6wti

The Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 102.4 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I

Escherichia coli

UniProt H4KCU1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–663 未记录 Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 (A0A024L5V9) Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 (D6I7E4) Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 (I2RK84) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4KCU1_ECOLX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–663; UniProt 1–663

Ubiquinol oxidase subunit 2

Escherichia coli

UniProt A0A024L5V9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–315 未记录 Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 (H4KCU1) Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 (D6I7E4) Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 (I2RK84) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A024L5V9_ECOLX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–315; UniProt 1–315

Cytochrome o ubiquinol oxidase

Escherichia coli

UniProt D6I7E4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–204 未记录 Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 (H4KCU1) Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 (A0A024L5V9) Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV × 1 (I2RK84) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 D6I7E4_ECOLX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–204; UniProt 1–204

Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit IV

Escherichia coli

UniProt I2RK84

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–109 未记录 Cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I × 1 (H4KCU1) Ubiquinol oxidase subunit 2 × 1 (A0A024L5V9) Cytochrome o ubiquinol oxidase × 1 (D6I7E4) HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 HEO HEME O × 1 CU COPPER (II) ION × 1 UQ8 Ubiquinone-8 × 1 3PE 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine × 9 U9V pentadecyl(tetradecyl)peroxyanhydride × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.38 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 I2RK84_ECOLX
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–109; UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6wti

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6wti
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6wti
沉积日期 deposition_date2020-05-02
结构标题 titleThe Cryo-EM structure of the ubiquinol oxidase from Escherichia coli
关键词 keywordsubiquinol oxidase cytochrome bo3, membrane protein, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.52
零角强度 I(0) i0241066000.00
分子量 molecular_weight141460.0 kDa
排除体积 excluded_volume183740 ų
包络体积 envelope_volume213560 ų
水化壳体积 shell_volume53558 ų
包络直径 envelope_diameter111.0
壳层 Rg shell_rg40.56
包络 Rg envelope_rg31.88
形状 Rg shape_rg31.52
总 Rg total_rg32.31
总原子数 total_atoms9980
残基数 n_residues1207
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax102.4
Rg (实空间) rg_real32.84
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real2.4110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5580e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal241100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9005
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary40.5
偏度 Skewness skewness0.200
峰度 Kurtosis kurtosis-0.454
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha51680000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.913

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6wtib1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.17 — Transmembrane helix hairpin
超家族 Superfamily superfamilyf.17.2 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
家族 Family familyf.17.2.1 — Cytochrome c oxidase subunit II-like, transmembrane region
结构域编号 domain_idd6wtib2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.2 — Periplasmic domain of cytochrome c oxidase subunit II

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)