6x5k

Crystal structure of CODH/ACS with carbon monoxide bound to the A-cluster

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha × 2 （P27988） IRON/SULFUR CLUSTER × 5 FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NICKEL (II) ION × 4 CARBON MONOXIDE × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha × 2 （P27988） IRON/SULFUR CLUSTER × 5 FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 NICKEL (II) ION × 4 CARBON MONOXIDE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCMB_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–674； UniProt 1–674 作者链 B； PDB构建体 1–674； UniProt 1–674 作者链 C； PDB构建体 1–674； UniProt 1–674 作者链 D； PDB构建体 1–674； UniProt 1–674

Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

物种未注明

UniProt P27988

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta × 2 （P27989） IRON/SULFUR CLUSTER × 5 FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NICKEL (II) ION × 4 CARBON MONOXIDE × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta × 2 （P27989） IRON/SULFUR CLUSTER × 5 FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER × 2 1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE × 1 NICKEL (II) ION × 4 CARBON MONOXIDE × 1 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCMA_MOOTH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729 作者链 N； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729 作者链 O； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729 作者链 P； PDB构建体 1–729； UniProt 1–729

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x5k
沉积日期 deposition_date	2020-05-26
结构标题 title	Crystal structure of CODH/ACS with carbon monoxide bound to the A-cluster
关键词 keywords	CODH, ACS, carbon monoxide dehydrogenase, acetyl-CoA synthase, OXIDOREDUCTASE, OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE complex; OXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6x5k__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6x5k__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6x5k__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	51.50 Å
Rg（电子密度）	52.28 Å
总 Rg	51.94 Å
原子数	21731
残基数	2798
排除体积	388770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6x5k__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6x5k__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta
分子量 formula_weight	73006.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.7.4
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	44026

MPRFRDLSHNCRPSEAPRVMEPKNRDRTVDPAVLEMLVKSKDDKVITAFDRFVAQQPQCKIGYEGICCRFCMAGPCRIKATDGPGSRGICGASAWTIVARNVGLMILTGAAAHCEHGNHIAHALVEMAEGKAPDYSVKDEAKLKEVCRRVGIEVEGKSVLELAQEVGEKALEDFRRLKGEGEATWLMTTINEGRKEKFRTHNVVPFGIHASISELVNQAHMGMDNDPVNLVFSAIRVALADYTGEHIATDFSDILFGTPQPVVSEANMGVLDPDQVNFVLHGHNPLLSEIIVQAAREMEGEAKAAGAKGINLVGICCTGNEVLMRQGIPLVTSFASQELAICTGAIDAMCVDVQCIMPSISAVAECYHTRIITTADNAKIPGAYHIDYQTATAIESAKTAIRMAIEAFKERKESNRPVYIPQIKNRVVAGWSLEALTKLLATQNAQNPIRVLNQAILDGELAGVALICGCNNLKGFQDNSHLTVMKELLKNNVFVVATGCSAQAAGKLGLLDPANVETYCGDGLKGFLKRLGEGANIEIGLPPVFHMGSCVDNSRAVDLLMAMANDLGVDTPKVPFVASAPEAMSGKAAAIGTWWVSLGVPTHVGTMPPVEGSDLIYSILTQIASDVYGGYFIFEMDPQVAARKILDALEYRTWKLGVHKEVAERYETKLCQGY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha
分子量 formula_weight	81816.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.169
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P

MTDFDKIFEGAIPEGKEPVALFREVYHGAITATSYAEILLNQAIRTYGPDHPVGYPDTAYYLPVIRCFSGEEVKKLGDLPPILNRKRAQVSPVLNFENARLAGEATWYAAEIIEALRYLKYKPDEPLLPPPWTGFIGDPVVRRFGIKMVDWTIPGEAIILGRAKDSKALAKIVKELMGMGFMLFICDEAVEQLLEENVKLGIDYIAYPLGNFTQIVHAANYALRAGMMFGGVTPGAREEQRDYQRRRIRAFVLYLGEHDMVKTAAAFGAIFTGFPVITDQPLPEDKQIPDWFFSVEDYDKIVQIAMETRGIKLTKIKLDLPINFGPAFEGESIRKGDMYVEMGGNRTPAFELVRTVSESEITDGKIEVIGPDIDQIPEGSKLPLGILVDIYGRKMQADFEGVLERRIHDFINYGEGLWHTGQRNINWLRVSKDAVAKGFRFKNYGEILVAKMKEEFPAIVDRVQVTIFTDEAKVKEYMEVAREKYKERDDRMRGLTDETVDTFYSCVLCQSFAPNHVCIVTPERVGLCGAVSWLDAKASYEINHAGPNQPIPKEGEIDPIKGIWKSVNDYLYTASNRNLEQVCLYTLMENPMTSCGCFEAIMAILPECNGIMITTRDHAGMTPSGMTFSTLAGMIGGGTQTPGFMGIGRTYIVSKKFISADGGIARIVWMPKSLKDFLHDEFVRRSVEEGLGEDFIDKIADETIGTTVDEILPYLEEKGHPALTMDPIM

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE(4)-NI(1)-S(4) CLUSTER
分子量 formula_weight	410.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE
分子量 formula_weight	178.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CARBON MONOXIDE
分子量 formula_weight	28.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	468

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6x5ka_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

结构域编号 domain_id	d6x5kb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

结构域编号 domain_id	d6x5kc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

结构域编号 domain_id	d6x5kd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.2 — Carbon monoxide dehydrogenase

结构域编号 domain_id	d6x5km_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.3 — Acetyl-CoA synthase

结构域编号 domain_id	d6x5kn_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.3 — Acetyl-CoA synthase

结构域编号 domain_id	d6x5ko_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.3 — Acetyl-CoA synthase

结构域编号 domain_id	d6x5kp_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.26 — Prismane protein-like
超家族 Superfamily superfamily	e.26.1 — Prismane protein-like
家族 Family family	e.26.1.3 — Acetyl-CoA synthase

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晶胞边长 a length_a	99.729 Å
晶胞边长 b length_b	137.383 Å
晶胞边长 c length_c	141.867 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	101.82 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	103.66 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.470 Å
最低分辨率 resolution_low	49.630 Å
R 因子 r_factor	0.2049
R_work r_work	0.2034
R_free r_free	0.2336

Crystal structure of CODH/ACS with carbon monoxide bound to the A-cluster

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x5k__assembly_2__model_1

6x5k__assembly_2__model_1 | I(q)

6x5k__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of CODH/ACS with carbon monoxide bound to the A-cluster

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Carbon monoxide dehydrogenase/acetyl-CoA synthase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x5k__assembly_2__model_1

6x5k__assembly_2__model_1 | I(q)

6x5k__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

7. 引用文献 (1)