SAXSdb — 6xv9

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KIT_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–141； UniProt 551–687 作者链 A； PDB构建体 160–328； UniProt 766–934 作者链 B； PDB构建体 5–141； UniProt 551–687 作者链 B； PDB构建体 160–328； UniProt 766–934

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6xv9
沉积日期 deposition_date	2020-01-21
结构标题 title	Crystal structure of the kinase domain of human c-KIT in complex with a type-II inhibitor
关键词 keywords	type II kinase inhibitor, structure-based drug design, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6xv9__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6xv9__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6xv9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.77 Å
Rg（电子密度）	19.67 Å
总 Rg	20.63 Å
原子数	2481
残基数	306
排除体积	44392 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6xv9__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6xv9__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit
分子量 formula_weight	37332.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1,2.7.10.1
突变 mutation	I563S,V569S,Y609Q,L631S,M651E,I662H,D768H,R804N,V825D,C844S,L890S,H894Y,L912D,L923D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4843

GSHMPMYEVQWKVVEESNGNNYSYIDPTQLPYDHKWEFPRNRLSFGKTLGAGAFGKVVEATAQGLIKSDAAMTVAVKMLKPSAHSTEREALMSELKVLSYLGNHENIVNLLGACTHGGPTLVITEYCCYGDLLNFLRRKRDEFVPYKVAPEDLYKDFLTLEHLLSFSYQVAKGMAFLASKNCIHRDLAARNILLTHGNITKICDFGLARDIKNDSNYVDKGNARLPVKWMAPESIFNSVYTFESDVWSYGIFLWELFSLGSSPYPGMPVDSKFYKMIKEGFRMSSPEYAPAEMYDIMKTCWDADPDKRPTFKQIVQDIEKQISESTNH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]-5-methyl-phenyl]-2-[3-methoxy-5-(7-methoxyquinolin-4-yl)oxy-pyridin-2-yl]ethanamide
分子量 formula_weight	486.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	89.632 Å
晶胞边长 b length_b	90.614 Å
晶胞边长 c length_c	87.042 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.380 Å
最低分辨率 resolution_low	63.720 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1946
R_free r_free	0.2466

Crystal structure of the kinase domain of human c-KIT in complex with a type-II inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xv9__assembly_1__model_1

6xv9__assembly_1__model_1 | I(q)

6xv9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the kinase domain of human c-KIT in complex with a type-II inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mast/stem cell growth factor receptor Kit,Mast/stem cell growth factor receptor Kit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6xv9__assembly_1__model_1

6xv9__assembly_1__model_1 | I(q)

6xv9__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 引用文献 (1)