SAXSdb — 6x48

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sortilin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合单体蛋白 × 1 其他聚合物 2 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 86–748	未记录	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 1 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 UP4 N-(3,5-dichlorobenzene-1-carbonyl)-5,5-dimethyl-L-norleucine × 1 UNL UNKNOWN LIGAND × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6X48	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3F6K Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with neurotensin 提交 2008-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 78–756（679 aa）片段：UNP residues 78-756	未记录	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；19% PEG 6000, 600 mM NaCl, 3% Glycerol, 100 mM HEPES, 93 mM Tris-HCl, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 819–831（13 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2U VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Peptide 提交 2009-02-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 819–831（13 aa）	未记录	IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；15%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 819–831（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
3G2V VHS Domain of human GGA1 complexed with Sotilin C-terminal Phosphopeptide 提交 2009-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 819–831（13 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	IOD IODIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；16%(w/v) PEG 5000 mmE, 0.2M NH4I, 0.3M 1,6-hexanediol, 0.1M MES-NaOH, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
4MSL Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF40431 提交 2013-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）片段：Vps10p domain (UNP residues 78-756)	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 2ET N-[(7-hydroxy-4-methyl-2-oxo-2H-chromen-8-yl)methyl]-L-leucine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1 M HEPES-Tris, 0.4 M sodium malonate, 26 % (w/v) PEG 3350, 8 % (v/v) glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.227
4N7E Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with AF38469 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）片段：UNP residues 78-756	突变：V617M	PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 2JQ 2-[(6-methylpyridin-2-yl)carbamoyl]-5-(trifluoromethyl)benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1 M HEPES-Tris, 0.4 M sodium malonate, 27 % (w/v) PEG 3350, 4.5 % (v/v) glycerol, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4PO7 Structure of the Sortilin:neurotensin complex at excess neurotensin concentration 提交 2014-02-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 78–756（679 aa）片段：unp residues 78-756	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；292 K；20% PEG 6k, 300 mM sodium malonate, 3% glycerol and 100 mM TrisHCl, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.66 Å R-free 0.212
5MRH Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 1 提交 2016-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）	未记录	Q9Z 3-(3-methylbutyl)-4~{H}-1,2,3-triazol-5-one × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1M HEPES-Tris pH=7.3 0.4 M Sodium malonate 22 % (w/V) PEG 3350 8 (V/V) glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
5MRI Crystal structure of the Vps10p domain of human sortilin/NTS3 in complex with Triazolone 18 提交 2016-12-23	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 78–756（679 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 Q9Y ~{N}-methyl-3-(3-methylbutyl)-5-oxidanyl-1,2,3-triazole-4-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；292 K；0.1 M HEPES-Tris pH 7.3 0.4 M Sodium malonate 6 % (V/V) glycerol 26 % (w/V) PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.219
6EHO Dimer of the Sortilin Vps10p domain at low pH 提交 2017-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–756（723 aa）	突变：R43G , R44G	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；2.0 Ammonium sulphate	分辨率 3.50 Å R-free 0.272
6X3L Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 2 提交 2020-05-21	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–756（756 aa）	未记录	UMJ 1-benzyl-3-tert-butyl-1H-pyrazole-5-carboxylic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol	分辨率 2.70 Å R-free 0.269
6X4H Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 24 提交 2020-05-22	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 86–748（663 aa）	未记录	UOY 4-methyl-N-(6-phenoxypyridine-3-carbonyl)-L-leucine × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20-25% PEG3350, 0.4M Na Malonate, pH8, 0.1M Tris, 5% Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.253
8T8R Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–756（678 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20.00 %w/ PEG 3350, 0.20 M Sodium citrate	分辨率 2.87 Å R-free 0.287
8T8S Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 79–756（678 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl	分辨率 2.99 Å R-free 0.275
8T8S Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 79–756（678 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl	分辨率 2.99 Å R-free 0.275
9I0N Cryo-EM structure of human sortilin ectodomain 提交 2025-01-15	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 34–756（723 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9I0O Cryo-EM structure of human sortilin ectodomain in complex with a thyroglobulin C-terminal peptide 提交 2025-01-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 34–756（723 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
9R18 Structure of Sortilin ECD in complex with TNFa-targeting SORTAC 提交 2025-04-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–756（756 aa）	突变：V650M	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 A1JCL (2~{S})-2-[[6-[3-[8-[2-[(2~{R})-4-[5-[1-[(2-cyanopyridin-3-yl)methyl]-2,2-dimethyl-3-oxidanylidene-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-yl]pyrimidin-2-yl]-2-methyl-piperazin-1-yl]-2-oxidanylidene-ethoxy]octylcarbamoyl]phenoxy]pyridin-3-yl]carbonylamino]-5,5-dimethyl-hexanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；292.15 K；22 % PEG6000, 1.1 M NaCl, 8% glycerol, 50 mM HEPES pH 8.0	分辨率 2.80 Å R-free 0.253

共 16 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SORT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–663； UniProt 86–748

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x48
沉积日期 deposition_date	2020-05-22
结构标题 title	Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 17
关键词 keywords	Protein Protein Interaction, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sortilin
分子量 formula_weight	74255.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5303

CGRVRDFVAKLANNTHQHVFDDLRGSVSLSWVGDSTGVILVLTTFHVPLVIMTFGQSKLYRSEDYGKNFKDITDLINNTFIRTEFGMAIGPENSGKVVLTAEVSGGSRGGRIFRSSDFAKNFVQTDLPFHPLTQMMYSPQNSDYLLALSTENGLWVSKNFGGKWEEIHKAVCLAKWGSDNTIFFTTYANGSCKADLGALELWRTSDLGKSFKTIGVKIYSFGLGGRFLFASVMADKDTTRRIHVSTDQGDTWSMAQLPSVGQEQFYSILAANDDMVFMHVDEPGDTGFGTIFTSDDRGIVYSKSLDRHLYTTTGGETDFTNVTSLRGVYITSVLSEDNSIQTMITFDQGGRWTHLRKPENSECDATAKNKNECSLHIHASYSISQKLNVPMAPLSEPNAVGIVIAHGSVGDAISVMVPDVYISDDGGYSWTKMLEGPHYYTILDSGGIIVAIEHSSRPINVIKFSTDEGQCWQTYTFTRDPIYFTGLASEPGARSMNISIWGFTESFLTSQWVSYTIDFKDILERNCEEKDYTIWLAHSTDPEDYEDGCILGYKEQFLRLRKSSMCQNGRDYVVTKQPSICLCSLEDFLCDFGYYRPENDSKCVEQPELKGHDLEFCLYGREEHLTTNGYRKIPGDKCQGGVNPVREVKDLKKKCTSNFLSPE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-(3,5-dichlorobenzene-1-carbonyl)-5,5-dimethyl-L-norleucine
分子量 formula_weight	332.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	UNKNOWN LIGAND
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	26

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6x48A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	70 — Complement Module; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Sortilin Vps10-D, 10CC-a domain

结构域编号 domain_id	6x48A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	60 — Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	162.350 Å
晶胞边长 b length_b	78.490 Å
晶胞边长 c length_c	111.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	127.23 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	64.630 Å
R 因子 r_factor	0.1963
R_work r_work	0.1933
R_free r_free	0.2524

Sortilin-Progranulin Interaction With Compound 17