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6xmm

Human aldolase A I98S

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fructose-bisphosphate aldolase A

Homo sapiens

UniProt P04075

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–364 链 B； UniProt 1–364 突变：I98S PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 12 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 6.0 分辨率 2.11 Å R-free 0.295

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6XMM Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ALD ACTIVITY AND SPECIFICITY OF HUMAN ALDOLASES 提交 1991-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–363（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å
2ALD HUMAN MUSCLE ALDOLASE 提交 1998-10-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–363（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.10 Å R-free 0.258
4ALD HUMAN MUSCLE FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE ALDOLASE COMPLEXED WITH FRUCTOSE 1,6-BISPHOSPHATE 提交 1998-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–363（363 aa）
未记录 2FP 1,6-FRUCTOSE DIPHOSPHATE (LINEAR FORM) × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5
分辨率 2.80 Å R-free 0.304
5KY6 Human muscle fructose-1,6-bisphosphate aldolase 提交 2016-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–364（363 aa）
链 B 2–364（363 aa）
链 C 2–364（363 aa）
链 D 2–364（363 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；292 K；1.6M ammonium citrate tribasic
分辨率 1.94 Å R-free 0.223
6XMH Human aldolase A wild type 提交 2020-06-30 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–364（364 aa）
链 B 1–364（364 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；10% (w/v) PEG 8,000, 18% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 5.75
分辨率 1.95 Å R-free 0.286
6XML Human aldolase A I98C 提交 2020-06-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–364（364 aa）
链 B 1–364（364 aa）
突变：I98C 突变：I98C PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；10% (w/v) PEG 8000, 21% (v/v) glycerol in 0.04 M potassium phosphate, pH 6.0
分辨率 1.88 Å R-free 0.286
6XMO Human aldolase A I98F 提交 2020-06-30 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–364（364 aa）
链 B 1–364（364 aa）
突变：I98F 突变：I98F PO4 PHOSPHATE ION × 8 GOL GLYCEROL × 12 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.75；277 K；12% (w/v) PEG 8000, 15% (v/v) glycerol, 0.04 M potassium phosphate, pH 5.75
分辨率 2.60 Å R-free 0.259

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ALDOA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364 作者链 B； PDB构建体 1–364； UniProt 1–364

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6xmm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6xmm
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6xmm
沉积日期 deposition_date2020-06-30
结构标题 titleHuman aldolase A I98S
关键词 keywordsrheostat, allosterism, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.20 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron28.43 Å
零角强度 I(0) i097230400.00
分子量 molecular_weight77154.0 kDa
排除体积 excluded_volume96407 ų
包络体积 envelope_volume115680 ų
水化壳体积 shell_volume34415 ų
包络直径 envelope_diameter105.0 Å
壳层 Rg shell_rg35.14 Å
包络 Rg envelope_rg28.60 Å
形状 Rg shape_rg28.45 Å
总 Rg total_rg28.95 Å
总原子数 total_atoms10877
残基数 n_residues706
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.2 Å
Rg (实空间) rg_real29.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.03 Å
I(0) (实空间) i0_real9.7230e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal97230000.0000
解质量估计 total_estimate0.7773
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary30.0 Å
偏度 Skewness skewness0.493
峰度 Kurtosis kurtosis-0.213
角度范围 angular_range— – 0.2700 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26360000.0000
实空间数据点数 n_real_points55
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.719; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.957; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6xmma_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.1 — Class I aldolase
结构域编号 domain_idd6xmmb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamilyc.1.10 — Aldolase
家族 Family familyc.1.10.1 — Class I aldolase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)