SAXSdb — 6y3d

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha chain

物种未注明

UniProt O19910

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	C-phycocyanin beta chain × 6 （O19909） PHYCOCYANOBILIN × 18 GLYCEROL × 1 ACETATE ION × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCA_CYACA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 AAA； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 CCC； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 EEE； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 GGG； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 III； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 KKK； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162

C-phycocyanin beta chain

物种未注明

UniProt O19909

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	C-phycocyanin alpha chain × 6 （O19910） PHYCOCYANOBILIN × 18 GLYCEROL × 1 ACETATE ION × 2 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCB_CYACA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 BBB； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 DDD； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 FFF； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 HHH； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 JJJ； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 LLL； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6y3d
沉积日期 deposition_date	2020-02-18
结构标题 title	X-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea
关键词 keywords	red algae, C-phycocyanin, pigment, fluorescent, Phycobilisomes, FLUORESCENT PROTEIN; FLUORESCENT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6y3d__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6y3d__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6y3d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.31 Å
Rg（电子密度）	40.57 Å
总 Rg	40.99 Å
原子数	15662
残基数	1998
排除体积	278560 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6y3d__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-phycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17260.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AAA,CCC,EEE,GGG,III,KKK
原子数 atom_count	16970

MKTPITEAIATADSQGRFLSNTELQSCAGRFQRAGASLDAARSLTANAQRLIDGAAQAVYSKFPYTTQMTGPCYASSAIGKAKCSRDIGYYLRMVTYCLVAGGTGPMDEYLVAGLEEINRTFDLSPSWYVEALKNIKASHGLSGAAASEANAYINYAINSLS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-phycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	18203.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	BBB,DDD,FFF,HHH,JJJ,LLL

MLDAFSKVVAQADARGEFLSNTQLDALSKMVADGNKRLDATAAISANAATIVTNAARSLFSEQPQLIQPGGNAYTNRRMAACLRDMEIILRYVSYATIAGDSSVLDDRCLNGLRETYQALGVPGASVALAVEKMKEAAIAFANDSSNVTIGDCSALISEIATYFDRAAKAVV

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1215

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晶胞边长 a length_a	60.030 Å
晶胞边长 b length_b	189.130 Å
晶胞边长 c length_c	208.130 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	94.744 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2211
R_free r_free	0.2682

X-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-phycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6y3d__assembly_1__model_1

6y3d__assembly_1__model_1 | I(q)

6y3d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

X-ray structure of thermophilic C-phycocyanin from Galdiera phlegrea

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-phycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6y3d__assembly_1__model_1

6y3d__assembly_1__model_1 | I(q)

6y3d__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)