Histone-lysine N-methyltransferase NSD2
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 211–350 | 片段：UNP residues 211-350 | V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5 | 分辨率 1.64 Å R-free 0.222 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 B； UniProt 211–350 | 片段：UNP residues 211-350 | V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5 | 分辨率 1.64 Å R-free 0.222 |
| 3 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 C； UniProt 211–350 | 片段：UNP residues 211-350 | V01 N-cyclopropyl-3-oxo-N-({4-[(pyrimidin-4-yl)carbamoyl]phenyl}methyl)-3,4-dihydro-2H-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5 | 分辨率 1.64 Å R-free 0.222 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6XCG | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 29HG Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10088 提交 2026-03-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1365（1365 aa）
|
未记录 | A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 29HH Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2, UNC10088 and Bach1 提交 2026-03-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 B
1–1365（1365 aa）
|
未记录 | A1J20 ~{N}-cyclopropyl-~{N}-[[4-[[2-(6-oxidanylhexanoyl)-1~{H}-isoquinolin-6-yl]carbamoyl]phenyl]methyl]-3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 29HI Cryo-EM structure of the CUL1-RBX1-SKP1-FBXO22 SCF ubiquition ligase in complex with NSD2 via UNC10415667 提交 2026-03-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 B
1–1365（1365 aa）
|
未记录 | A1J21 4-[[cyclopropyl-[(~{Z})-2-methyl-4-(5-oxidanylidene-2~{H}-1,4-oxazin-3-yl)but-3-enoyl]amino]methyl]-~{N}-[3-[2-[[4-(hydroxymethyl)phenyl]carbonyl-methyl-amino]ethyl]phenyl]benzamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 5LSU Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
973–1203（231 aa）
|
突变：Q975L,A978L,D1071L,G1072Q,K1073R | ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.0%w/v PEG 3350, 0.1M NH4Cl
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.238 |
| 5LSU Structure of the Epigenetic Oncogene MMSET and inhibition by N-Alkyl Sinefungin Derivatives 提交 2016-09-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
973–1203（231 aa）
|
突变：Q975L,A978L,D1071L,G1072Q,K1073R | ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16.0%w/v PEG 3350, 0.1M NH4Cl
|
分辨率 2.14 Å R-free 0.238 |
| 5VC8 Crystal structure of the WHSC1 PWWP1 domain 提交 2017-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：hexameric |
链 A
211–350（140 aa）
链 B
211–350（140 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | UNX UNKNOWN LIGAND × 39 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；0.1M sodium iodide,0.1M magnesium nitrate, 25%PEG3350
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.229 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 G
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 11 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 6UE6 PWWP1 domain of NSD2 in complex with MR837 提交 2019-09-20 | 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 H
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Q5D 4-cyano-N-cyclopropyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]benzamide × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG3350, 0.2 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.252 |
| 7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 I
661–1365（705 aa）
|
突变：E1099K, T1150A | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.75 Å |
| 7E8D NSD2 E1099K mutant bound to nucleosome 提交 2021-03-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric |
链 K
973–1226（254 aa）
|
突变：E1099K | ZN ZINC ION × 3 SFG SINEFUNGIN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7LMT Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound MRT10241866a 提交 2021-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 B
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 C
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 D
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 E
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 F
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 G
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 H
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Y6V ~{N}-cyclopropyl-3-oxidanylidene-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.260 |
| 7MDN Histone-lysine N-methyltransferase NSD2-PWWP1 with compound MRT10241866a 提交 2021-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric |
链 A
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 B
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 C
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 D
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 E
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 F
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 G
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
链 H
211–350（140 aa）
片段：UNP residues 211-350
|
未记录 | Y6V ~{N}-cyclopropyl-3-oxidanylidene-~{N}-(thiophen-2-ylmethyl)-4~{H}-1,4-benzoxazine-7-carboxamide × 8 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.251 |
| 7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
217–348（132 aa）
片段：PWWP1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.345 |
| 7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
217–348（132 aa）
片段：PWWP1 domain
|
未记录 | 7QC 4-[5-[4-(aminomethyl)-2,6-dimethoxy-phenyl]-3-methyl-imidazol-4-yl]benzenecarbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.345 |
| 7VLN NSD2-PWWP1 domain bound with an imidazol-5-yl benzonitrile compound 提交 2021-10-05 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
217–348（132 aa）
片段：PWWP1 domain
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.345 |
| 9CVD SET Domain of Histone-Lysine N-Methyltransferase NSD2 in Complex with Selective Inhibitor 提交 2024-07-29 | 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
984–1203（220 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 A1A0M 9-{[(2M)-5-[(3R)-3-amino-3-(pyridin-2-yl)piperidin-1-yl]-2-(3,4-difluorophenyl)pyridin-4-yl]methyl}-9H-purin-6-amine × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.5；303.15 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
200 uM [U-2H; U-13C; U-15N; CH3 ILV] NSD2 SET domain, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM 17596, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
200 uM [U-13C; U-15N] NSD2 SET domain, 50 mM TRIS, 150 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 1 mM 17596, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
|
分辨率未提供 |
| 9EXW Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 17. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1H7X 7-[3-methyl-5-[2-methyl-5-[(pyridin-3-ylamino)methyl]phenyl]imidazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % ethanol.
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.284 |
| 9EXW Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 17. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
未记录 | A1H7X 7-[3-methyl-5-[2-methyl-5-[(pyridin-3-ylamino)methyl]phenyl]imidazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % ethanol.
|
分辨率 2.43 Å R-free 0.284 |
| 9EXX Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 18. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 EOH ETHANOL × 1 A1H7Y 4-methyl-3-[1-methyl-5-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-7-yl)imidazol-4-yl]-~{N}-phenyl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % ethanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.265 |
| 9EXX Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 18. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 EOH ETHANOL × 2 A1H7Y 4-methyl-3-[1-methyl-5-(3-oxidanylidene-4~{H}-1,4-benzoxazin-7-yl)imidazol-4-yl]-~{N}-phenyl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % ethanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.265 |
| 9EXY Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 34. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
|
突变：K256A, K257A, K304A, K312A | A1H7Z 7-[5-methyl-3-[2-methyl-5-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-1,2-oxazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition G9
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.248 |
| 9EXY Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 34. 提交 2024-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
|
突变：K256A, K257A, K304A, K312A | A1H7Z 7-[5-methyl-3-[2-methyl-5-(piperidin-1-ylmethyl)phenyl]-1,2-oxazol-4-yl]-4~{H}-1,4-benzoxazin-3-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus screen, condition G9
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分辨率 1.70 Å R-free 0.248 |
| 9FOC Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 11. 提交 2024-06-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
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未记录 | A1IFS (2S)-1-[4-[[(3R)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 A1IEG (2S)-1-[4-[[(3S)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus, G1. Molecular Dimensions catalogue no.: MD1-47.
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分辨率 1.62 Å R-free 0.255 |
| 9FOC Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 11. 提交 2024-06-11 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
208–368（161 aa）
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未记录 | A1IFS (2S)-1-[4-[[(3R)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 A1IEG (2S)-1-[4-[[(3S)-1,1-bis(oxidanylidene)thiolan-3-yl]methyl-methyl-amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]-N-methyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus, G1. Molecular Dimensions catalogue no.: MD1-47.
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.255 |
| 9FOE Crystal structure of the PWWP1 domain of NSD2 bound by compound 7. 提交 2024-06-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
208–368（161 aa）
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突变：K256A, K257A, K304A, K312A, D351A, E285A, E291A | A1IEF 1-[[(2~{S})-1-[4-[ethyl(pyridin-4-ylmethyl)amino]-6-methyl-pyrimidin-2-yl]pyrrolidin-2-yl]methyl]urea × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.5 M sodium formate
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分辨率 1.96 Å R-free 0.235 |
| 9GBF X-RAY structure of PHDvC5HCH tandem domain of NSD2 提交 2024-07-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1229–1331（103 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；28% PEG Smear Medium, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.05M magnesium sulfate
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分辨率 1.76 Å R-free 0.228 |
| 9GBF X-RAY structure of PHDvC5HCH tandem domain of NSD2 提交 2024-07-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1229–1331（103 aa）
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未记录 | ZN ZINC ION × 4 NA SODIUM ION × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；28% PEG Smear Medium, 0.1M HEPES, pH 7.5, 0.05M magnesium sulfate
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分辨率 1.76 Å R-free 0.228 |
| 9KN9 NSD2-PWWP1 domain bound with compound 1. 提交 2024-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
217–349（133 aa）
链 B
217–349（133 aa）
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未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 A1EF6 (Z)-N-methyl-3-sulfanyl-prop-2-enamide × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291.15 K；2.5 M ammonium sulfate, 0.01 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES (pH 7.0), and 40% (v/v) tert-butanol
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分辨率 2.00 Å R-free 0.275 |
| 9KNA NSD2-PWWP1 domain bound with compound 6 提交 2024-11-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
217–348（132 aa）
链 B
217–348（132 aa）
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未记录 | 6Y3 ~{N}-(4-aminophenyl)-2-selanyl-benzamide × 2 SO4 SULFATE ION × 6 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS (pH 5.5), and 20% (m/v) PEG3350
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分辨率 2.92 Å R-free 0.289 |
| 9KNB NSD2-PWWP1 domain bound with compound 9 提交 2024-11-18 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
217–349（133 aa）
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未记录 | EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 A1EF7 N-(2-methoxyphenyl)-2-selanyl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.2 M sodium formate and 20% (m/v) PEG3350
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分辨率 1.84 Å R-free 0.275 |
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| UniProt名称 | NSD2_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–141； UniProt 211–350 作者链 B； PDB构建体 2–141； UniProt 211–350 作者链 C； PDB构建体 2–141； UniProt 211–350 |