6y6b

Crystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser100 and 16-OMe-Fusicoccin H

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.6 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein gamma

Homo sapiens

UniProt P61981

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–234 链 B; UniProt 1–234 未记录 Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2 × 2 (Q96RR4) OD8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[[(1~{S},3~{R},6~{S},7~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{R},14~{S})-14-(me thoxymethyl)-3,10-dimethyl-9-oxidanyl-6-propan-2-yl-8-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradecanyl]oxy]oxane-3,4,5-triol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;PEG400, HEPES, magnesium chloride, hexafluoropropanol 分辨率 3.08 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、52 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433G_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–236; UniProt 1–234 作者链 B; PDB构建体 3–236; UniProt 1–234

Calcium/calmodulin-dependent protein kinase kinase 2

物种未注明

UniProt Q96RR4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 97–104 链 D; UniProt 97–104 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein gamma × 2 (P61981) OD8 (2~{R},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-(hydroxymethyl)-6-[[(1~{S},3~{R},6~{S},7~{S},8~{R},9~{R},10~{R},11~{R},14~{S})-14-(me thoxymethyl)-3,10-dimethyl-9-oxidanyl-6-propan-2-yl-8-tricyclo[9.3.0.0^{3,7}]tetradecanyl]oxy]oxane-3,4,5-triol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7;291 K;PEG400, HEPES, magnesium chloride, hexafluoropropanol 分辨率 3.08 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KKCC2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–8; UniProt 97–104 作者链 D; PDB构建体 1–8; UniProt 97–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6y6b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6y6b
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6y6b
沉积日期 deposition_date2020-02-26
结构标题 titleCrystal structure of human 14-3-3 gamma in complex with CaMKK2 14-3-3 binding motif Ser100 and 16-OMe-Fusicoccin H
关键词 keywords14-3-3 protein, complex, CaMKK, Fusicoccin, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.70
零角强度 I(0) i047907200.00
分子量 molecular_weight52233.0 kDa
排除体积 excluded_volume64602 ų
包络体积 envelope_volume82931 ų
水化壳体积 shell_volume26186 ų
包络直径 envelope_diameter88.8
壳层 Rg shell_rg33.66
包络 Rg envelope_rg26.32
形状 Rg shape_rg26.73
总 Rg total_rg27.32
总原子数 total_atoms3669
残基数 n_residues472
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.6
Rg (实空间) rg_real27.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54
I(0) (实空间) i0_real4.7910e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.7760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.54
I(0) (倒空间) i0_reciprocal47910000.0000
解质量估计 total_estimate0.9080
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.7
偏度 Skewness skewness0.264
峰度 Kurtosis kurtosis-0.659
角度范围 angular_range— – 0.2900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10130000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.972; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.911

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6y6bA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain
结构域编号 domain_id6y6bB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology190 — Delta-Endotoxin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — 14-3-3 domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)