6wty

Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reticulocyte binding protein 2b

Plasmodium vivax (strain Salvador I)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	253245 Fab light chain × 1 253245 Fab heavy chain × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	253245 Fab light chain × 1 253245 Fab heavy chain × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	253245 Fab light chain × 1 253245 Fab heavy chain × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	253245 Fab light chain × 1 253245 Fab heavy chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A5K736_PLAVS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316 作者链 D； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316 作者链 G； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316 作者链 J； PDB构建体 6–307； UniProt 15–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wty
沉积日期 deposition_date	2020-05-04
结构标题 title	Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245
关键词 keywords	invasion, plasmodium vivax, malaria, antibody complex, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6wty__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6wty__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6wty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.26 Å
Rg（电子密度）	32.98 Å
总 Rg	33.50 Å
原子数	5223
残基数	728
排除体积	91380 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6wty__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6wty__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6wty__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6wty__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	reticulocyte binding protein 2b
分子量 formula_weight	36519.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,J,G,A
原子数 atom_count	19922

GAMGSTNTTDNIDYFDISDESNYYLISQLRPHFSNIYFFDEFKRYASYHTEIKRYEDIHKTKVNSLLNEASRAIGICNRAKNTVKGLINILENPQKFKTQRESYDVKLRQYEEKKEAFRGCLLNKNRKNLDQIKKINNEIRDLLEKLKCSQDCQTNVYFDMIKIYLVDFKKMPYENYDTFIKQYKNSYLSGVDMIRKIEKQIDNPVTINAIKFTQKEMGYIIDRFEYHLQKVKHSIDQVTALSDGVKPKQVTKNRLKEYYFNIGNYYSIFKFGKDSLNMLNKALIHKEKIVHNLLGELFGHLEERIS

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium vivax (strain Salvador I)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	126793
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	253245 Fab light chain
分子量 formula_weight	23471.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,L,I

TGSWAQSALTQPPSTSGSPGQSVTISCTGTGIDVGGFSYVSWFQYHPGKAPKLIIFEVTKRPSGVPDRFSGSKSGNTASLTISGLQADDEAEYYCSSYAVNNNFVFGTGTKVTVLVSPRPTPLSLCSHPRSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	253245 Fab heavy chain
分子量 formula_weight	25668.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,H,K,E

TGVHSEVQLVQSGAEVKKPGSSMKVSCKASGGTFNRYVFSWVRQAPGQGLEWMGGILPILETTYYAKNFKGRVTITADESTSTVYMELSSLTSEDTAVYFCARDEHDYVWGSYRPSLTGPWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTHTCP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id	6wtyB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6wtyL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	70.559 Å
晶胞边长 b length_b	78.189 Å
晶胞边长 c length_c	312.080 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.16 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.481 Å
最低分辨率 resolution_low	48.701 Å
R 因子 r_factor	0.2666
R_work r_work	0.2619
R_free r_free	0.3011

Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reticulocyte binding protein 2b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wty__assembly_1__model_1

6wty__assembly_1__model_1 | I(q)

6wty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)

Plasmodium vivax reticulocyte binding protein 2b (PvRBP2b) bound to human monoclonal antibody 253245

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

reticulocyte binding protein 2b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6wty__assembly_1__model_1

6wty__assembly_1__model_1 | I(q)

6wty__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

7. 引用文献 (1)