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6xwt

drosophila melanogaster CENP-A/H4 bound to N-terminal CAL1 fragment

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 81.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3-like centromeric protein cid

Drosophila melanogaster

UniProt Q9V6Q2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–225 链 C； UniProt 1–225 未记录 Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） Chromosome alignment defect 1 × 2 （Q9VEN2） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；0.01M Cobalt (II) Chloride hexahydrate, 0.1M MES pH 6.5 and 1.8 M Ammonium Sulphate 分辨率 3.47 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6XWT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6XWS Crystal Structure of Drosophila CAL1 1-160 bound to CENP-A/H4 提交 2020-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–225（225 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 30% PEG 4000
分辨率 4.36 Å R-free 0.323

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CID_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–225； UniProt 1–225 作者链 C； PDB构建体 1–225； UniProt 1–225

Histone H4

Drosophila melanogaster

UniProt A0A0B4KFZ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–103 链 D； UniProt 1–103 未记录 Histone H3-like centromeric protein cid × 2 （Q9V6Q2） Chromosome alignment defect 1 × 2 （Q9VEN2） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；0.01M Cobalt (II) Chloride hexahydrate, 0.1M MES pH 6.5 and 1.8 M Ammonium Sulphate 分辨率 3.47 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6XWT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6PWE Cryo-EM structure of nucleosome core particle 提交 2019-07-22 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
6PWF Cryo-EM structure of the ATPase domain of chromatin remodeling factor ISWI bound to the nucleosome 提交 2019-07-22 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.07 Å
6XWS Crystal Structure of Drosophila CAL1 1-160 bound to CENP-A/H4 提交 2020-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 30% PEG 4000
分辨率 4.36 Å R-free 0.323
8PP6 human RYBP-PRC1 bound to H2AK118ub1 nucleosome 提交 2023-07-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 B 2–103（102 aa）
链 F 2–103（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.18 Å
8PP7 human RYBP-PRC1 bound to mononucleosome 提交 2023-07-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.91 Å
9B1E Cryo-EM structure of native SWR1 bound to nucleosome (composite structure) 提交 2024-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 V 1–103（103 aa）
链 X 1–103（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 8 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 8 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6；80 nM SWR1, 160 nM nucleosomes, 1 mM ADP, 10 mM NaF, 8 mM BeCl2, 0.05% glutaraldehyde, 20 mM HEPES-KOH pH 7.6, 1.5 mM MgCl2, 0.25 mM TCEP, 0.01% IGEPAL CA-630, 1% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 second blot time and blot force of 10.
分辨率 4.40 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0B4KFZ9_DROME
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103 作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 1–103

Chromosome alignment defect 1

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VEN2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 1–979 链 F； UniProt 1–979 未记录 Histone H3-like centromeric protein cid × 2 （Q9V6Q2） Histone H4 × 2 （A0A0B4KFZ9） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；0.01M Cobalt (II) Chloride hexahydrate, 0.1M MES pH 6.5 and 1.8 M Ammonium Sulphate 分辨率 3.47 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6XWT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6XWS Crystal Structure of Drosophila CAL1 1-160 bound to CENP-A/H4 提交 2020-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 1–47（47 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris pH 8.5 and 30% PEG 4000
分辨率 4.36 Å R-free 0.323
6XWV Crystal structure of drosophila melanogaster CENP-C bound to CAL1 提交 2020-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 1–979（979 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Calcium acetate, 0.1M Na Cacodylate, pH 6.5, 18% PEG 8000
分辨率 2.27 Å R-free 0.266

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9VEN2_DROME
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–979； UniProt 1–979 作者链 F； PDB构建体 1–979； UniProt 1–979

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6xwt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6xwt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6xwt
沉积日期 deposition_date2020-01-24
结构标题 titledrosophila melanogaster CENP-A/H4 bound to N-terminal CAL1 fragment
关键词 keywordsCentromere, Kinetochore, Cell Division, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.49 Å
零角强度 I(0) i026843900.00
分子量 molecular_weight40025.0 kDa
排除体积 excluded_volume50337 ų
包络体积 envelope_volume62640 ų
水化壳体积 shell_volume21906 ų
包络直径 envelope_diameter85.2 Å
壳层 Rg shell_rg30.80 Å
包络 Rg envelope_rg24.35 Å
形状 Rg shape_rg24.49 Å
总 Rg total_rg25.26 Å
总原子数 total_atoms2803
残基数 n_residues352
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax81.8 Å
Rg (实空间) rg_real25.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8410e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal26840000.0000
解质量估计 total_estimate0.8950
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.7 Å
偏度 Skewness skewness0.291
峰度 Kurtosis kurtosis-0.579
角度范围 angular_range— – 0.3150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7197000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.897; Smooth: 0.978
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6xwtA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6xwtB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6xwtC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id6xwtD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)