SAXSdb — 6y3z

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppN-mRNA hydrolase

Saccharomyces cerevisiae S288C

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q12517） Enhancer of mRNA-decapping protein 3 × 1 （P39998） Probable tubulin--tyrosine ligase PBY1 × 1 （P38254） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–271； UniProt 1–271

mRNA-decapping enzyme subunit 1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt Q12517

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	m7GpppN-mRNA hydrolase × 1 （P53550） Enhancer of mRNA-decapping protein 3 × 1 （P39998） Probable tubulin--tyrosine ligase PBY1 × 1 （P38254） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DCP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–236； UniProt 1–231

Enhancer of mRNA-decapping protein 3

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P39998

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	m7GpppN-mRNA hydrolase × 1 （P53550） mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q12517） Probable tubulin--tyrosine ligase PBY1 × 1 （P38254） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EDC3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–71； UniProt 1–66

Probable tubulin--tyrosine ligase PBY1

Saccharomyces cerevisiae S288C

UniProt P38254

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	m7GpppN-mRNA hydrolase × 1 （P53550） mRNA-decapping enzyme subunit 1 × 1 （Q12517） Enhancer of mRNA-decapping protein 3 × 1 （P39998） MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TTL_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 6–429； UniProt 330–753

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6y3z
沉积日期 deposition_date	2020-02-19
结构标题 title	Crystal structure of the Pby1 ATP-grasp enzyme bound to the S. cerevisiae mRNA decapping complex (Dcp1-Dcp2-Edc3)
关键词 keywords	RNA decay enzyme, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6y3z__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6y3z__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6y3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.09 Å
Rg（电子密度）	31.58 Å
总 Rg	32.26 Å
原子数	5570
残基数	672
排除体积	99830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6y3z__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	m7GpppN-mRNA hydrolase
分子量 formula_weight	32946.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.1.62
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5570

MSLPLRHALENVTSVDRILEDLLVRFIINCPNEDLSSVERELFHFEEASWFYTDFIKLMNPTLPSLKIKSFAQLIIKLCPLVWKWDIRVDEALQQFSKYKKSIPVRGAAIFNENLSKILLVQGTESDSWSFPRGKISKDENDIDCCIREVKEEIGFDLTDYIDDNQFIERNIQGKNYKIFLISGVSEVFNFKPQVRNEIDKIEWFDFKKISKTMYKSNIKYYLINSMMRPLSMWLRHQRQIKNEDQLKSYAEEQLKLLLGITKEEQIDPGRHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	mRNA-decapping enzyme subunit 1
分子量 formula_weight	26705.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPLGSMTGAATAAENSATQLEFYRKALNFNVIGRYDPKIKQLLFHTPHASLYKWDFKKDEWNKLEYQGVLAIYLRDVSQNTNLLPVSPQEVDIFDSQNGSNNIQVNNGSDNSNRNSSGNGNSYKSNDSLTYNCGKTLSGKDIYNYGLIILNRINPDNFSMGIVPNSVVNKRKVFNAEEDTLNPLECMGVEVKDELVIIKNLKHEVYGIWIHTVSDRQNIYELIKYLLENEPKDSFA

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Enhancer of mRNA-decapping protein 3
分子量 formula_weight	7448.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPLGSMSQFVGFGVQVELKDGKLIQGKIAKATSKGLTLNDVQFGDGGKSQAFKVRASRLKDLKVLTVASQS

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Probable tubulin--tyrosine ligase PBY1
分子量 formula_weight	49895.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.25
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

GPLGSSKTNNLIVVSIDPMEYIYKPLTHALKKYLPQVEIVSNLPEFDNGGCEKEMKVFHYGDYEQLDMDKLMELPNNYFTNSYIYRKALIRKHFLSHTIQTYTAKNPESILKKAYLESFTIDLDYAEFLDDALDENWELRQELENESQDKWWIVKPSMSDKGQGIRVFKTIEDLQAIFDSFDDEDSEAEESGNDDDADDVNGEFMDNNKVNISQLRHFIIQEYLTNPLLLASMDNRKFHIRCYVVCRGDLQVFVYDRMLALFAAKPFVPLDPYAYSVTDLKDLECHLTNTCLQSKKKDKDSSVLEFDSIEEIPNERKSNIKEQIHSITNDVFLAAVNVNRLNFQPLPNAFETYGVDFLIDSNYEVKLLEINAFPDFKQTGKDLKNLIDELFDDTVKYCVTPIFNENRNKTDDETDPNFVKVIDYTSNGW

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288C
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6y3zA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 — Dcp2, box A domain

结构域编号 domain_id	6y3zA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	79 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase

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晶胞边长 a length_a	71.210 Å
晶胞边长 b length_b	90.600 Å
晶胞边长 c length_c	194.240 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.490 Å
最低分辨率 resolution_low	48.500 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2460
R_free r_free	0.3210

Crystal structure of the Pby1 ATP-grasp enzyme bound to the S. cerevisiae mRNA decapping complex (Dcp1-Dcp2-Edc3)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

m7GpppN-mRNA hydrolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

mRNA-decapping enzyme subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Enhancer of mRNA-decapping protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Probable tubulin--tyrosine ligase PBY1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6y3z__assembly_1__model_1

6y3z__assembly_1__model_1 | I(q)

6y3z__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)