SAXSdb — 6wkb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	5'-deoxyuridine × 2 D-METHIONINE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 METHIONINE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	METK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395 作者链 B； PDB构建体 1–395； UniProt 1–395

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wkb
沉积日期 deposition_date	2020-04-15
结构标题 title	Human S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp and Met
关键词 keywords	S-adenosylmethionine synthetase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6wkb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6wkb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6wkb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.95 Å
Rg（电子密度）	24.74 Å
总 Rg	25.76 Å
原子数	5946
残基数	761
排除体积	105760 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wkb__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	S-adenosylmethionine synthase isoform type-2
分子量 formula_weight	43720.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6146

MNGQLNGFHEAFIEEGTFLFTSESVGEGHPDKICDQISDAVLDAHLQQDPDAKVACETVAKTGMILLAGEITSRAAVDYQKVVREAVKHIGYDDSSKGFDYKTCNVLVALEQQSPDIAQGVHLDRNEEDIGAGDQGLMFGYATDETEECMPLTIVLAHKLNAKLAELRRNGTLPWLRPDSKTQVTVQYMQDRGAVLPIRVHTIVISVQHDEEVCLDEMRDALKEKVIKAVVPAKYLDEDTIYHLQPSGRFVIGGPQGDAGLTGRKIIVDTYGGWGAHGGGAFSGKDYTKVDRSAAYAARWVAKSLVKGGLCRRVLVQVSYAIGVSHPLSISIFHYGTSQKSERELLEIVKKNFDLRPGVIVRDLDLKKPIYQRTAAYGHFGRDSFPWEVPKKLKY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	5'-deoxyuridine
分子量 formula_weight	228.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	D-METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	METHIONINE
分子量 formula_weight	149.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	28

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6wkba1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.130 — S-adenosylmethionine synthetase
超家族 Superfamily superfamily	d.130.1 — S-adenosylmethionine synthetase
家族 Family family	d.130.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wkba2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.130 — S-adenosylmethionine synthetase
超家族 Superfamily superfamily	d.130.1 — S-adenosylmethionine synthetase
家族 Family family	d.130.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wkba3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.130 — S-adenosylmethionine synthetase
超家族 Superfamily superfamily	d.130.1 — S-adenosylmethionine synthetase
家族 Family family	d.130.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wkbb1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.130 — S-adenosylmethionine synthetase
超家族 Superfamily superfamily	d.130.1 — S-adenosylmethionine synthetase
家族 Family family	d.130.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wkbb2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.130 — S-adenosylmethionine synthetase
超家族 Superfamily superfamily	d.130.1 — S-adenosylmethionine synthetase
家族 Family family	d.130.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wkbb3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.130 — S-adenosylmethionine synthetase
超家族 Superfamily superfamily	d.130.1 — S-adenosylmethionine synthetase
家族 Family family	d.130.1.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	144.191 Å
晶胞边长 b length_b	144.191 Å
晶胞边长 c length_c	188.196 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	47.200 Å
R 因子 r_factor	0.2225
R_work r_work	0.2202
R_free r_free	0.2655

Human S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp and Met

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wkb__assembly_1__model_1

6wkb__assembly_1__model_1 | I(q)

6wkb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Human S-adenosylmethionine synthetase co-crystallized with UppNHp and Met

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

S-adenosylmethionine synthase isoform type-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wkb__assembly_1__model_1

6wkb__assembly_1__model_1 | I(q)

6wkb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)