keywords	;virus, enterovirus, antibody, Structural Genomics, Center for Structural Genomics of Infectious Diseases, CSGID, VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRUS/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6wdt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6wdt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6wdt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	140.80 Å
总 Rg	140.90 Å
原子数	478740
残基数	61680
排除体积	8496000 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wdt__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6wdt__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6wdt__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6wdt__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6wdt__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	viral protein 1
分子量 formula_weight	32920.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7979

IESIIKTATDTVKSEINAELGVVPSLNAVETGATSNTEPEEAIQTRTVINQHGVSETLVENFLSRAALVSKRSFEYKDHTSSTARADKNFFKWTINTRSFVQLRRKLELFTYLRFDAEITILTTVAVNGSGNNTYVGLPDLTLQAMFVPTGALTPEKQDSFHWQSGSNASVFFKISDPPARITIPFMCINSAYSVFYDGFAGFEKNGLYGINPADTIGNLCVRIVNEHQPVGFTVTVRVYMKPKHIKAWAPRPPRTLPYMSIANANYKGKERAPNALSAIIGNRDSVKTMPHNIVNT

来源 Source

来源生物 organism	Enterovirus D68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	viral protein 2
分子量 formula_weight	27567.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEACGYSDRVLQLKLGNSAIVTQEAANYCCAYGEWPNYLPDHEAVAIDKPTQPETATDRFYTLKSVKWETGSTGWWWKLPDALNNIGMFGQNVQHHYLYRSGFLIHVQCNATKFHQGALLVVAIPEHQRGAHNTNTSPGFDDIMKGEEGGTFNHPYVLDDGTSLACATIFPHQWINLRTNNSATIVLPWMNAAPMDFPLRHNQWTLAIIPVVPLGTRTTSSMVPITVSIAPMCCEFNGLRHAITQ

来源 Source

来源生物 organism	Enterovirus D68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	viral protein 3
分子量 formula_weight	27112.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GVPTYLLPGSGQFLTTDDHSSAPALPCFNPTPEMHIPGQVRNMLEVVQVESMMEINNTESAVGMERLKVDISALTDVDQLLFNIPLDIQLDGPLRNTLVGNISRYYTHWSGSLEMTFMFCGSFMAAGKLILCYTPPGGSCPTTRETAMLGTHIVWDFGLQSSVTLIIPWISGSHYRMFNNDAKSTNANVGYVTCFMQTNLIVPSESSDTCSLIGFIAAKDDFSLRLMRDSPDIGQLDHLHAAEAAYQ

来源 Source

来源生物 organism	Enterovirus D68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	viral protein 4
分子量 formula_weight	7337.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GAQVTRQQTGTHENANIATNGSHITYNQINFYKDSYAASASKQDFSQDPSKFTEPVVEGLKAGAPVLK

来源 Source

来源生物 organism	Enterovirus D68
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	42789
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	EV68-228 heavy chain
分子量 formula_weight	14037.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QVQLQESGPGLVKPSETLSLTCTVSGYLISNGYYWGWIRQSPGKGLEWIGSIYYTRDTYYNWSLKSRITISVDTSKKQFSLKLYSVTAADTAVYYCVRHEGSCNDGSCYGSFVDNWGQGTLVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	EV68-228 light chain
分子量 formula_weight	11354.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DIQMTQSPSSVSASVGDRVTLTCRASQDISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTHFTLTISSLQPEDFATYFCQQADSFITFGGGTKVEIK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d6wdta_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wdtc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wdth1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6wdth2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6wdtl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6wdtA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6wdtB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6wdtC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	20194

Enterovirus D68 in complex with human monoclonal antibody EV68-228

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

viral protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

viral protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

viral protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wdt__assembly_1__model_1

6wdt__assembly_1__model_1 | I(q)

6wdt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)