SAXSdb — 6y5s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Subtilisin Savinase

Bacillus lentus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–269	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.2 M NaBr, 0.1 M Bis Tris propane, 20% PEG3350	分辨率 0.95 Å R-free 0.155

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6Y5S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C9J BACILLUS LENTUS SUBTILISIN K27R/N87S/V104Y/N123S/T274A VARIANT 提交 1999-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	突变：K27R, N87S, V104Y, N123S, T274A	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；SODIUM ACATEATE, CALCIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å
1C9M BACILLUS LENTUS SUBTILSIN (SER 87) N76D/S103A/V104I 提交 1999-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	突变：N76D, S103A, V104I FROM NATIVE (SER 87) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；SODIUM ACTETATE, CALCIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE ,PHENYLMETHYLSULFANYL- FLOURIDE, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.67 Å
1C9N BACILLUS LENTUS SUBSTILISIN VARIANT (SER 87) K27R/V104Y/N123S/T274A 提交 1999-08-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	突变：K27R, V104Y, N123S, T274A FROM NATIVE (SER 87)	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 PMS phenylmethanesulfonic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；SODIUM ACETATE, CALCIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.50 Å
1GCI THE 0.78 ANGSTROMS STRUCTURE OF A SERINE PROTEASE-BACILLUS LENTUS SUBTILISIN 提交 1998-09-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.9；FREE TEXT GOES HERE., pH 5.9	分辨率 0.78 Å R-free 0.103
1IAV STRUCTURE ON NATIVE (ASN 87) SUBTILISIN FROM BACILLUS LENTUS 提交 2001-03-23	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.9；pH 5.90	分辨率 1.80 Å
1JEA ALTERED TOPOLOGY AND FLEXIBILITY IN ENGINEERED SUBTILISIN 提交 1997-05-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1NDQ Bacillus lentus subtilisin 提交 2002-12-09	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.80 Å R-free 0.229
1NDU Bacillus lentus subtilisin variant S101G/V104N 提交 2002-12-09	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	突变：S101G, V104N	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
1Q5P S156E/S166D variant of Bacillus lentus subtilisin 提交 2003-08-08	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	突变：S156E, S166D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.60 Å
1SVN SAVINASE 提交 1995-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.40 Å
1TK2 Crystal Structure of the Complex formed between Alkaline Proteinase Savinase and Gramicidin S at 1.5A Resolution 提交 2004-06-08	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；0.33M NACL, 10% PEG 4000, PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 291K	分辨率 1.54 Å R-free 0.189
3BX1 Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase 提交 2008-01-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 15 NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3BX1 Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase 提交 2008-01-11	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 9 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
3BX1 Complex between the Barley alpha-Amylase/Subtilisin Inhibitor and the subtilisin Savinase 提交 2008-01-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–269（269 aa）链 B 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 48 NA SODIUM ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291 K；0.1 M sodium acetate buffer pH 5.6 and 4 M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 1.85 Å R-free 0.239
4CFY SAVINASE CRYSTAL STRUCTURES FOR COMBINED SINGLE CRYSTAL DIFFRACTION AND POWDER DIFFRACTION ANALYSIS 提交 2013-11-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20 MG/ML PROTEIN, 4% PEG 4000, 0.33 M NACL, 1.5 MM CACL2, 18 MM CITRATE BUFFER PH 6.0	分辨率 1.17 Å R-free 0.119
4CFZ SAVINASE CRYSTAL STRUCTURES FOR COMBINED SINGLE CRYSTAL DIFFRACTION AND POWDER DIFFRACTION ANALYSIS 提交 2013-11-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS FROM INDUSTRIAL PRODUCTION SUSPENSION	分辨率 1.57 Å R-free 0.180
4CG0 Savinase crystal structures for combined single crystal diffraction and powder diffraction analysis 提交 2013-11-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 CRYSTALS FROM INDUSTRIAL PRODUCTION SUSPENSION	分辨率 1.36 Å R-free 0.154
5AQE Cooperative bio-metallic selectivity in a tailored protease enables creation of a C-C cross-coupling Heckase 提交 2015-09-22	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）片段：MATURE PEPTIDE CHAIN	未记录	VOD (4-VINYLPHENYL)METHANESULFONIC ACID × 1 SO4 SULFATE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 9% PEG 3350, 50 MM AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5	分辨率 1.10 Å R-free 0.088
5ARB Cooperative bio-metallic selectivity in a tailored protease enables creation of a C-C cross-coupling Heckase 提交 2015-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）片段：MATURE PEPTIDE CHAIN, RESIDUES 1-269	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 EI3 5-methyl-2-(5-methylpyridin-2-yl)pyridine × 1 CL CHLORIDE ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 15% PEG 3350, 75 MM AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS TRIS PH 5.5	分辨率 1.15 Å R-free 0.121
5ARC Cooperative bio-metallic selectivity in a tailored protease enables creation of a C-C cross-coupling Heckase 提交 2015-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）片段：MATURE PEPTIDE CHAIN, RESIDUES 1-269	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 EI3 5-methyl-2-(5-methylpyridin-2-yl)pyridine × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；25% PEG 3350, 100 MM AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 8.5	分辨率 1.10 Å R-free 0.123
5ARD Cooperative bio-metallic selectivity in a tailored protease enables creation of a C-C cross-coupling Heckase 提交 2015-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）片段：MATURE PEPTIDE CHAIN, RESIDUES 1-269	突变：YES	CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 EI3 5-methyl-2-(5-methylpyridin-2-yl)pyridine × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；33% PEG 3350, 100 MM AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS PH 7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.154
6Y5T Crystal structure of savinase at room temperature 提交 2020-02-25	结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–269（269 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；0.2 M NaBr, 0.1 M Bis Tris propane, 20% PEG3350	分辨率 1.10 Å R-free 0.150

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUBS_BACLE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–269； UniProt 1–269

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6y5s
沉积日期 deposition_date	2020-02-25
结构标题 title	Crystal structure of savinase at cryogenic conditions
关键词 keywords	SUBTILISIN SAVINASE, Protein dynamics, alternative conformations, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.26 Å
零角强度 I(0) i0	14058200.00
分子量 molecular_weight	26765.0 kDa
排除体积 excluded_volume	32900 Å³
包络体积 envelope_volume	35284 Å³
水化壳体积 shell_volume	17690 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.86 Å
包络 Rg envelope_rg	16.43 Å
形状 Rg shape_rg	16.27 Å
总 Rg total_rg	17.19 Å
总原子数 total_atoms	1882
残基数 n_residues	269
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.0 Å
Rg (实空间) rg_real	17.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4550e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	14060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9022
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.9 Å
偏度 Skewness skewness	-0.006
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.537
角度范围 angular_range	— – 0.4550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4263000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Subtilisin Savinase
分子量 formula_weight	26718.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.62
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2410

AQSVPWGISRVQAPAAHNRGLTGSGVKVAVLDTGISTHPDLNIRGGASFVPGEPSTQDGNGHGTHVAGTIAALNNSIGVLGVAPSAELYAVKVLGASGSGSVSSIAQGLEWAGNNGMHVANLSLGSPSPSATLEQAVNSATSRGVLVVAASGNSGAGSISYPARYANAMAVGATDQNNNRASFSQYGAGLDIVAPGVNVQSTYPGSTYASLNGTSMATPHVAGAAALVKQKNPSWSNVQIRNHLKNTATSLGSTNLYGSGLVNAEAATR

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus lentus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1467
宿主生物 host_organism	Bacillus licheniformis

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	349

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6y5sa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.41 — Subtilisin-like
超家族 Superfamily superfamily	c.41.1 — Subtilisin-like
家族 Family family	c.41.1.1 — Subtilases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6y5sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	200 — Peptidase S8/S53 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	47.078 Å
晶胞边长 b length_b	62.028 Å
晶胞边长 c length_c	74.951 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	orthorhombic

分辨率 resolution	0.950 Å
最低分辨率 resolution_low	37.500 Å
R 因子 r_factor	0.1415
R_work r_work	0.1408
R_free r_free	0.1549

fit	/app/data/saxs_computation/y5/6y5s/6y5s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/y5/6y5s/6y5s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/y5/6y5s/6y5s.dat

Crystal structure of savinase at cryogenic conditions

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Subtilisin Savinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction