SAXSdb — 6x91

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 3	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 3 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 4 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 3	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 3 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 4 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A4Z0THX4_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 B； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 C； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 D； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 E； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 F； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 G； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392 作者链 H； PDB构建体 2–367； UniProt 27–392

Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera

Homo sapiens

UniProt P41238

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 3	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 3 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致
2	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 4 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致
3	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 3	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 3 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致
4	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 4	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 4 ZINC ION × 2 CACODYLATE ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ABEC1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 B； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 C； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 D； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 E； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 F； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 G； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236 作者链 H； PDB构建体 372–593； UniProt 15–236

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6x91
沉积日期 deposition_date	2020-06-02
结构标题 title	Crystal structure of MBP-fused human APOBEC1
关键词 keywords	APOBEC, RNA editing, deamination, metalloenzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6x91__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6x91__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6x91__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.95 Å
Rg（电子密度）	43.47 Å
总 Rg	43.52 Å
原子数	9281
残基数	1149
排除体积	165520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6x91__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6x91__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6x91__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6x91__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera
分子量 formula_weight	67073.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.4.36
突变 mutation	A338V,M46A,R48S,E63A,M80T,W121M,A146D,L173A,W199A,F205A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	37624

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELVKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSSRRRIEPWEFDVFYDPRELRKEACLLYEIKWGASSKIWRSSGKNTTNHVAVNFIKKFTSERDFHPSTSCSITWFLSWSPCWECSQAIREFLSRHPGVTLVIYVARLFAHMDQQNRQGLRDLVNSGVTIQIMRDSEYYHCWRNFVNYPPGDEAHWPQYPPAWMMLYALELHCIILSLPPCLKISRRAQNHLTAFRLHLQNCHYQTIPPHILLATGLIHPSVAWR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CACODYLATE ION
分子量 formula_weight	137.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6x91A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	6x91B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	6x91C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	6x91E01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	6x91F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

结构域编号 domain_id	6x91G01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Periplasmic binding protein-like II

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晶胞边长 a length_a	177.715 Å
晶胞边长 b length_b	179.209 Å
晶胞边长 c length_c	210.505 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.510 Å
最低分辨率 resolution_low	49.610 Å
R 因子 r_factor	0.2784
R_work r_work	0.2762
R_free r_free	0.2980

Crystal structure of MBP-fused human APOBEC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x91__assembly_2__model_1

6x91__assembly_2__model_1 | I(q)

6x91__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of MBP-fused human APOBEC1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Maltodextrin-binding protein, C->U-editing enzyme APOBEC-1 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6x91__assembly_2__model_1

6x91__assembly_2__model_1 | I(q)

6x91__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)