6z81

TsaBD bound to the inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB × 1 （P76256） NICKEL (II) ION × 2 ZINC ION × 1 ;(2~{S},3~{R})-2-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]ethanoylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid ; × 1 SULFATE ION × 2 SODIUM ION × 2 ACETATE ION × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB × 1 （P76256） NICKEL (II) ION × 2 ZINC ION × 1 ;(2~{S},3~{R})-2-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]ethanoylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid ; × 1 SULFATE ION × 2 SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSAD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337 作者链 B； PDB构建体 1–337； UniProt 1–337

tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB

Escherichia coli

UniProt P76256

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase × 1 （P05852） NICKEL (II) ION × 2 ZINC ION × 1 ;(2~{S},3~{R})-2-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]ethanoylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid ; × 1 SULFATE ION × 2 SODIUM ION × 2 ACETATE ION × 6 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase × 1 （P05852） NICKEL (II) ION × 2 ZINC ION × 1 ;(2~{S},3~{R})-2-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]ethanoylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid ; × 1 SULFATE ION × 2 SODIUM ION × 1 ACETATE ION × 3 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TSAB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231 作者链 D； PDB构建体 1–231； UniProt 1–231

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z81
沉积日期 deposition_date	2020-06-02
结构标题 title	TsaBD bound to the inhibitor
关键词 keywords	tRNA TsaB TsaD, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z81__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z81__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z81__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.99 Å
Rg（电子密度）	27.20 Å
总 Rg	27.85 Å
原子数	4374
残基数	569
排除体积	77729 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z81__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6z81__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
分子量 formula_weight	36879.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.234
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8886

MRVLGIETSCDETGIAIYDDEKGLLANQLYSQVKLHADYGGVVPELASRDHVRKTVPLIQAALKESGLTAKDIDAVAYTAGPGLVGALLVGATVGRSLAFAWDVPAIPVHHMEGHLLAPMLEDNPPEFPFVALLVSGGHTQLISVTGIGQYELLGESIDDAAGEAFDKTAKLLGLDYPGGPLLSKMAAQGTAGRFVFPRPMTDRPGLDFSFSGLKTFAANTIRDNGTDDQTRADIARAFEDAVVDTLMIKCKRALDQTGFKRLVMAGGVSANRTLRAKLAEMMKKRRGEVFYARPEFCTDNGAMIAYAGMVRFKAGATADLGVSVRPRWPLAELPAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB
分子量 formula_weight	26033.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MRILAIDTATEACSVALWNDGTVNAHFELCPREHTQRILPMVQDILTTSGTSLTDINALAYGRGPGSFTGVRIGIGIAQGLALGAELPMIGVSTLMTMAQGAWRKNGATRVLAAIDARMGEVYWAEYQRDENGIWHGEETEAVLKPEIVHERMQQLSGEWVTVGTGWQAWPDLGKESGLVLRDGEVLLPAAEDMLPIACQMFAEGKTVAVEHAEPVYLRNNVAWKKLPGKEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2~{S},3~{R})-2-[2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]ethanoylamino]-3-oxidanyl-butanoic acid ;
分子量 formula_weight	490.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	99

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6z81c1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6z81c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6z81d1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6z81d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamily	c.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family family	c.55.1.0 — automated matches

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晶胞边长 a length_a	63.230 Å
晶胞边长 b length_b	69.250 Å
晶胞边长 c length_c	86.540 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	109.38 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	116.94 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.310 Å
最低分辨率 resolution_low	42.470 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1820
R_free r_free	0.2330

TsaBD bound to the inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z81__assembly_2__model_1

6z81__assembly_2__model_1 | I(q)

6z81__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

TsaBD bound to the inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

tRNA threonylcarbamoyladenosine biosynthesis protein TsaB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z81__assembly_2__model_1

6z81__assembly_2__model_1 | I(q)

6z81__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)