6z9g

Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit

Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing × 1 （Q72AS3） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing × 1 （Q72AS3） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing × 1 （Q72AS3） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing × 1 （Q72AS3） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72AS4_DESVH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–283； UniProt 35–317 作者链 C； PDB构建体 1–283； UniProt 35–317 作者链 E； PDB构建体 1–283； UniProt 35–317 作者链 G； PDB构建体 1–283； UniProt 35–317

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing

Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303)

UniProt Q72AS3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit × 1 （Q72AS4） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit × 1 （Q72AS4） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit × 1 （Q72AS4） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit × 1 （Q72AS4） IRON/SULFUR CLUSTER × 3 oxygen-damaged SF4 × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 FE (II) ION × 1 HYDROSULFURIC ACID × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72AS3_DESVH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–484； UniProt 12–495 作者链 D； PDB构建体 1–484； UniProt 12–495 作者链 F； PDB构建体 1–484； UniProt 12–495 作者链 H； PDB构建体 1–484； UniProt 12–495

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6z9g
沉积日期 deposition_date	2020-06-03
结构标题 title	Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2
关键词 keywords	Hydrogenase, Selenium, gas channels, high-pressure derivatization, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6z9g__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6z9g__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6z9g__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.10 Å
Rg（电子密度）	24.23 Å
总 Rg	25.02 Å
原子数	11618
残基数	758
排除体积	104790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6z9g__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6z9g__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`6z9g__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`6z9g__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit
分子量 formula_weight	30261.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.7.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	47993

GTLTGERPPVFWLQGQGCTGCSVTLLNSVHPSIADVLLKVISLEFHPTVMAWEGEHAIEHMRKVAEKFKGKFFLVIEGSVPVEADGKYCIIGEANHHEISMVDALKEFGPNAAAVLAVGTCAAYGGIPAAEGSETGATAVSKFLGDNGIKTPVVNIPGCPPHPDWIVGTVVLALDAIKKNGLEGGLAEVVKVLDSDGRPTPFFGRNIHENCPYLDKYDEGVMSATFTDKVGCRYDLGCKGPMTMADCFERKWNGGVNWCVQNAVCIGCVEPDFPDGKSPFYQA

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing
分子量 formula_weight	53365.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.7.2
突变 mutation	G491A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

GATGRTTIAIDPVTRIEGHLKAEVVVENGKVVDARLSGGMYRGFETILRGRDPRDASQIVQRICGVCPTAHSTASVLALDEAFGAKVPNNGRITRNLIFGANYLQSHILHFYHLSAQDFVQGPDTAPFVPRFPKSDLRLSKELNKAGVDQYIEALEVRRICHEMVALFGGRMPHVQGQVVGGATEIPTKEKLVEYAARFKKVRDFVEQKYVPVVYTIGSKYKDMFKVGQGFKAALCVGAFPLDNSGKKHLFMPGVYAKGKDMPFDPSKIKEYVKYSWFAEETTGLNYKEGKTIPAPDKAGAYSFVKAPRYDGLSLEVGPLARMWVNNPELSPVGKKLLKDLFGISAKKFRDLGEEAAFSLMGRHVARAEETYYMLGAIEGWLKEIKAGEDTVVMPAVPASAEGTGFTEAPRGSLLHYVKVKDSKIDNYQIVSASLWNCNPRDDMGQRGAVEEALIGIPVDDIQNPVNVARLIRAFDPULACAVH

来源 Source

来源生物 organism	Desulfovibrio vulgaris (strain Hildenborough / ATCC 29579 / DSM 644 / NCIMB 8303)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	882
宿主生物 host_organism	Desulfovibrio vulgaris str. Hildenborough

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	oxygen-damaged SF4
分子量 formula_weight	383.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	HYDROSULFURIC ACID
分子量 formula_weight	34.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	946

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d6z9ga_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d6z9gb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d6z9gc_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d6z9gd_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d6z9ge_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d6z9gf_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d6z9gg_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d6z9gh_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6z9gD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	6z9gF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	6z9gH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

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晶胞边长 a length_a	120.306 Å
晶胞边长 b length_b	93.815 Å
晶胞边长 c length_c	126.951 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	61.200 Å
R 因子 r_factor	0.1944
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2397

Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z9g__assembly_2__model_1

6z9g__assembly_2__model_1 | I(q)

6z9g__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of [NiFeSe] hydrogenase G491A variant from Desulfovibrio vulgaris Hildenborough pressurized with Oxygen gas - structure G491A-O2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, small subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Periplasmic [NiFeSe] hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6z9g__assembly_2__model_1

6z9g__assembly_2__model_1 | I(q)

6z9g__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)