6zbu

Crystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with the NcoR1 BBD1 corepressor peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 136.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein

Homo sapiens

UniProt O75376

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1733–1741 链 B; UniProt 1733–1741 链 C; UniProt 1340–1356 链 D; UniProt 1340–1356 链 E; UniProt 1733–1741 链 F; UniProt 1733–1741 链 G; UniProt 1340–1356 链 H; UniProt 1340–1356 链 I; UniProt 1733–1741 链 J; UniProt 1733–1741 链 K; UniProt 1340–1356 链 L; UniProt 1340–1356 未记录 SO4 SULFATE ION × 28 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;1.34M Ammonium sulfate 0.67%(v/v) MPD 0.1M HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5 分辨率 2.46 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCOR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–11; UniProt 1733–1741 作者链 B; PDB构建体 3–11; UniProt 1733–1741 作者链 E; PDB构建体 3–11; UniProt 1733–1741 作者链 F; PDB构建体 3–11; UniProt 1733–1741 作者链 I; PDB构建体 3–11; UniProt 1733–1741 作者链 J; PDB构建体 3–11; UniProt 1733–1741 作者链 C; PDB构建体 1–17; UniProt 1340–1356 作者链 D; PDB构建体 1–17; UniProt 1340–1356 作者链 G; PDB构建体 1–17; UniProt 1340–1356 作者链 H; PDB构建体 1–17; UniProt 1340–1356 作者链 K; PDB构建体 1–17; UniProt 1340–1356 作者链 L; PDB构建体 1–17; UniProt 1340–1356

Nuclear receptor corepressor 1,B-cell lymphoma 6 protein

Homo sapiens

UniProt P41182

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 6–129 链 B; UniProt 6–129 链 E; UniProt 6–129 链 F; UniProt 6–129 链 I; UniProt 6–129 链 J; UniProt 6–129 未记录 Nuclear receptor corepressor 1 × 6 (O75376) SO4 SULFATE ION × 28 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;298 K;1.34M Ammonium sulfate 0.67%(v/v) MPD 0.1M HEPES/ Sodium hydroxide pH 7.5 分辨率 2.46 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 245 个其他 PDB 条目、265 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BCL6_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–137; UniProt 6–129 作者链 B; PDB构建体 14–137; UniProt 6–129 作者链 E; PDB构建体 14–137; UniProt 6–129 作者链 F; PDB构建体 14–137; UniProt 6–129 作者链 I; PDB构建体 14–137; UniProt 6–129 作者链 J; PDB构建体 14–137; UniProt 6–129

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zbu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zbu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zbu
沉积日期 deposition_date2020-06-09
结构标题 titleCrystal structure of an NCoR1BBD2-BCL6BTB chimera in complex with the NcoR1 BBD1 corepressor peptide
关键词 keywordsBCL6, NCoR1., TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.33
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.51
零角强度 I(0) i0180796000.00
分子量 molecular_weight104630.0 kDa
排除体积 excluded_volume129420 ų
包络体积 envelope_volume172410 ų
水化壳体积 shell_volume39387 ų
包络直径 envelope_diameter145.7
壳层 Rg shell_rg41.34
包络 Rg envelope_rg39.06
形状 Rg shape_rg38.52
总 Rg total_rg38.65
总原子数 total_atoms7276
残基数 n_residues883
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax136.6
Rg (实空间) rg_real38.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.13
I(0) (实空间) i0_real1.8080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.9470e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.44
I(0) (倒空间) i0_reciprocal180800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6036
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary30.0
偏度 Skewness skewness0.405
峰度 Kurtosis kurtosis-0.479
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0010
最高正则化参数 α highest_alpha85780000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.714; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.731; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)