SAXSdb — 6wy1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dengue 2 soluble recombinant envelope

Dengue virus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 281–677	突变：G106D, A259W, T262R, F279W, T280P	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；296 K；15% PEG 3350 pH 4.4, 0.1M Sodium Acetate Trihydrate + 0.1M Sodium Iodide	分辨率 3.42 Å R-free 0.337

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6WY1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3J35 Cryo-EM reconstruction of Dengue virus at 37 C 提交 2013-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 180 PDB 声明：180-meric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 NTE；pH 7.3；NTE cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane using a homemade plunger.	分辨率 35.00 Å
3J35 Cryo-EM reconstruction of Dengue virus at 37 C 提交 2013-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 NTE；pH 7.3；NTE cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane using a homemade plunger.	分辨率 35.00 Å
3J35 Cryo-EM reconstruction of Dengue virus at 37 C 提交 2013-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 NTE；pH 7.3；NTE cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane using a homemade plunger.	分辨率 35.00 Å
3J35 Cryo-EM reconstruction of Dengue virus at 37 C 提交 2013-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 NTE；pH 7.3；NTE cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane using a homemade plunger.	分辨率 35.00 Å
3J35 Cryo-EM reconstruction of Dengue virus at 37 C 提交 2013-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 B 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675 链 C 281–675（395 aa）片段：UNP residues 281-675	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 NTE；pH 7.3；NTE cryo-EM玻璃化条件 100 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane using a homemade plunger.	分辨率 35.00 Å
6WER DENV2 NS1 in complex with neutralizing 2B7 Fab fragment 提交 2020-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 775–1127（353 aa）链 B 775–1127（353 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.2；293 K；23% PEG 3350, 0.25 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate pH 5.2	分辨率 3.96 Å R-free 0.311
6ZQU Cryo-EM structure of mature Dengue virus 2 at 3.1 angstrom resolution 提交 2020-07-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 360 PDB 声明：360-meric	链 A 281–775（495 aa）链 C 281–775（495 aa）链 E 281–775（495 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 360	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；PBS buffer cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.10 Å
7K93 DENV2 NS1 in complex with neutralizing 2B7 single chain Fab variable region (scFv) 提交 2020-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 775–1127（353 aa）链 B 775–1127（353 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；50 mM Tris pH 8.5, 50 mM (NH4)2SO4, 10% (v/v) glycerol	分辨率 2.89 Å R-free 0.269
7K93 DENV2 NS1 in complex with neutralizing 2B7 single chain Fab variable region (scFv) 提交 2020-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 775–1127（353 aa）链 D 775–1127（353 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；50 mM Tris pH 8.5, 50 mM (NH4)2SO4, 10% (v/v) glycerol	分辨率 2.89 Å R-free 0.269

共 4 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D0EPS0_9FLAV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–397； UniProt 281–677

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6wy1
沉积日期 deposition_date	2020-05-12
结构标题 title	Crystal structure of an engineered thermostable dengue virus 2 envelope protein dimer
关键词 keywords	Dengue virus, envelope protein, thermostable, computational protein design, protein engineering, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.39 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.75 Å
零角强度 I(0) i0	30435600.00
分子量 molecular_weight	43140.0 kDa
排除体积 excluded_volume	53993 Å³
包络体积 envelope_volume	74253 Å³
水化壳体积 shell_volume	21061 Å³
包络直径 envelope_diameter	129.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.72 Å
包络 Rg envelope_rg	34.73 Å
形状 Rg shape_rg	34.77 Å
总 Rg total_rg	34.71 Å
总原子数 total_atoms	3018
残基数 n_residues	383
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	127.5 Å
Rg (实空间) rg_real	35.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.0440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.4980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	30420000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6787
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.650
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.375
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2760000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.291; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.117; Smooth: 0.828

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Dengue 2 soluble recombinant envelope
分子量 formula_weight	45694.3 kDa
突变 mutation	G106D, A259W, T262R, F279W, T280P
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3018

MRCIGMSNRDFVEGVSGGSWVDIVLEHGSCVTTMAKNKPTLDFELIKTEAKQPATLRKYCIEAKLTNTTTESRCPTQGEPSLNEEQDKRFVCKHSMVDRGWGNGCDLFGKGGIVTCAMFRCKKNMEGKVVQPENLEYTIVITPHSGEEHAVGNDTGKHGKEIKITPQSSITEAELTGYGTVTMECSPRTGLDFNEMVLLQMENKAWLVHRQWFLDLPLPWLPGADTQGSNWIQKETLVTFKNPHAKKQDVVVLGSQEGWMHRALTGATEIQMSSGNLLWPGHLKCRLRMDKLQLKGMSYSMCTGKFKVVKEIAETQHGTIVIRVQYEGDGSPCKIPFEIMDLEKRHVLGRLITVNPIVTEKDSPVNIEAEPPFGDSYIIIGVEPGQLKLNWFKKGSSGGSHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Dengue virus 2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11060
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	125.800 Å
晶胞边长 b length_b	125.800 Å
晶胞边长 c length_c	142.637 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	hexagonal

分辨率 resolution	3.420 Å
最低分辨率 resolution_low	59.670 Å
R 因子 r_factor	0.3187
R_work r_work	0.3175
R_free r_free	0.3366

fit	/app/data/saxs_computation/wy/6wy1/6wy1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wy/6wy1/6wy1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wy/6wy1/6wy1.dat

Crystal structure of an engineered thermostable dengue virus 2 envelope protein dimer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dengue 2 soluble recombinant envelope

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)