6woz

Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 183.8 Å Quality: GOOD

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reticulocyte binding protein 2b

Plasmodium vivax (strain Salvador I)

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 J； UniProt 15–316	未记录	251249 Fab heavy chain × 1 251249 Fab light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 15–316	未记录	251249 Fab heavy chain × 1 251249 Fab light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
3	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 15–316	未记录	251249 Fab heavy chain × 1 251249 Fab light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.258
4	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 15–316	未记录	251249 Fab heavy chain × 1 251249 Fab light chain × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.2 M DL-malate-imidazole pH 6.0, 15% (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.90 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WOZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5W53 Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) 提交 2017-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 15–316（302 aa）片段：ERYTHROCYTE-BINDING DOMAIN (RESIDUES 169-470)	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 3 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；22% W/V PEG3350, 200 MM POTASSIUM THIOCYANATE, 100 MM BIS-TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 1.71 Å R-free 0.188
5W53 Crystal structure of the erythrocyte-binding domain from Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) 提交 2017-06-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 15–316（302 aa）片段：ERYTHROCYTE-BINDING DOMAIN (RESIDUES 169-470)	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 2 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；22% W/V PEG3350, 200 MM POTASSIUM THIOCYANATE, 100 MM BIS-TRIS-HCL, PH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 295K	分辨率 1.71 Å R-free 0.188
6BPA Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 3E9 提交 2017-11-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	BR BROMIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.2 M KBr, 15% (w/v) PEG 4,000 and 0.05 M sodium citrate/citric acid	分辨率 2.53 Å R-free 0.225
6BPA Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 3E9 提交 2017-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；295 K；0.2 M KBr, 15% (w/v) PEG 4,000 and 0.05 M sodium citrate/citric acid	分辨率 2.53 Å R-free 0.225
6BPC Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 4F7 提交 2017-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M trisodium citrate and 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 2.66 Å R-free 0.215
6BPC Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 4F7 提交 2017-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M trisodium citrate and 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 2.66 Å R-free 0.215
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6BPE Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to monoclonal antibody 6H1 提交 2017-11-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 J 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2 M (NH4)2SO4, 20% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.34 Å R-free 0.367
6D03 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; one molecule of parasite ligand. 提交 2018-04-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 E 2–815（814 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.68 Å
6D04 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 1. 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–815（815 aa）链 F 1–815（815 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.74 Å
6D05 Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 2. 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–815（815 aa）链 F 1–815（815 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 FE FE (III) ION × 4 CO3 CARBONATE ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6WM9 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 237235 提交 2020-04-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3,350	分辨率 2.45 Å R-free 0.279
6WM9 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 237235 提交 2020-04-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1 M magnesium formate, 15% (w/v) PEG 3,350	分辨率 2.45 Å R-free 0.279
6WN1 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 241242 提交 2020-04-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M sodium thiocyanate, 17% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.283
6WN1 Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 241242 提交 2020-04-22	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M sodium thiocyanate, 17% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.15 Å R-free 0.283
6WNO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 243244 提交 2020-04-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris chloride pH 8.5, 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2,000	分辨率 3.35 Å R-free 0.283
6WNO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 243244 提交 2020-04-23	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；0.2 M trimethylamine N-oxide, 0.1 M Tris chloride pH 8.5, 20% (w/v) PEG monomethyl ether 2,000	分辨率 3.35 Å R-free 0.283
6WQO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 283284 提交 2020-04-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.3 M ammonium nitrate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.0, 26% (w/v) PEG 2,000	分辨率 3.15 Å R-free 0.305
6WQO Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 283284 提交 2020-04-29	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；295 K；0.3 M ammonium nitrate, 0.1 M sodium HEPES pH 7.0, 26% (w/v) PEG 2,000	分辨率 3.15 Å R-free 0.305
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTU Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 273264 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.0, 0.1 M magnesium chloride, 15 % (w/v) PEG 4,000	分辨率 2.55 Å R-free 0.255
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTV Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 258259 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.4 M ammonium nitrate, 18% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.05 Å R-free 0.277
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.48 Å R-free 0.301
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.48 Å R-free 0.301
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.48 Å R-free 0.301
6WTY Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245 提交 2020-05-04	实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 15–316（302 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；295 K；0.2 M sodium dihydrogen phosphate pH 4.0, 16% (w/v) PEG 3,350	分辨率 3.48 Å R-free 0.301

共 14 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5K736_PLAVS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316 作者链 D； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316 作者链 G； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316 作者链 J； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6woz
沉积日期 deposition_date	2020-04-26
结构标题 title	Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249
关键词 keywords	invasion, plasmodium vivax, malaria, antibody complex, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.73 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.60 Å
零角强度 I(0) i0	1457530000.00
分子量 molecular_weight	319700.0 kDa
排除体积 excluded_volume	400070 Å³
包络体积 envelope_volume	600600 Å³
水化壳体积 shell_volume	97395 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.5 Å
壳层 Rg shell_rg	56.10 Å
包络 Rg envelope_rg	49.66 Å
形状 Rg shape_rg	51.60 Å
总 Rg total_rg	51.78 Å
总原子数 total_atoms	22580
残基数 n_residues	2948
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	183.8 Å
Rg (实空间) rg_real	51.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.85 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4580e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6820e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	51.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1458000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8527
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.319
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.072
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	115200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.718; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.942

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	reticulocyte binding protein 2b
分子量 formula_weight	36519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,D,A,G
原子数 atom_count	22580

GAMGSTNTTDNIDYFDISDESNYYLISQLRPHFSNIYFFDEFKRYASYHTEIKRYEDIHKTKVNSLLNEASRAIGICNRAKNTVKGLINILENPQKFKTQRESYDVKLRQYEEKKEAFRGCLLNKNRKNLDQIKKINNEIRDLLEKLKCSQDCQTNVYFDMIKIYLVDFKKMPYENYDTFIKQYKNSYLSGVDMIRKIEKQIDNPVTINAIKFTQKEMGYIIDRFEYHLQKVKHSIDQVTALSDGVKPKQVTKNRLKEYYFNIGNYYSIFKFGKDSLNMLNKALIHKEKIVHNLLGELFGHLEERIS

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax (strain Salvador I)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126793
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	251249 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25773.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,B,H,K

TGVHSEVQLVESGGGLVKPGGSLRLSCEASGFLFSSYSMNWVRQAPGKGLEWVSSITGYSSEVFYTDSVKGRFTVSRDNSKNSLYLQMDSLRAEDTAVYYCARALTIFGVVITDYWFFDLWGRGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	251249 Fab light chain
分子量 formula_weight	23819.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,C,I,L

TGVHSEIVLTQSPATLSLSPGDRATLSCRASQSVTTFLAWYQQKPGQAPRLLIYDVSNRATGIPARFSGSGSGTDFTLTISSLEPEDFAVYYCQQRSNWGLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d6wozb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6wozc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wozc2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6woze_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6wozf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wozf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wozh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6wozi1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wozi2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wozk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6wozl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6wozl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6wozB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wozL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	99.568 Å
晶胞边长 b length_b	163.551 Å
晶胞边长 c length_c	121.757 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	49.145 Å
R 因子 r_factor	0.2135
R_work r_work	0.2111
R_free r_free	0.2577

fit	/app/data/saxs_computation/wo/6woz/6woz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wo/6woz/6woz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wo/6woz/6woz.dat

Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 251249

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reticulocyte binding protein 2b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (16 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)