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6y4h

Solution structure of cold-shock domain 7 and 8 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 63.5 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Upstream of N-ras, isoform A

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VSK3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 756–922 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成：0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dCSD78, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dCSD78, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6Y4H Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4QQB Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex 提交 2014-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 X 185–252（68 aa） 片段：CSD1, UNP residues 185-252
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
4QQB Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex 提交 2014-06-27 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 Y 185–252（68 aa） 片段：CSD1, UNP residues 185-252
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
6Y6E drosophila Unr CSD456 提交 2020-02-26 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 424–677（254 aa）
未记录 EMC ETHYL MERCURY ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M tri-sodium citrate (pH 5.5), 20% PEG2000
分辨率 2.02 Å R-free 0.251
6Y6M solution structure of cold-shock domain 1 and 2 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr) 提交 2020-02-26 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 186–344（159 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.36 mM RNA, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.36 mM RNA, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6Y96 solution structure of cold-shock domain 9 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr) 提交 2020-03-06 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 899–990（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.24 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.24 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
7ZHH Complex structure of drosophila Unr CSD789 and a poly(A) RNA sequence 提交 2022-04-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 756–990（235 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris-Cl (pH 7.0) 0.2 M lithium sulfate 2 M ammonium sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.210
7ZHR Complex structure of drosophila Unr CSD789 and pAbp RRM3 提交 2022-04-07 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 756–990（235 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium formate 0.1 M bis-tris propane 20 % (w/v) PEG 3350
分辨率 2.99 Å R-free 0.315

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9VSK3_DROME
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–168； UniProt 756–922

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6y4h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6y4h
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6y4h
沉积日期 deposition_date2020-02-21
结构标题 titleSolution structure of cold-shock domain 7 and 8 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr)
关键词 keywordsCSD, ncCSD, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.02 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.72 Å
零角强度 I(0) i02040870000.00
分子量 molecular_weight372620.0 kDa
排除体积 excluded_volume461700 ų
包络体积 envelope_volume51799 ų
水化壳体积 shell_volume21276 ų
包络直径 envelope_diameter74.2 Å
壳层 Rg shell_rg27.34 Å
包络 Rg envelope_rg21.18 Å
形状 Rg shape_rg17.67 Å
总 Rg total_rg18.00 Å
总原子数 total_atoms51800
残基数 n_residues3360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.5 Å
Rg (实空间) rg_real18.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0410e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9650e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2041000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7698
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary19.7 Å
偏度 Skewness skewness0.411
峰度 Kurtosis kurtosis-0.191
角度范围 angular_range— – 0.4400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1325000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.687; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.947; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6y4hA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)