SAXSdb — 6z3p

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	VP2 × 60 （D4QGA2） VP3 × 60 （D4QGA3） VP4 × 60 （Q6YLE3） heavy chain × 60 light chain × 60 SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP2 × 1 （D4QGA2） VP3 × 1 （D4QGA3） VP4 × 1 （Q6YLE3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP2 × 5 （D4QGA2） VP3 × 5 （D4QGA3） VP4 × 5 （Q6YLE3） heavy chain × 5 light chain × 5 SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	VP2 × 6 （D4QGA2） VP3 × 6 （D4QGA3） VP4 × 6 （Q6YLE3） heavy chain × 6 light chain × 6 SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP2 × 1 （D4QGA2） VP3 × 1 （D4QGA3） VP4 × 1 （Q6YLE3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2L1GIK5_HE71
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 566–862

VP2

物种未注明

UniProt D4QGA2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	VP1 × 60 （A0A2L1GIK5） VP3 × 60 （D4QGA3） VP4 × 60 （Q6YLE3） heavy chain × 60 light chain × 60 SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP1 × 1 （A0A2L1GIK5） VP3 × 1 （D4QGA3） VP4 × 1 （Q6YLE3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP1 × 5 （A0A2L1GIK5） VP3 × 5 （D4QGA3） VP4 × 5 （Q6YLE3） heavy chain × 5 light chain × 5 SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	VP1 × 6 （A0A2L1GIK5） VP3 × 6 （D4QGA3） VP4 × 6 （Q6YLE3） heavy chain × 6 light chain × 6 SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP1 × 1 （A0A2L1GIK5） VP3 × 1 （D4QGA3） VP4 × 1 （Q6YLE3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D4QGA2_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–254； UniProt 70–323

VP3

物种未注明

UniProt D4QGA3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	VP1 × 60 （A0A2L1GIK5） VP2 × 60 （D4QGA2） VP4 × 60 （Q6YLE3） heavy chain × 60 light chain × 60 SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP1 × 1 （A0A2L1GIK5） VP2 × 1 （D4QGA2） VP4 × 1 （Q6YLE3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP1 × 5 （A0A2L1GIK5） VP2 × 5 （D4QGA2） VP4 × 5 （Q6YLE3） heavy chain × 5 light chain × 5 SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	VP1 × 6 （A0A2L1GIK5） VP2 × 6 （D4QGA2） VP4 × 6 （Q6YLE3） heavy chain × 6 light chain × 6 SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP1 × 1 （A0A2L1GIK5） VP2 × 1 （D4QGA2） VP4 × 1 （Q6YLE3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	D4QGA3_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–242； UniProt 324–565

VP4

物种未注明

UniProt Q6YLE3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 360	VP1 × 60 （A0A2L1GIK5） VP2 × 60 （D4QGA2） VP3 × 60 （D4QGA3） heavy chain × 60 light chain × 60 SPHINGOSINE × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP1 × 1 （A0A2L1GIK5） VP2 × 1 （D4QGA2） VP3 × 1 （D4QGA3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	VP1 × 5 （A0A2L1GIK5） VP2 × 5 （D4QGA2） VP3 × 5 （D4QGA3） heavy chain × 5 light chain × 5 SPHINGOSINE × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 36	VP1 × 6 （A0A2L1GIK5） VP2 × 6 （D4QGA2） VP3 × 6 （D4QGA3） heavy chain × 6 light chain × 6 SPHINGOSINE × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	VP1 × 1 （A0A2L1GIK5） VP2 × 1 （D4QGA2） VP3 × 1 （D4QGA3） heavy chain × 1 light chain × 1 SPHINGOSINE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6YLE3_9ENTO
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–58； UniProt 12–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z3p
沉积日期 deposition_date	2020-05-21
结构标题 title	Structure of EV71 in complex with a protective antibody 38-3-11A Fab
关键词 keywords	EV71, antibody 38-3-11A, antibody 38-1-10A, EV71-Fab complex, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z3p__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z3p__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z3p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	138.40 Å
总 Rg	138.50 Å
原子数	981360
残基数	64200
排除体积	8835200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z3p__assembly_1__model_1`	360-meric （360）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6z3p__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`6z3p__assembly_3__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`6z3p__assembly_4__model_1`	36-meric （36）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`6z3p__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VP1
分子量 formula_weight	32781.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.29,3.6.1.15,3.4.22.28,2.7.7.48
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	16356

GDRVADMIESSIGNSVSRALTQALPAPTGQNTQVSSHRLDTGEVPALQAAEIGASSNTSDESMIETRCVLNSHSTAETTLDSFFSRAGLVGEIDLPLEGTTNPNGYANWDIDITGYAQMRRKVELFTYMRFDAEFTFVACTPTGQVVPQLLQYMFVPPGAPKPESRESLAWQTATNPSVFVKLTDPPAQVSVPFMSPASAYQWFYDGYPTFGEHKQEKDLEYGACPNNMMGTFSVRTVGSSKSKYALVVRIYMRMKHVRAWIPRPMRNQNYLFKANPNYAGDSIKPTGTSRNAITTL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VP2
分子量 formula_weight	27784.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SPSAEACGYSDRVAQLTIGNSTITTQEAANIIVGYGEWPSYCSDDDATAVDKPTRPDVSVNRFYTLDTKLWEKSSKGWYWKFPDVLTETGVFGQNAQFHYLYRSGFCIHVQCNASKFHQGALLVAILPEYVIGTVAGGTGTEDSHPPYIQTQPGADGFELQHPYVLDAGIPISQLTVCPHQWINLRTNNCATIIVPYMNTLPFDSALNHCNFGLLVVPISPLDFDQGATPVIPITITLAPMCSEFAGLRQAVTQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VP3
分子量 formula_weight	26540.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GFPTELKPGTNQFLTTDDGVSAPILPNFHPTPCIHIPGEVRNLLELCQVETILEVNNVPTNATSLMERLRFPVSAQAGKGELCAVFRADPGRDGPWQSTMLGQLCGYYTQWSGSLEVTFMFTGSFMATGKMLIAYTPPGGPLPKDRATAMLGTHVIWDFGLQSSVTLVIPWISNTHYRAHARDGVFDYYTTGLVSIWYQTNYVVPIGAPNTAYIIALAAAQKNFTMKLCKDTSHILQTASIQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	VP4
分子量 formula_weight	6380.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

SHENSNSATEGSTINYTTINYYKDSYAATAGKQSLKQDPDKFANPVKDIFTEMAAPLK

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	heavy chain
分子量 formula_weight	26175.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLVQSGAEVKKPGESLKISCKGSGYSFTSYWIGWVRQMPGKGLEWMGIIYPGDSDTRYSPSFQGQVTISADKSISTAYLQWSSLKASDTAMYYCARLHSSSWFYGMDVWGQGTTVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	light chain
分子量 formula_weight	25288.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MGWSCIILFLVATATGVHSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPRTFGPGTKVDIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SPHINGOSINE
分子量 formula_weight	299.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d6z3pa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6z3pb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6z3pc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d6z3ph_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6z3pl_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	14430

Structure of EV71 in complex with a protective antibody 38-3-11A Fab

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VP4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z3p__assembly_1__model_1

6z3p__assembly_1__model_1 | I(q)

6z3p__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

7. 引用文献 (1)