SAXSdb — 6ws0

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein REV1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REV1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 HHH； PDB构建体 2–95； UniProt 1158–1251

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

Homo sapiens

UniProt Q9UI95

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9） DNA polymerase zeta catalytic subunit × 1 （O60673） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MD2L2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 CCC； PDB构建体 17–227； UniProt 1–211

DNA polymerase zeta catalytic subunit

Homo sapiens

UniProt O60673

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	DNA repair protein REV1 × 1 （Q9UBZ9） Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B × 1 （Q9UI95） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	REV3L_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 ZZZ； PDB构建体 1–52； UniProt 1847–1898

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6ws0
沉积日期 deposition_date	2020-04-30
结构标题 title	Rational drug design of phenazopyridine derivatives as novel inhibitors of Rev1-CT
关键词 keywords	scaffold, translesion synethesis, DNA damage response, DNA damage tolerance, PROTEIN BINDING-Transferase complex; PROTEIN BINDING/Transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6ws0__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6ws0__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6ws0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.92 Å
Rg（电子密度）	20.96 Å
总 Rg	21.88 Å
原子数	5015
残基数	305
排除体积	44733 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6ws0__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein REV1
分子量 formula_weight	11011.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	HHH
原子数 atom_count	5050

GNLAGAVEFNDVKTLLREWITTISDPMEEDILQVVKYCTDLIEEKDLEKLDLVIKYMKRLMQQSVESVWNMAFDFILDNVQVVLQQTYGSTLKVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B
分子量 formula_weight	26101.2 kDa
突变 mutation	R124A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	CCC

MGSSHHHHHHSQDPNSMTTLTRQDLNFGQVVADVLCEFLEVAVHLILYVREVYPVGIFQKRKKYNVPVQMSCHPELNQYIQDTLHCVKPLLEKNDVEKVVVVILDKEHRPVEKFVFEITQPPLLSISSDSLLSHVEQLLAAFILKISVCDAVLDHNPPGCTFTVLVHTREAATRNMEKIQVIKDFPWILADEQDVHMHDPRLIPLKTMTSDILKMQLYVEERAHKGS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA polymerase zeta catalytic subunit
分子量 formula_weight	5632.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	ZZZ

MLTPTPDSSPRSTSSPSQSKNGSFTPRTANILKPLMSPPSREEIMATLLDHD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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晶胞边长 a length_a	69.376 Å
晶胞边长 b length_b	69.376 Å
晶胞边长 c length_c	106.391 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.240 Å
最低分辨率 resolution_low	29.070 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2210

Rational drug design of phenazopyridine derivatives as novel inhibitors of Rev1-CT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein REV1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA polymerase zeta catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ws0__assembly_1__model_1

6ws0__assembly_1__model_1 | I(q)

6ws0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)

Rational drug design of phenazopyridine derivatives as novel inhibitors of Rev1-CT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein REV1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Mitotic spindle assembly checkpoint protein MAD2B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase zeta catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6ws0__assembly_1__model_1

6ws0__assembly_1__model_1 | I(q)

6ws0__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 引用文献 (1)