6xaf

1.9A crystal structure of the GTPase domain of Parkinson's disease-associated protein LRRK2 carrying R1398H

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 78.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1329–1520 链 B； UniProt 1329–1520	片段：GTPase domain (UNP residues 1329-1520) 突变：R1398H, K1460A, K1463A	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 6.5；298 K；100 mM potassium thiocyanate, 25% PEG2000 MME, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5	分辨率 1.97 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6XAF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3D6T Structure of the ROC domain from the Parkinson's disease-associated leucine-rich repeat kinase 2 reveals a dimeric GTPase 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1336–1505（170 aa）片段：Miro domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG 4000, 100mM MgCl2, 0.1M Tris, 5mM GTP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.43 Å R-free 0.307
3D6T Structure of the ROC domain from the Parkinson's disease-associated leucine-rich repeat kinase 2 reveals a dimeric GTPase 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1336–1505（170 aa）片段：Miro domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；30% PEG 4000, 100mM MgCl2, 0.1M Tris, 5mM GTP, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.43 Å R-free 0.307
5MY9 Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with LRRK2 peptide pS935 提交 2017-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 929–941（13 aa）片段：UNP Residues 929-941	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；277 K；HEPES, NaCl, DTT	分辨率 1.33 Å R-free 0.201
5MYC Crystal structure of human 14-3-3 sigma in complex with LRRK2 peptide pS910 提交 2017-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 P 904–941（38 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；277 K；HEPES, NaCl2, PEG400, Glycerol	分辨率 1.46 Å R-free 0.189
6DLO Crystal structure of LRRK2 WD40 domain dimer 提交 2018-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2142–2527（386 aa）片段：WD40 domain residues 2142-2527 链 B 2142–2527（386 aa）片段：WD40 domain residues 2142-2527	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Tris-HCl at pH 8.5, 1 M LiCl, 16% polyethylene glycol (PEG) 6000, and 10% additive of 30% galactose	分辨率 2.70 Å R-free 0.275
6DLP Crystal structure of LRRK2 WD40 domain dimer 提交 2018-06-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2142–2527（386 aa）片段：WD40 domain residues 2142-2527 链 B 2142–2527（386 aa）片段：WD40 domain residues 2142-2527	未记录	PT PLATINUM (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M Tris-HCl at pH 8.5, 1 M LiCl, 16% polyethylene glycol (PEG) 6000, and 10% additive of 30% galactose. The crystal was soaked in 1 mM trans-platinum (II) diammine dichloride for 1.5 hours	分辨率 4.00 Å R-free 0.263
6OJE Dimeric structure of LRRK2 GTPase domain 提交 2019-04-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1329–1520（192 aa）片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2 链 B 1329–1520（192 aa）片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；298 K；100mM KSCN, 25% PEGMME 2000, 0.1M BisTris pH 6.5	分辨率 1.95 Å R-free 0.196
6OJF Dimeric structure of LRRK2 GTPase domain 提交 2019-04-11	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1329–1520（192 aa）片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2 链 B 1329–1520（192 aa）片段：GTPase domain of leucine-rich repeat kinase 2	突变：K1460A, K1463A 突变：K1460A, K1463A	MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 6.5；298 K；100mM KSCN, 25% PEGMME 2000, 0.1M BisTris pH 6.5	分辨率 1.60 Å R-free 0.158
6VNO Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1327–2527（1201 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6VP6 Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1327–2527（1201 aa）链 B 1327–2527（1201 aa）链 C 1327–2527（1201 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
6VP7 Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1327–2527（1201 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6VP8 Cryo-EM structure of the C-terminal half of the Parkinson's Disease-linked protein Leucine Rich Repeat Kinase 2 (LRRK2) 提交 2020-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1330–2527（1198 aa）链 B 1670–1950（281 aa）链 C 2140–2498（359 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
6XR4 Integrative in situ structure of Parkinsons disease-linked human LRRK2 提交 2020-07-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）链 B 1–2527（2527 aa）	突变：I2020T 突变：I2020T	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 14.00 Å
7LHT Structure of the LRRK2 dimer 提交 2021-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）链 B 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7LHW Structure of the LRRK2 monomer 提交 2021-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7LI3 Structure of the LRRK2 G2019S mutant 提交 2021-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2527（2527 aa）	突变：G2019S variant	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7LI4 Structure of LRRK2 after symmetry expansion 提交 2021-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7THY Structure of Leucine Rich Repeat Kinase 2's ROC domain interacting with the microtubule facing the minus end 提交 2022-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1332–1525（194 aa）片段：ROC domain	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final dilution buffer. The incubation buffer consisted of 1x BRB80, 10% glycerol, 1mM DTT, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 10 uM taxol, and 5 uM MLi-2. Sample was diluted 3-fold right before freezing with the final buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.20 Å
7THZ Structure of Leucine Rich Repeat Kinase 2's ROC domain interacting with the microtubule facing the plus end 提交 2022-01-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1332–1525（194 aa）片段：ROC domain	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4；This is the final dilution buffer. The incubation buffer consisted of 1x BRB80, 10% glycerol, 1mM DTT, 1mM GTP, 1mM MgCl2, 10 uM taxol, and 5 uM MLi-2. Sample was diluted 3-fold right before freezing with the final buffer. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.00 Å
8FO2 Cryo-EM structure of Rab29-LRRK2 complex in the LRRK2 monomer state 提交 2022-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–2527（2527 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.13 Å
8FO7 Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type I inhibitor LRRK2-IN-1 提交 2022-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1327–2527（1201 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 4K4 2-[(2-methoxy-4-{[4-(4-methylpiperazin-1-yl)piperidin-1-yl]carbonyl}phenyl)amino]-5,11-dimethyl-5,11-dihydro-6H-pyrimido[4,5-b][1,4]benzodiazepin-6-one × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.52 Å
8FO8 Cryo-EM structure of Rab29-LRRK2 complex in the LRRK2 dimer state 提交 2022-12-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–2527（2527 aa）链 E 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å
8FO9 Cryo-EM structure of Rab29-LRRK2 complex in the LRRK2 tetramer state 提交 2022-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1–2527（2527 aa）链 C 1–2527（2527 aa）链 E 1–2527（2527 aa）链 F 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.48 Å
8TXZ Structure of C-terminal LRRK2 bound to MLi-2 提交 2023-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1334–2527（1194 aa）	未记录	A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3 Blot time = 4 seconds wait time = 20 seconds	分辨率 3.05 Å
8TYQ Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 (G2019S mutant) 提交 2023-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）	突变：G2019S	T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.99 Å
8TZB Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）	突变：I2020T	T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8TZC Structure of C-terminal LRRK2 bound to MLi-2 (G2019S mutant) 提交 2023-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1333–2527（1195 aa）	未记录	A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3 Blot time = 4 seconds Wait time = 20 seconds	分辨率 2.70 Å
8TZE Structure of C-terminal half of LRRK2 bound to GZD-824 提交 2023-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2527（2527 aa）	未记录	T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8TZF Structure of full length LRRK2 bound to GZD-824 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）	突变：I2020T	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8TZG Structure of C-terminal LRRK2 bound to MLi-2 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1333–2522（1190 aa）	未记录	A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3 Blot time = 4 seconds Wait time = 20 seconds	分辨率 2.70 Å
8TZH Structure of full-length LRRK2 bound to MLi-2 (I2020T mutant) 提交 2023-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）	未记录	A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot force = 3 Blot time = 4 seconds Wait time = 20 seconds	分辨率 3.90 Å
8U1B C-terminal LRRK2 bound to E11 DARPin 提交 2023-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1334–2527（1194 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8U7L Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type II inhibitor GZD824 提交 2023-09-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）链 B 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 T3X 4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-3-[(1H-pyrazolo[3,4-b]pyridin-5-yl)ethynyl]benzamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8U8A Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type II inhibitor ponatinib 提交 2023-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–2527（2527 aa）链 C 1–2527（2527 aa）	未记录	0LI 3-(imidazo[1,2-b]pyridazin-3-ylethynyl)-4-methyl-N-{4-[(4-methylpiperazin-1-yl)methyl]-3-(trifluoromethyl)phenyl}benzam ide × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8U8B Cryo-EM structure of LRRK2 bound to type II inhibitor rebastinib 提交 2023-09-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）链 B 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 919 4-[4-({[3-tert-butyl-1-(quinolin-6-yl)-1H-pyrazol-5-yl]carbamoyl}amino)-3-fluorophenoxy]-N-methylpyridine-2-carboxamide × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8VH4 Cryo-EM structure of Rab12-LRRK2 complex in the LRRK2 monomer state 提交 2023-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
8VH5 Cryo-EM structure of Rab12-LRRK2 complex in the LRRK2 dimer state 提交 2023-12-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–2527（2527 aa）链 C 1–2527（2527 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9C76 LRRK2 Roc domain RP (Ras-pocket) complexed to Divarasib 提交 2024-06-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1329–1516（188 aa）片段：Roc domain 链 B 1329–1516（188 aa）片段：Roc domain	突变：N1342A, T1343C, P1433H, W1434Y, N1437Q, K1460A, K1463A, C1465A (Uniprot numbering) 突变：N1342A, T1343C, P1433H, W1434Y, N1437Q, K1460A, K1463A, C1465A (Uniprot numbering)	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 BR BROMIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 2 F FLUORIDE ION × 1 A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 2 IOD IODIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；Morpheus Fusion C7: 30 mM Halides 0.12 M Monosaccharide 1 0.1 M Buffer System 1 pH 6.5 30% Precipitant mix 1	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
9CHO Autoinhibited full-length LRRK2(I2020T) on microtubules with MLi-2 提交 2024-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 543–2527（1985 aa）片段：UNP residues 543-2527	突变：I2020T	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1N (2~{R},6~{S})-2,6-dimethyl-4-[6-[5-(1-methylcyclopropyl)oxy-1~{H}-indazol-3-yl]pyrimidin-4-yl]morpholine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.80 Å
9CI3 Structure of the LRRK2/14-3-3 complex 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–2527（2527 aa）	突变：R50H variant 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8.3 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.96 Å
9DMI Structure of the C-terminal half of LRRK2 bound to RN277 (Type-II inhibitor) 提交 2024-09-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1333–2527（1195 aa）	未记录	A1A7Q N-[3-tert-butyl-1-(4-methylphenyl)-1H-pyrazol-5-yl]-N'-{(3M)-3-[2-chloro-4-(morpholin-4-yl)-7H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl]phenyl}urea × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 4s Blot force 5 Waiting time 20s	分辨率 3.35 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	LRRK2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–206； UniProt 1329–1520 作者链 B； PDB构建体 15–206； UniProt 1329–1520

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xaf
沉积日期 deposition_date	2020-06-04
结构标题 title	1.9A crystal structure of the GTPase domain of Parkinson's disease-associated protein LRRK2 carrying R1398H
关键词 keywords	;Parkinson's disease, LRRK2, GTPase, Dimer, InterSwitch, complex, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.69 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.80 Å
零角强度 I(0) i0	26670000.00
分子量 molecular_weight	39057.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48808 Å³
包络体积 envelope_volume	58163 Å³
水化壳体积 shell_volume	22099 Å³
包络直径 envelope_diameter	81.8 Å
壳层 Rg shell_rg	28.83 Å
包络 Rg envelope_rg	22.90 Å
形状 Rg shape_rg	22.79 Å
总 Rg total_rg	23.64 Å
总原子数 total_atoms	2742
残基数 n_residues	346
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.6 Å
Rg (实空间) rg_real	23.75 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.2510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.74 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7982
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.410
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.382
角度范围 angular_range	— – 0.3350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5034000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.811; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2
分子量 formula_weight	23375.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1,3.6.5.-
突变 mutation	R1398H, K1460A, K1463A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2901

MGSSHHHHHHSQDPAVPYNRMKLMIVGNTGSGKTTLLQQLMKTKKSDLGMQSATVGIDVKDWPIQIRDKRKRDLVLNVWDFAGHEEFYSTHPHFMTQRALYLAVYDLSKGQAEVDAMKPWLFNIKARASSSPVILVGTHLDVSDEAQRAACMSKITKELLNKRGFPAIRDYHFVNATEESDALAKLRKTIINESLNFKIRDQLVVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	134

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6xafa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6xafb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	44.497 Å
晶胞边长 b length_b	101.785 Å
晶胞边长 c length_c	44.527 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.38 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.968 Å
最低分辨率 resolution_low	20.048 Å
R 因子 r_factor	0.1834
R_work r_work	0.1804
R_free r_free	0.2214

fit	/app/data/saxs_computation/xa/6xaf/6xaf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/xa/6xaf/6xaf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/xa/6xaf/6xaf.dat