SAXSdb — 6yld

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 1

Trichoplax sp. H2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Bcl-2 homologous antagonist/killer × 1 （A0A369S334） 1,2-ETHANEDIOL × 1 D(-)-TARTARIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Bcl-2 homologous antagonist/killer × 1 （A0A369S334） 1,2-ETHANEDIOL × 2 D(-)-TARTARIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A369S2N9_9METZ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–154； UniProt 34–182 作者链 C； PDB构建体 6–154； UniProt 34–182

Bcl-2 homologous antagonist/killer

物种未注明

UniProt A0A369S334

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Bcl-2-like protein 1 × 1 （A0A369S2N9） 1,2-ETHANEDIOL × 1 D(-)-TARTARIC ACID × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Bcl-2-like protein 1 × 1 （A0A369S2N9） 1,2-ETHANEDIOL × 2 D(-)-TARTARIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A369S334_9METZ
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–26； UniProt 102–127 作者链 D； PDB构建体 1–26； UniProt 102–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6yld
沉积日期 deposition_date	2020-04-07
结构标题 title	Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3
关键词 keywords	Bcl-2, Bak, trichoplax adhaerens, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6yld__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6yld__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6yld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	16.77 Å
Rg（电子密度）	15.21 Å
总 Rg	16.42 Å
原子数	2847
残基数	174
排除体积	25642 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6yld__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6yld__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bcl-2-like protein 1
分子量 formula_weight	17845.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	6068

GPLGSQFLVYKNIIKDYIQSRLFNEGLLDGPYRCDIKDVKTKKVSERLKEVGNELEGKFKDSFSNMCERLTITDTTAYPTFVGVVNELFSTGINWGRIVAFIVFSSRLAIHFKRNGMPEYVKSVYGWVARYMHTKLSTWIEANRSWDGFLDHFD

来源 Source

来源生物 organism	Trichoplax sp. H2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	287889
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bcl-2 homologous antagonist/killer
分子量 formula_weight	2879.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

PSSPTSEIGRHLAQLGDSYSVRFQNE

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	D(-)-TARTARIC ACID
分子量 formula_weight	150.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	324

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晶胞边长 a length_a	34.297 Å
晶胞边长 b length_b	40.859 Å
晶胞边长 c length_c	56.721 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	97.30 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	101.09 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	1.400 Å
最低分辨率 resolution_low	30.640 Å
R 因子 r_factor	0.1871
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2125

Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bcl-2 homologous antagonist/killer

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6yld__assembly_1__model_1

6yld__assembly_1__model_1 | I(q)

6yld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Trichoplax adhaerens trBcl-2L2 bound to trBak BH3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bcl-2-like protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bcl-2 homologous antagonist/killer

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6yld__assembly_1__model_1

6yld__assembly_1__model_1 | I(q)

6yld__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)