SAXSdb — 6z45

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cyclin-T1 × 1 （O60563） ;(1~{S},3~{R})-3-acetamido-~{N}-[5-chloranyl-4-(5,5-dimethyl-4,6-dihydropyrrolo[1,2-b]pyrazol-3-yl)pyridin-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide ; × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PHOSPHATE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–330； UniProt 1–330

Cyclin-T1

Homo sapiens

UniProt O60563

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） ;(1~{S},3~{R})-3-acetamido-~{N}-[5-chloranyl-4-(5,5-dimethyl-4,6-dihydropyrrolo[1,2-b]pyrazol-3-yl)pyridin-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide ; × 1 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PHOSPHATE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–258； UniProt 2–259

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z45
沉积日期 deposition_date	2020-05-22
结构标题 title	CDK9-Cyclin-T1 complex bound by compound 24
关键词 keywords	Inhibitor, complex, kinase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z45__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z45__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.08 Å
Rg（电子密度）	28.13 Å
总 Rg	28.85 Å
原子数	4646
残基数	565
排除体积	83215 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z45__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 9
分子量 formula_weight	38043.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22,2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4646

MAKQYDDNECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQRVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPYNRCKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLFYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSNPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLAAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSEDALEHDFFWSDPMPSDLKGMLST

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-T1
分子量 formula_weight	29907.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRAFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTINTAIVYMHRFYMIQSFTRFPGNSVAPAALFLAAKVEGQPKKLEHVIRVAHTCLHPQESLPDTRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATNSLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHELLQILEKTPNRLKRIWNWR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;(1~{S},3~{R})-3-acetamido-~{N}-[5-chloranyl-4-(5,5-dimethyl-4,6-dihydropyrrolo[1,2-b]pyrazol-3-yl)pyridin-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide ;
分子量 formula_weight	429.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	171.760 Å
晶胞边长 b length_b	171.760 Å
晶胞边长 c length_c	97.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.370 Å
最低分辨率 resolution_low	85.880 Å
R 因子 r_factor	0.1741
R_work r_work	0.1735
R_free r_free	0.1882

CDK9-Cyclin-T1 complex bound by compound 24

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Cyclin-T1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z45__assembly_1__model_1

6z45__assembly_1__model_1 | I(q)

6z45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

CDK9-Cyclin-T1 complex bound by compound 24

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-T1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z45__assembly_1__model_1

6z45__assembly_1__model_1 | I(q)

6z45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)