SAXSdb — 6yyj

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha chain

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-phycocyanin beta chain × 3 （P50033） ;3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(~{Z})-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid ; × 9 TRIETHYLENE GLYCOL × 5 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCA_THEEB
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 C； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162 作者链 E； PDB构建体 1–162； UniProt 1–162

C-phycocyanin beta chain

物种未注明

UniProt P50033

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	C-phycocyanin alpha chain × 3 （P50032） ;3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(~{Z})-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid ; × 9 TRIETHYLENE GLYCOL × 5 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHCB_THEEB
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 D； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172 作者链 F； PDB构建体 1–172； UniProt 1–172

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6yyj
沉积日期 deposition_date	2020-05-05
结构标题 title	Crystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spacegroup P21212 at 2.1 Angstroms
关键词 keywords	Phytocyanin, Antenna Protein, Photosynthesis, Chromophore, Light-harvesting; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6yyj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6yyj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6yyj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.54 Å
Rg（电子密度）	34.06 Å
总 Rg	34.43 Å
原子数	15653
残基数	999
排除体积	142130 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6yyj__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	C-phycocyanin alpha chain
分子量 formula_weight	17456.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E
原子数 atom_count	15873

MKTPITEAIAAADTQGRFLSNTELQAVDGRFKRAVASMEAARALTNNAQSLIDGAAQAVYQKFPYTTTMQGSQYASTPEGKAKCARDIGYYLRMVTYCLVAGGTGPMDEYLIAGLSEINSTFDLSPSWYIEALKYIKANHGLTGQAAVEANAYIDYAINALS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	C-phycocyanin beta chain
分子量 formula_weight	18216.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F

MLDAFAKVVAQADARGEFLTNAQFDALSNLVKEGNKRLDAVNRITSNASTIVANAARALFAEQPQLIQPGGNAYTNRRMAACLRDMEIILRYVTYAILAGDSSVLDDRCLNGLRETYQALGTPGSSVAVAIQKMKDAAIAIANDPNGITPGDCSALMSEIAGYFDRAAAAVA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;3-[5-[[(3~{R},4~{R})-3-ethyl-4-methyl-5-oxidanylidene-3,4-dihydropyrrol-2-yl]methyl]-2-[[5-[(~{Z})-(4-ethyl-3-methyl-5-oxidanylidene-pyrrol-2-ylidene)methyl]-3-(3-hydroxy-3-oxopropyl)-4-methyl-1~{H}-pyrrol-2-yl]methyl]-4-methyl-1~{H}-pyrrol-3-yl]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	590.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	164

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d6yyja_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d6yyjb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d6yyjc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d6yyjd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d6yyje_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

结构域编号 domain_id	d6yyjf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.1 — Globin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.1.1 — Globin-like
家族 Family family	a.1.1.3 — Phycocyanin-like phycobilisome proteins

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晶胞边长 a length_a	118.363 Å
晶胞边长 b length_b	98.231 Å
晶胞边长 c length_c	104.600 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.160 Å
最低分辨率 resolution_low	47.840 Å
R 因子 r_factor	0.2060
R_work r_work	0.2042
R_free r_free	0.2582

Crystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spacegroup P21212 at 2.1 Angstroms

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

C-phycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6yyj__assembly_1__model_1

6yyj__assembly_1__model_1 | I(q)

6yyj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of native Phycocyanin from T. elongatus in spacegroup P21212 at 2.1 Angstroms

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-phycocyanin alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

C-phycocyanin beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6yyj__assembly_1__model_1

6yyj__assembly_1__model_1 | I(q)

6yyj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

7. 引用文献 (1)