6y7b

X-ray structure of the Haloalkane dehalogenase HaloTag7 labeled with a chloroalkane-carbopyronine fluorophore substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Haloalkane dehalogenase

Rhodococcus sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;4-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]-2-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)-10,10-dimethyl-anthracen-9-yl]benzoic acid ; × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;4-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]-2-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)-10,10-dimethyl-anthracen-9-yl]benzoic acid ; × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	;4-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]-2-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)-10,10-dimethyl-anthracen-9-yl]benzoic acid ; × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	;4-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]-2-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)-10,10-dimethyl-anthracen-9-yl]benzoic acid ; × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	;4-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]-2-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)-10,10-dimethyl-anthracen-9-yl]benzoic acid ; × 1 CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DHAA_RHOSO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–291； UniProt 4–293 作者链 B； PDB构建体 2–291； UniProt 4–293 作者链 C； PDB构建体 2–291； UniProt 4–293 作者链 D； PDB构建体 2–291； UniProt 4–293 作者链 E； PDB构建体 2–291； UniProt 4–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6y7b
沉积日期 deposition_date	2020-02-28
结构标题 title	X-ray structure of the Haloalkane dehalogenase HaloTag7 labeled with a chloroalkane-carbopyronine fluorophore substrate
关键词 keywords	HALOALKANE DEHALOGENASE, HALO, TAG, HALOTAG7, SELF-LABELING PROTEIN, FLUOROPHORE, CARBOPYRONINE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6y7b__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6y7b__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6y7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.06 Å
Rg（电子密度）	17.64 Å
总 Rg	18.67 Å
原子数	2397
残基数	293
排除体积	42904 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6y7b__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6y7b__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6y7b__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6y7b__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`6y7b__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Haloalkane dehalogenase
分子量 formula_weight	33226.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.8.1.5
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	11985

GIGTGFPFDPHYVEVLGERMHYVDVGPRDGTPVLFLHGNPTSSYVWRNIIPHVAPTHRCIAPDLIGMGKSDKPDLGYFFDDHVRFMDAFIEALGLEEVVLVIHDWGSALGFHWAKRNPERVKGIAFMEFIRPIPTWDEWPEFARETFQAFRTTDVGRKLIIDQNVFIEGTLPMGVVRPLTEVEMDHYREPFLNPVDREPLWRFPNELPIAGEPANIVALVEEYMDWLHQSPVPKLLFWGTPGVLIPPAEAARLAKSLPNCKAVDIGPGLNLLQEDNPDLIGSEIARWLSTLEI

来源 Source

来源生物 organism	Rhodococcus sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1831
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;4-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]-2-[3-(dimethylamino)-6-(dimethyl-$l^{4}-azanylidene)-10,10-dimethyl-anthracen-9-yl]benzoic acid ;
分子量 formula_weight	663.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

结构域编号 domain_id	d6y7ba1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

结构域编号 domain_id	d6y7ba2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7ba3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7bb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

结构域编号 domain_id	d6y7bb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7bb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7bc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

结构域编号 domain_id	d6y7bc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7bc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7bd1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

结构域编号 domain_id	d6y7bd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7bd3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7be1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.8 — Haloalkane dehalogenase

结构域编号 domain_id	d6y7be2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6y7be3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	6y7bA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6y7bB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6y7bC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6y7bD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	6y7bE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	161.270 Å
晶胞边长 b length_b	161.270 Å
晶胞边长 c length_c	124.660 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	30

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	trigonal

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.310 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2074
R_free r_free	0.2594

X-ray structure of the Haloalkane dehalogenase HaloTag7 labeled with a chloroalkane-carbopyronine fluorophore substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Haloalkane dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6y7b__assembly_1__model_1

6y7b__assembly_1__model_1 | I(q)

6y7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)

X-ray structure of the Haloalkane dehalogenase HaloTag7 labeled with a chloroalkane-carbopyronine fluorophore substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Haloalkane dehalogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6y7b__assembly_1__model_1

6y7b__assembly_1__model_1 | I(q)

6y7b__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (15 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (2)