SAXSdb — 6yx5

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-8A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–176	未记录	Multifunctional virulence effector protein DrrA × 1 （Q29ST3） MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 3 LJN [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine, pH 9, 2.4M ammonium sulphate	分辨率 2.14 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A1U7REJ8_MESAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–174； UniProt 6–176

Multifunctional virulence effector protein DrrA

Legionella pneumophila

UniProt Q29ST3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 16–352	未记录	Ras-related protein Rab-8A × 1 （A0A1U7REJ8） MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 3 LJN [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate × 1 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M bicine, pH 9, 2.4M ammonium sulphate	分辨率 2.14 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6YX5	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WWX Crystal structure of the SidM/DrrA(GEF/GDF domain)-Rab1(GTPase domain) complex 提交 2009-10-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 317–533（217 aa）片段：RESIDUES 317-533	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.50 Å R-free 0.231
3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 193–550（358 aa）片段：GEF/GDF domain, residues 193-550	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.266
3L0I Complex structure of SidM/DrrA with the wild type Rab1 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 193–550（358 aa）片段：GEF/GDF domain, residues 193-550	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；1.1M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate, 0.4M Li2SO4, 0.1M di-ammonium tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.85 Å R-free 0.266
3L0M Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 317–647（331 aa）片段：Rab1-activation domain, P4M domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.241
3L0M Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella 提交 2009-12-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 317–647（331 aa）片段：Rab1-activation domain, P4M domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 3.45 Å R-free 0.241
3NKU Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 9–218（210 aa）片段：N-terminal domain (residues 9-218)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
3NKU Crystal structure of the N-terminal domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila 提交 2010-06-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 9–218（210 aa）片段：N-terminal domain (residues 9-218)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 298 K；35 - 40% (v/v) PEG600, 0.1 M phosphate/citrate, 3% (w/v) glucose monohydrate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.10 Å R-free 0.228
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 340–533（194 aa）	突变：D512C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 340–533（194 aa）	突变：D512C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 340–533（194 aa）	突变：D512C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 340–533（194 aa）	突变：D512C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 340–533（194 aa）	突变：D512C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
5O74 Crystal structure of human Rab1b covalently bound to the GEF domain of DrrA/SidM from Legionella pneumophila in the presence of GDP 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 340–533（194 aa）	突变：D512C	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；19% PEG 600, 100mM NaCitrate pH 5.5, protein concentration 22mg/ml	分辨率 2.50 Å R-free 0.266

共 5 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRRA_LEGPN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–340； UniProt 16–352

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6yx5
沉积日期 deposition_date	2020-04-30
结构标题 title	Structure of DrrA from Legionella pneumophilia in complex with human Rab8a
关键词 keywords	vesicular trafficking virulence factor, CELL INVASION; CELL INVASION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.17 Å
零角强度 I(0) i0	63097600.00
分子量 molecular_weight	60489.0 kDa
排除体积 excluded_volume	75139 Å³
包络体积 envelope_volume	90506 Å³
水化壳体积 shell_volume	30668 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.88 Å
包络 Rg envelope_rg	24.59 Å
形状 Rg shape_rg	24.15 Å
总 Rg total_rg	25.04 Å
总原子数 total_atoms	4231
残基数 n_residues	512
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.9 Å
Rg (实空间) rg_real	24.99 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.02 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	63100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8951
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.425
角度范围 angular_range	— – 0.3150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11920000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.886; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.975

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ras-related protein Rab-8A
分子量 formula_weight	20042.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4353

SHMDYLFKLLLIGDSGVGKTCVLFRFSEDAFNSTFISTIGIDFKIRTIELDGKRIKLQIWDTAGQERFRTITTAYYRGAMGIMLVYDITNEKSFDNIRNWIRNIEEHASADVEKMILGNKCDVNDKRQVSKERGEKLALDYGIKFMETSAKANINVENAFFTLARDIKAKMDKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Multifunctional virulence effector protein DrrA
分子量 formula_weight	38837.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHMFGSLYSDERDKPLLSPTAQKKFEEYQNKLANLSKIIRENEGNEVSPWQEWENGLRQIYKEMIYDAFDALGVEMPKDMEVHFAGSLAKAQATEYSDLDAFVIVKNDEDIKKVKPVFDALNNLCQRIFTASNQIYPDPIGINPSRLIGTPDDLFGMLKDGMVADVEATAMSILTSKPVLPRYECGEELRDKIKQEPSFSNMVSAKKFYNKAIKDFTAPKEGAEVVSVKTHIMRPIDFMLMGLREEFNLYSEDGAHLSAPGTIRLLREKNLLPEEQIARIESVYNQAMSKRFELHAEHKKEHDEMPYSDAKAMLDEVAKIRELGVQRVTRIENLENAKKL

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[4-(acetamidomethyl)-1,2,3-triazol-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate
分子量 formula_weight	352.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	113

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6yx5a1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d6yx5a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6yx5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	357 — Tetracycline Repressor; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	6yx5B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1520 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	142.309 Å
晶胞边长 b length_b	142.309 Å
晶胞边长 c length_c	76.616 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 3 2 1
空间群编号 int_tables_number	150
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.140 Å
最低分辨率 resolution_low	48.060 Å
R 因子 r_factor	0.2084
R_work r_work	0.2068
R_free r_free	0.2385

fit	/app/data/saxs_computation/yx/6yx5/6yx5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yx/6yx5/6yx5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yx/6yx5/6yx5.dat

Structure of DrrA from Legionella pneumophilia in complex with human Rab8a

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ras-related protein Rab-8A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multifunctional virulence effector protein DrrA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)