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6z5l

Helical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nucleic acid.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 75.0 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix protein 1

Influenza A virus (strain A/Puerto Rico/8/1934 H1N1)

UniProt P03485

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 80 PDB 声明：80-meric（80） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–252 突变：R134K 无其他共同聚合物 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 10 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；sample was applied 3 times each with 30s adsorption time 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6Z5L Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AA7 INFLUENZA VIRUS MATRIX PROTEIN CRYSTAL STRUCTURE AT PH 4.0 提交 1997-01-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–158（158 aa）
链 B 1–158（158 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4；20% PEG 3350, 50MM NAH2PO4, PH 4.0
分辨率 2.08 Å R-free 0.280
1EA3 Influenza virus M1 protein 提交 2000-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–164（164 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-164
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH7.5, 5% V/V ISOPROPANOL,6-10% PEG4000, pH 7.00
分辨率 2.30 Å R-free 0.313
1EA3 Influenza virus M1 protein 提交 2000-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–164（164 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-164
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；0.1M HEPES PH7.5, 5% V/V ISOPROPANOL,6-10% PEG4000, pH 7.00
分辨率 2.30 Å R-free 0.313
1HHI THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2 提交 1993-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 58–66（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
1HHI THE ANTIGENIC IDENTITY OF PEPTIDE(SLASH)MHC COMPLEXES: A COMPARISON OF THE CONFORMATION OF FIVE PEPTIDES PRESENTED BY HLA-A2 提交 1993-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 58–66（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.50 Å
3VDX Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains 提交 2012-01-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–164（162 aa）
链 B 3–164（162 aa）
链 C 3–164（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.281
4D9J Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains 提交 2012-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–164（162 aa）
链 B 3–164（162 aa）
链 C 3–164（162 aa）
链 D 3–164（162 aa）
链 E 3–164（162 aa）
链 F 3–164（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.92 Å R-free 0.294
4D9J Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains 提交 2012-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 G 3–164（162 aa）
链 H 3–164（162 aa）
链 I 3–164（162 aa）
链 J 3–164（162 aa）
链 K 3–164（162 aa）
链 L 3–164（162 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.3；298 K；1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS, pH 10.3, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.92 Å R-free 0.294
4IQ4 Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, P21212 form 提交 2013-01-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–165（163 aa）
链 B 3–165（163 aa）
链 C 3–165（163 aa）
链 D 3–165（163 aa）
链 E 3–165（163 aa）
链 F 3–165（163 aa）
突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3,000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.50 Å R-free 0.231
4ITV Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, P212121 form 提交 2013-01-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–164（162 aa）
链 B 3–164（162 aa）
链 C 3–164（162 aa）
链 D 3–164（162 aa）
链 E 3–164（162 aa）
链 F 3–164（162 aa）
链 G 3–164（162 aa）
链 H 3–164（162 aa）
链 I 3–164（162 aa）
链 J 3–164（162 aa）
链 K 3–164（162 aa）
链 L 3–164（162 aa）
突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 3.60 Å R-free 0.240
4IVJ Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, triple mutant, I222 form 提交 2013-01-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–165（163 aa）
链 B 3–165（163 aa）
链 C 3–165（163 aa）
突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 突变：K118A, L279Q, Q24T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1M Na Citrate pH 4.4, 10% PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K
分辨率 7.35 Å R-free 0.288
4QES Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, I222 form 提交 2014-05-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.4；298 K；0.1 M sodium citrate, pH 4.4, 11% PEG3000, 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 4.19 Å R-free 0.295
4QF0 Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P21212 form 提交 2014-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 F 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.1 M Tris, pH 7.0, 10% PEG8000, 0.2 M magnesium chloride, 3% trehalose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 6.49 Å R-free 0.324
4QFF Structure of a 16 nm protein cage designed by fusing symmetric oligomeric domains, quadruple mutant, P212121 form 提交 2014-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 B 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 C 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 D 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 E 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 F 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 G 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 H 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 I 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 J 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 K 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
链 L 3–164（162 aa） 片段：SEE REMARK 999
突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 突变：K118A, L279Q, Q24T, Y51A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；0.1 M sodium/potassium phosphate, pH 5.8, 10% PEG8000, 0.2 M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 7.81 Å R-free 0.339
5CQE 2.1 Angstrom resolution crystal structure of matrix protein 1 (M1; residues 1-164) from Influenza A virus (A/Puerto Rico/8/34(H1N1)) 提交 2015-07-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
链 B 1–164（164 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；295 K；Protein: 12.8 mg/mL 10 mM Tris-HCl pH 8.3 500 mM NaCl 0.5 mM TCEP Crsytallization: The JCSG+ Suite (B9: 100 mM Citric acid pH 4.0 20% (w/v) PEG 6000; final pH 5.0 Cryocondition: Crystallization condition + sucrose (50%)
分辨率 2.10 Å R-free 0.197
5EUO PF6-M1-HLA-A2 提交 2015-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 J 58–66（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG3350, Imidazole
分辨率 2.10 Å R-free 0.281
5EUO PF6-M1-HLA-A2 提交 2015-11-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 I 58–66（9 aa）
未记录 IMD IMIDAZOLE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；PEG3350, Imidazole
分辨率 2.10 Å R-free 0.281

共 13 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 M1_I34A1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–252； UniProt 1–252

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6z5l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6z5l
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6z5l
沉积日期 deposition_date2020-05-26
结构标题 titleHelical reconstruction of influenza A virus M1 in complex with nucleic acid.
关键词 keywordsM1, Matrix protein, Influenza virus, Assembly, ribonucleoprotein complex, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.53 Å
零角强度 I(0) i014102900.00
分子量 molecular_weight27724.0 kDa
排除体积 excluded_volume34577 ų
包络体积 envelope_volume45017 ų
水化壳体积 shell_volume17670 ų
包络直径 envelope_diameter78.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.78 Å
包络 Rg envelope_rg22.37 Å
形状 Rg shape_rg22.51 Å
总 Rg total_rg23.30 Å
总原子数 total_atoms1936
残基数 n_residues251
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.0 Å
Rg (实空间) rg_real23.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4100e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal14100000.0000
解质量估计 total_estimate0.9023
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.2 Å
偏度 Skewness skewness0.272
峰度 Kurtosis kurtosis-0.672
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1412000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.933; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.998
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)