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6wtb

Sort-Tagged Drosophila Cryptochrome

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 122.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cryptochrome-1

Drosophila melanogaster

UniProt O77059

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–539 链 B； UniProt 1–539 未记录 MG MAGNESIUM ION × 3 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；4 microliter drop (2 microliter protein solution, 2 microliter well solution) 100 mM Tris (pH 9) 150 mM Magneisum Acetate Tetrahydrate 17% PEG-4000 8 mg/mL sort-tagged WT Drosophila Cryptochrome 分辨率 2.58 Å R-free 0.287

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6WTB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4GU5 Structure of Full-length Drosophila Cryptochrome 提交 2012-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–539（539 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；298 K；50 MM HEPES PH 8.0; 150 MM NACL 5MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH 18% PDG 4K, 150 MM MGACETATE, 100 MM TRIS PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
4GU5 Structure of Full-length Drosophila Cryptochrome 提交 2012-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–539（539 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；298 K；50 MM HEPES PH 8.0; 150 MM NACL 5MG/ML PROTEIN MIXED 1:1 WITH 18% PDG 4K, 150 MM MGACETATE, 100 MM TRIS PH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
分辨率 2.30 Å R-free 0.247
4JZY Crystal structures of Drosophila Cryptochrome 提交 2013-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–540（540 aa）
链 B 1–540（540 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NH4 AMMONIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.2 M NH4OAc, 20% PEG 3350 , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.34 Å R-free 0.222
4K03 Crystal structure of Drosophila Cryprochrome 提交 2013-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–542（542 aa）
链 B 1–542（542 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；100 mM TrisHCl pH 8.0, 17% PEG 3350, 120 mM Mg-Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.269
7UD0 Room Temperature Drosophila Cryptochrome 提交 2022-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–539（539 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 8.5；298 K；5 mg/mL twin-strep tagged dCRY (1-539) 100 mM Tris (pH 8.5) 150 mM Magnesium acetate tetrahydrate 18% PEG-4000 Mixed 1:1 in Eppendorf tube; no vortexing
分辨率 3.50 Å R-free 0.294
7UD0 Room Temperature Drosophila Cryptochrome 提交 2022-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–539（539 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 8.5；298 K；5 mg/mL twin-strep tagged dCRY (1-539) 100 mM Tris (pH 8.5) 150 mM Magnesium acetate tetrahydrate 18% PEG-4000 Mixed 1:1 in Eppendorf tube; no vortexing
分辨率 3.50 Å R-free 0.294
8DD7 The Cryo-EM structure of Drosophila Cryptochrome in complex with Timeless 提交 2022-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–520（520 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.30 Å

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CRY1_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 46–584； UniProt 1–539 作者链 B； PDB构建体 46–584； UniProt 1–539

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wtb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wtb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wtb
沉积日期 deposition_date2020-05-02
结构标题 titleSort-Tagged Drosophila Cryptochrome
关键词 keywordsFlavoprotein, Sortylation Linker, CIRCADIAN CLOCK PROTEIN; CIRCADIAN CLOCK PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.65 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.39 Å
零角强度 I(0) i0248740000.00
分子量 molecular_weight126400.0 kDa
排除体积 excluded_volume157600 ų
包络体积 envelope_volume197610 ų
水化壳体积 shell_volume46505 ų
包络直径 envelope_diameter132.0 Å
壳层 Rg shell_rg41.24 Å
包络 Rg envelope_rg36.41 Å
形状 Rg shape_rg36.39 Å
总 Rg total_rg36.72 Å
总原子数 total_atoms8907
残基数 n_residues1084
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.8 Å
Rg (实空间) rg_real36.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real2.4870e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal248700000.0000
解质量估计 total_estimate0.6751
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary120.0 Å
偏度 Skewness skewness0.416
峰度 Kurtosis kurtosis-0.435
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha100200000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.853; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.159; Positv: 1.000; Valcen: 0.885; Smooth: 0.852
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)