6x0m

Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 156.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone PARylation factor 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 4 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 O； UniProt 1–346 链 o； UniProt 1–346	未记录	Poly [ADP-ribose] polymerase 2 × 2 （Q9UGN5） DNA (167-MER) × 2 DNA (167-MER) × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6X0M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6M3G Crystal structure of human HPF1 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–346（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M Tris-pH 8.1, 0.2 M potassium acetate, 20% w/v Polyethylene glycol (PEG) 3350	分辨率 1.57 Å R-free 0.205
6M3I Crystal structure of HPF1/PARP1 complex 提交 2020-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–346（346 aa）	未记录	UNU BENZAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；300 K；0.1 M Tris-pH 7.0, 0.2 M magnesium formate dehydrate, 20% w/v PEG 3350.	分辨率 1.98 Å R-free 0.206
6TX2 Human HPF1 提交 2020-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 37–346（310 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；33% glycerol ethoxylate, 0.23 M lithium citrate tribasic tetrahydrate	分辨率 2.09 Å R-free 0.207
6TX3 HPF1 bound to catalytic fragment of PARP2 提交 2020-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 37–346（310 aa）	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 25% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)	分辨率 2.96 Å R-free 0.260
6X0L Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 O 1–346（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric	链 O 1–346（346 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.00 Å
9MJA PARP1 ART in complex with HPF1 and EB47 提交 2024-12-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–346（346 aa）	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	HPF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 11–356； UniProt 1–346 作者链 o； PDB构建体 11–356； UniProt 1–346

Poly [ADP-ribose] polymerase 2

Homo sapiens

UniProt Q9UGN5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 异源复合物蛋白 × 4 DNA 4 PDB 声明：octameric（8）与全部聚合物数一致	链 P； UniProt 1–570 链 p； UniProt 1–570	未记录	Histone PARylation factor 1 × 2 （Q9NWY4） DNA (167-MER) × 2 DNA (167-MER) × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 6X0M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3KCZ Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor 3-aminobenzamide 提交 2009-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 235–579（345 aa）片段：Catalytic domain	未记录	3AB 3-aminobenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；22% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.01M 3-aminobenzamide, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3KCZ Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor 3-aminobenzamide 提交 2009-10-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 235–579（345 aa）片段：Catalytic domain	未记录	3AB 3-aminobenzamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277 K；22% PEG 3350, 0.1M Tris-HCl, 0.01M 3-aminobenzamide, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3KJD Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor ABT-888 提交 2009-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 235–579（345 aa）片段：catalytic domain	未记录	78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.25M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
3KJD Human poly(ADP-ribose) polymerase 2, catalytic fragment in complex with an inhibitor ABT-888 提交 2009-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 235–579（345 aa）片段：catalytic domain	未记录	78P (2R)-2-(7-carbamoyl-1H-benzimidazol-2-yl)-2-methylpyrrolidinium × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG 3350, 0.1M Tris, 0.25M NaCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 1.95 Å R-free 0.232
4PJV Structure of PARP2 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 235–579（345 aa）片段：PARP2 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235-579)	未记录	2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 333 mM SODIUM CHLORIDE.	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
4PJV Structure of PARP2 catalytic domain bound to inhibitor BMN 673 提交 2014-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 235–579（345 aa）片段：PARP2 HELICAL AND CATALYTIC DOMAINS (UNP residues 235-579)	未记录	2YQ (8S,9R)-5-fluoro-8-(4-fluorophenyl)-9-(1-methyl-1H-1,2,4-triazol-5-yl)-2,7,8,9-tetrahydro-3H-pyrido[4,3,2-de]phthalazin-3-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；289 K；(W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3350, 333 mM SODIUM CHLORIDE.	分辨率 2.50 Å R-free 0.287
4TVJ HUMAN ARTD2 (PARP2) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH OLAPARIB 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 235–579（345 aa）	未记录	09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG3350, 0.1M Tris	分辨率 2.10 Å R-free 0.231
4TVJ HUMAN ARTD2 (PARP2) - CATALYTIC DOMAIN IN COMPLEX WITH OLAPARIB 提交 2014-06-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 B 235–579（345 aa）	未记录	09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；25% PEG3350, 0.1M Tris	分辨率 2.10 Å R-free 0.231
4ZZX Structure of PARP2 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–583（361 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 223-583	未记录	FSU 2-(3-methoxypropyl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；25% PEG4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
4ZZX Structure of PARP2 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 223–583（361 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 223-583	未记录	FSU 2-(3-methoxypropyl)-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；25% PEG4000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 277K	分辨率 1.65 Å R-free 0.244
4ZZY Structure of human PARP2 catalytic domain bound to an isoindolinone inhibitor 提交 2015-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 223–583（361 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 223-583	未记录	D7N 2-[1-(4,4-Difluorocyclohexyl)-piperidin-4-yl]-6-fluoro-3-oxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 25% PEG4000, 0.2M MAGNESIUM CLORIDE, 0.1 M TRIS PH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.280
5D5K Crystal Structure NLS from human PARP-2 complexed with Importin alpha delta IBB 提交 2015-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–78（78 aa）片段：unp residues 1-78	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；0.6-0.7M sodium citrate, 0.1M sodium citrate buffer pH 5.6, and 7-10mM DTT	分辨率 1.90 Å R-free 0.171
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 348–583（236 aa）片段：unp residues 348-583	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 348–583（236 aa）片段：unp residues 348-583	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 348–583（236 aa）片段：unp residues 348-583	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
5DSY Crystal structure of constitutively active PARP-2 提交 2015-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 348–583（236 aa）片段：unp residues 348-583	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；2.55-2.65 M NaCl and 0.1 M Tris	分辨率 2.70 Å R-free 0.248
6F1K Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double strand DNA without 5'phosphate 提交 2017-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 A 90–218（129 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.9；277 K；PEG MME 5000 0.1 M Na-acetate ethylene glyco	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
6F5B Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double stranded DNA with 5'phosphate 提交 2017-12-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 90–218（129 aa）链 B 90–218（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277 K；12 % v/v Polypropylene glycol 400 0.1 M Na-acetate 3 % 2 propanol	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6F5F Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double strand DNA with 5 nucleotide overhang and 5'phosphate 提交 2017-12-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 90–218（129 aa）链 C 90–218（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Na-formate 20 % PEG 3350 20 % glycerol	分辨率 2.98 Å R-free 0.275
6F5F Structure of ARTD2/PARP2 WGR domain bound to double strand DNA with 5 nucleotide overhang and 5'phosphate 提交 2017-12-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 90–218（129 aa）链 D 90–218（129 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Na-formate 20 % PEG 3350 20 % glycerol	分辨率 2.98 Å R-free 0.275
6TX3 HPF1 bound to catalytic fragment of PARP2 提交 2020-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 230–253（24 aa）链 B 348–583（236 aa）	未记录	UHB 2-[4-[(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]carbonylpiperazin-1-yl]-N-(1-oxidanylidene-2,3-dihydroisoindol-4-yl)ethanamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6, 25% v/v pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)	分辨率 2.96 Å R-free 0.260
6USJ Structure of two nucleosomes bridged by human PARP2 提交 2019-10-27	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：22-meric	链 U 1–570（570 aa）链 V 1–570（570 aa）	突变：Q112R, F113D 突变：Q112R, F113D	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was pH-adjusted and filtered through a 0.22 um filter. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 2s, blot force 0	分辨率 10.50 Å
6X0L Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：heptameric	链 P 1–570（570 aa）链 R 1–570（570 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric	链 P 1–570（570 aa）链 R 1–570（570 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 10.00 Å
7AEO Human ARTD2 in complex with DNA oligonucleotides 提交 2020-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric	链 A 90–583（494 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Sample was crystallized in 0.1 M MES pH 6.5 and 1 M ammonium sulfate. Cryo solution was a mixture of 10% (v/v) glycerol, 10% (v/v) diethylene glycol, and 10% (v/v) 2-propanol with the crystallization conditions	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
7R59 PARP2 catalytic domain in complex with OUL245 提交 2022-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 235–583（349 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 I5F [1,2,4]triazolo[3,4-b][1,3]benzothiazol-6-ol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM Tris pH 9.5 and 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.238
8HE8 Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 231–581（351 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5	分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8HE8 Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 231–581（351 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1 1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5	分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8HE8 Human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a quinazoline-2,4(1H,3H)-dione inhibitor 提交 2022-11-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 231–581（351 aa）	未记录	1WI 1-[[4-fluoranyl-3-(3-oxidanylidene-4-pentan-3-yl-piperazin-1-yl)carbonyl-phenyl]methyl]quinazoline-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.3-8.5	分辨率 3.05 Å R-free 0.256
8HKN Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to approved drug Fluzoparib 提交 2022-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 1 25I Fluzoparib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
8HKN Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to approved drug Fluzoparib 提交 2022-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 1 25I Fluzoparib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
8HKO Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Rucaparib 提交 2022-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 5 RPB Rucaparib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.211
8HKO Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Rucaparib 提交 2022-11-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 1 RPB Rucaparib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.211
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 2 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 5 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 2 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HKS Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Pamiparib(BGB-290) 提交 2022-11-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 3 DS9 (2R)-14-fluoro-2-methyl-6,9,10,19-tetrazapentacyclo[14.2.1.02,6.08,18.012,17]nonadeca-1(18),8,12(17),13,15-pentaen-11-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.238
8HLJ Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Olaparib (AZD2281) 提交 2022-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296.5 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.247
8HLJ Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Olaparib (AZD2281) 提交 2022-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	09L 4-(3-{[4-(cyclopropylcarbonyl)piperazin-1-yl]carbonyl}-4-fluorobenzyl)phthalazin-1(2H)-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；296.5 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.24 Å R-free 0.247
8HLQ Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Niraparib (MK-4827) 提交 2022-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 1 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
8HLQ Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to Niraparib (MK-4827) 提交 2022-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 2 3JD 2-{4-[(3S)-piperidin-3-yl]phenyl}-2H-indazole-7-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.282
8JNY Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.268
8JNY Mutated human ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrazolopyrimidine carboxamide inhibitor 提交 2023-06-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	ERV 6-methylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine-3-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 3.20 Å R-free 0.268
9IM8 Mutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	GOL GLYCEROL × 1 A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
9IM8 Mutated ADP-ribosyltransferase 2 (PARP2) catalytic domain bound to a pyrimidine 2,4-diketone derivative inhibitor 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 230–581（352 aa）	突变：T349S,L351R,S353G,P354L	A1D9M 5-ethyl-1-[[3-[(3~{R})-4-ethyl-3-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]carbonyl-4-fluoranyl-phenyl]methyl]pyrimidine-2,4-dione × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；25% PEG-3350, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
9ZQ9 Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 P 90–212（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
9ZQA Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with the WGR domain of human PARP2, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 P 90–212（123 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.28 Å
9ZQB Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 1 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 P 90–583（494 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.10 Å
9ZQC Nucleosome with an SSB at SHL -2.8 in complex with human PARP2 and HPF1, Class 2 提交 2025-12-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：14-meric	链 P 90–583（494 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.37 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PARP2_HUMAN
Isoform	Q9UGN5-2
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 21–590； UniProt 1–570 作者链 p； PDB构建体 21–590； UniProt 1–570

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x0m
沉积日期 deposition_date	2020-05-16
结构标题 title	Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin
关键词 keywords	DNA repair, PARP1, PARP2, HPF1, ADP-ribosylation, chromatin, histone modifications, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.55 Å
零角强度 I(0) i0	507966000.00
分子量 molecular_weight	177470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	218610 Å³
包络体积 envelope_volume	315990 Å³
水化壳体积 shell_volume	59504 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.3 Å
壳层 Rg shell_rg	47.54 Å
包络 Rg envelope_rg	45.30 Å
形状 Rg shape_rg	46.64 Å
总 Rg total_rg	46.31 Å
总原子数 total_atoms	12421
残基数 n_residues	1472
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.0 Å
Rg (实空间) rg_real	45.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.0800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	507800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8420
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	44.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	69180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.740; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.837; Smooth: 0.884

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Histone PARylation factor 1
分子量 formula_weight	40598.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o
原子数 atom_count	12421

MGHHHHHHGGMVGGGGKRRPGGEGPQCEKTTDVKKSKFCEADVSSDLRKEVENHYKLSLPEDFYHFWKFCEELDPEKPSDSLSASLGLQLVGPYDILAGKHKTKKKSTGLNFNLHWRFYYDPPEFQTIIIGDNKTQYHMGYFRDSPDEFPVYVGINEAKKNCIIVPNGDNVFAAVKLFLTKKLKEITDKKKINLLKNIDEKLTEAARELGYSLEQRTVKMKQRDKKVVTKTFHGAGLVVPVDKNDVGYRELPETDADLKRICKTIVEAASDEERLKAFAPIQEMMTFVQFANDECDYGMGLELGMDLFCYGSHYFHKVAGQLLPLAYNLLKRNLFAEIIEEHLANRSQENIDQLAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Poly [ADP-ribose] polymerase 2
分子量 formula_weight	67072.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.30,2.4.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,p

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAARRRRSTGGGRARALNESKRVNNGNTAPEDSSPAKKTRRCQRQESKKMPVAGGKANKDRTEDKQDESVKALLLKGKAPVDPECTAKVGKAHVYCEGNDVYDVMLNQTNLQFNNNKYYLIQLLEDDAQRNFSVWMRWGRVGKMGQHSLVACSGNLNKAKEIFQKKFLDKTKNNWEDREKFEKVPGKYDMLQMDYATNTQDEEETKKEESLKSPLKPESQLDLRVQELIKLICNVQAMEEMMMEMKYNTKKAPLGKLTVAQIKAGYQSLKKIEDCIRAGQHGRALMEACNEFYTRIPHDFGLRTPPLIRTQKELSEKIQLLEALGDIEIAIKLVKTELQSPEHPLDQHYRNLHCALRPLDHESYEFKVISQYLQSTHAPTHSDYTMTLLDLFEVEKDGEKEAFREDLHNRMLLWHGSRMSNWVGILSHGLRIAPPEAPITGYMFGKGIYFADMSSKSANYCFASRLKNTGLLLLSEVALGQCNELLEANPKAEGLLQGKHSTKGLGKMAPSSAHFVTLNGSTVPLGPASDTGILNPDGYTLNYNEYIVYNPNQVRMRYLLKVQFNFLQLW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA (167-MER)
分子量 formula_weight	51776.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	I,i

CAATACATGCACAGGATGTATATATCTGACACGTGCCTGGAGACTAGGGAGTAATCCCCTTGGCGGTTAAAACGCGGGGGACAGCGCGTACGTGCGTTTAAGCGGTGCTAGAGCTGTCTACGACCAATTGAGCGGCCTCGGCACCGGGATTCTCCAGGGCATCATAG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA (167-MER)
分子量 formula_weight	51330.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	J,j

CTATGATGCCCTGGAGAATCCCGGTGCCGAGGCCGCTCAATTGGTCGTAGACAGCTCTAGCACCGCTTAAACGCACGTACGCGCTGTCCCCCGCGTTTTAACCGCCAAGGGGATTACTCCCTAGTCTCCAGGCACGTGTCAGATATATACATCCTGTGCATGTATTG

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	6.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	16000

fit	/app/data/saxs_computation/x0/6x0m/6x0m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x0/6x0m/6x0m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x0/6x0m/6x0m.dat

Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone PARylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Poly [ADP-ribose] polymerase 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)