6wie

Post-catalytic nicked complex of human Polymerase Mu on a complementary DNA double-strand break substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 4	;DNA (5'-D(CPGPGPCPAPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPGPTPAPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 2 SODIUM ION × 2 CHLORIDE ION × 1 SULFATE ION × 1 PYROPHOSPHATE × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 GLYCEROL × 1 water × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLM_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–356； UniProt 132–494

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wie
沉积日期 deposition_date	2020-04-09
结构标题 title	Post-catalytic nicked complex of human Polymerase Mu on a complementary DNA double-strand break substrate
关键词 keywords	Family X polymerase, nonhomologous end-joining, DNA double-strand break repair, TRANSFERASE-DNA complex; TRANSFERASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6wie__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6wie__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6wie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.83 Å
Rg（电子密度）	21.16 Å
总 Rg	21.97 Å
原子数	2966
残基数	346
排除体积	51717 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wie__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA-directed DNA/RNA polymerase mu
分子量 formula_weight	40054.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
突变 mutation	P398-P410 deletion replaced by G410 linker
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3505

GSAAAPLSPAWMPAYACQRPTPLTHHNTGLSEALEILAEAAGFEGSEGRLLTFCRAASVLKALPSPVTTLSQLQGLPHFGEHSSRVVQELLEHGVCEEVERVRRSERYQTMKLFTQIFGVGVKTADRWYREGLRTLDDLREQPQKLTQQQKAGLQHHQDLSTPVLRSDVDALQQVVEEAVGQALPGATVTLTGGFRRGKLQGHDVDFLITHPKEGQEAGLLPRVMCRLQDQGLILYHQHQHSCCESPTRLAQQSHMDAFERSFCIFRLPQPGSWKAVRVDLVVAPVSQFPFALLGWTGSKLFQRELRRFSRKEKGLWLNSHGLFDPEQKTFFQAASEEDIFRHLGLEYLPPEQRNA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPGPCPAPT)-3') ;
分子量 formula_weight	1809.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	T

CGGCAT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	886.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	U

ACG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPTPAP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	1495.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	P

CGTAT

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	1191.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCCG

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PYROPHOSPHATE
分子量 formula_weight	178.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 14 Entity 14 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	347

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晶胞边长 a length_a	60.073 Å
晶胞边长 b length_b	62.247 Å
晶胞边长 c length_c	118.318 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	34.900 Å
R 因子 r_factor	0.1704
R_work r_work	0.1699
R_free r_free	0.1868

Post-catalytic nicked complex of human Polymerase Mu on a complementary DNA double-strand break substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wie__assembly_1__model_1

6wie__assembly_1__model_1 | I(q)

6wie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)

Post-catalytic nicked complex of human Polymerase Mu on a complementary DNA double-strand break substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed DNA/RNA polymerase mu

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wie__assembly_1__model_1

6wie__assembly_1__model_1 | I(q)

6wie__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (14)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 water

7. 引用文献 (1)