6xkw

R. capsulatus CIII2CIV bipartite super-complex (SC-2A) with CcoH/cy

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D5ARP4_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 n； PDB构建体 1–532； UniProt 1–532

Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II

物种未注明

UniProt D5ARP5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D5ARP5_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 o； PDB构建体 1–242； UniProt 1–242

Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP

Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)

UniProt D5ARP7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CCOP_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 p； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH

物种未注明

UniProt D5ARP9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	D5ARP9_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 h； PDB构建体 1–151； UniProt 1–151

Cytochrome c-type cyt cy

物种未注明

UniProt Q05389

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	CYCY_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–199； UniProt 1–199

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)

UniProt D5ANZ2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	UCRI_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191 作者链 R； PDB构建体 1–191； UniProt 1–191

Cytochrome b

Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)

UniProt D5ANZ3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome c1 × 2 （D5ANZ4） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYB_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437 作者链 P； PDB构建体 1–437； UniProt 1–437

Cytochrome c1

Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)

UniProt D5ANZ4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 11	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I × 1 （D5ARP4） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II × 1 （D5ARP5） Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP × 1 （D5ARP7） Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH × 1 （D5ARP9） Cytochrome c-type cyt cy × 1 （Q05389） Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit × 2 （D5ANZ2） Cytochrome b × 2 （D5ANZ3） HEME C × 11 COPPER (II) ION × 1 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CY1_RHOCB
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–279； UniProt 1–279 作者链 Q； PDB构建体 1–279； UniProt 1–279

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xkw
沉积日期 deposition_date	2020-06-27
结构标题 title	R. capsulatus CIII2CIV bipartite super-complex (SC-2A) with CcoH/cy
关键词 keywords	cytochrome bc1, cbb3-COX, Complex III, Complex IV, OXIDOREDUCTASE, TRANSLOCASE-Oxidoreductase complex; TRANSLOCASE/Oxidoreductase
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6xkw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6xkw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6xkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.48 Å
Rg（电子密度）	50.11 Å
总 Rg	50.15 Å
原子数	20831
残基数	2648
排除体积	374440 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6xkw__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I
分子量 formula_weight	58975.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	n
原子数 atom_count	20831

MWDYVKLVALGVVVAIAAYAASQARDLPYMVNMVEVALAAVIAFIWVLRTMGDAKPSKDEYFDGVIRAGVIATTFWGIVGFLVAVIIAFQLAFPALNLEFGNGMLNFGRLRPLHTSAVIFAFGGNALIASAFYVVQRTSAARLFGGTALGWFVFWGWQLIIVTAATSYLLGGSQGKEYAELNWHLDILVAIVWVAYLIAFLGTIFKRKEPHIYVANWFYLSFIVTIAMLHIVNNLAVPVSIFGTKSVQLMAGVQDAMTQWWYGHNAVGFFLTAGFLGMMYYFVPKQAERPVYSYKLSIVHFWALIFLYIWAGPHHLHYTALPDWASTLGMVMSVILWMPSWGGMINGLMTLSGAWDKLRTDPVIRMMVVSIGFYGMSTFEGPMMSIKAVNSLSHYTDWTIGHVHSGALGWNGMITFGMLYFLTPRLWGRSGLYSLKLVSWHFWLATIGIVLYASSMWVSGIMEGLMWREVDAQGFLVNGFADTVGAKFPMNVVRGVGGVLYLTGGLIMAYNLWATVAKQPKTANLAVAVPAE

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II
分子量 formula_weight	26998.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.9.3.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	o

MSIMDKHHVLEKNATLLLIFAFLVVTIGGIVEIAPLFYLENTIEKVEGMRPYTPLELTGRDIYIREGCYVCHSQMIRPMRDEVERYGHYSLAAESMYDHPFQWGSKRTGPDLARVGGRYSDAWHVEHLSNPQSVVPESVMPSYSYLANVPLDSTWIEDRVSTDALVGVPYSAEMIAAAKADFVAQADPNADSATLVANYGEKVNIRNFDGKPGLTEMDALVAYLQVLGTMVDFSTFQPVASR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP
分子量 formula_weight	31739.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	p

MSKKPTTKKEVQTTGHSWDGIEELNTPLPRWWLWTFYATIVWGVAYSIAMPAWPIFASGATPGILGSSTRADVEKDIAKFAEMNKAVEDKLVATDLTAIAADPELVTYTRNAGAAVFRTWCAQCHGAGAGGNTGFPSLLDGDWLHGGSIETIYTNIKHGIRDPLDPDTLPVANMPAHLTDELLEPAQIDDVVQYVLKISGQPADEARATAGQQVFADNCVSCHGEDAKGMVEMGAPNLTDGIWLYGGDANTITTTIQLGRGGVMPSWSWAADGAKPRLSEAQIRAVASYVHSLGGGQ

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272942
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus SB 1003

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH
分子量 formula_weight	16285.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	h

MAKPLTGRKVLLMFVAFFGLIIAVNVTMAVQAVKTFPGLEVANSYVASQTFDADRAAQERLGWTVKPAYADGVLSLDIRDRAGQPAPLGQLEVLVGRTTMAAEDRTPQMTRTDGVYSAPLSLAPGAWLIHLSATSADGVLFRQRLDFFVEG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome c-type cyt cy
分子量 formula_weight	20681.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MLVKTHITKIGVTLFAVALFYGFIYMLSNSLFATRPATAVAVGADGKALLPSVDEAAMPAKAPAAAAPAAETAEAAAPAEPAAPPPPAYVEVDPATITGDAKAGEEKFNKTCKACHKIDGKNAVGPHLNGVIGRATATVEGFKYSTAMKNHVGNWTPERLDIYLVSPKAEVPGTKMSFVGLPEAADRANVIAYLNTLPR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
分子量 formula_weight	20465.1 kDa
EC 编号 ec_number	7.1.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,R

MSHAEDNAGTRRDFLYHATAATGVVVTGAAVWPLINQMNASADVKAMASIFVDVSAVEVGTQLTVKWRGKPVFIRRRDEKDIELARSVPLGALRDTSAENANKPGAEATDENRTLPAFDGTNTGEWLVMLGVCTHLGCVPMGDKSGDFGGWFCPCHGSHYDSAGRIRKGPAPRNLDIPVAAFVDETTIKLG

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272942
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus SB 1003

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Cytochrome b
分子量 formula_weight	49386.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,P

MSGIPHDHYEPKTGIEKWLHDRLPIVGLVYDTIMIPTPKNLNWWWIWGIVLAFTLVLQIVTGIVLAMHYTPHVDLAFASVEHIMRDVNGGWAMRYIHANGASLFFLAVYIHIFRGLYYGSYKAPREITWIVGMVIYLLMMGTAFMGYVLPWGQMSFWGATVITGLFGAIPGIGPSIQAWLLGGPAVDNATLNRFFSLHYLLPFVIAALVAIHIWAFHTTGNNNPTGVEVRRTSKADAEKDTLPFWPYFVIKDLFALALVLLGFFAVVAYMPNYLGHPDNYVQANPLSTPAHIVPEWYFLPFYAILRAFAADVWVVILVDGLTFGIVDAKFFGVIAMFGAIAVMALAPWLDTSKVRSGAYRPKFRMWFWFLVLDFVVLTWVGAMPTEYPYDWISLIASTYWFAYFLVILPLLGATEKPEPIPASIEEDFNSHYGNPAE

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272942
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus SB 1003

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	Cytochrome c1
分子量 formula_weight	30352.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,Q

MKKLLISAVSALVLGSGAAFANSNVPDHAFSFEGIFGKYDQAQLRRGFQVYNEVCSACHGMKFVPIRTLADDGGPQLDPTFVREYAAGLDTIIDKDSGEERDRKETDMFPTRVGDGMGPDLSVMAKARAGFSGPAGSGMNQLFKGMGGPEYIYNYVIGFEENPECAPEGIDGYYYNKTFQIGGVPDTCKDAAGVKITHGSWARMPPPLVDDQVTYEDGTPATVDQMAQDVSAFLMWAAEPKLVARKQMGLVAMVMLGLLSVMLYLTNKRLWAPYKGHKA

来源 Source

来源生物 organism	Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272942
宿主生物 host_organism	Rhodobacter capsulatus SB 1003

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	HEME C
分子量 formula_weight	618.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	5.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	14978

R. capsulatus CIII2CIV bipartite super-complex (SC-2A) with CcoH/cy

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit I

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, subunit II

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cbb3-type cytochrome c oxidase subunit CcoP

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c oxidase, Cbb3-type, biogenesis protein CcoH

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c-type cyt cy

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome b

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cytochrome c1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xkw__assembly_1__model_1

6xkw__assembly_1__model_1 | I(q)

6xkw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer