6zej

Structure of PP1-Phactr1 chimera [PP1(7-304) + linker (SGSGS) + Phactr1(526-580)]

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 155.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Phosphatase and actin regulator

Homo sapiens

UniProt P62136

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
5 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
6 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 7–304 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 45 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PP1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304 作者链 D; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304 作者链 F; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304 作者链 I; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304 作者链 L; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304 作者链 O; PDB构建体 6–303; UniProt 7–304

Serine/threonine-protein phosphatase PP1-alpha catalytic subunit,Phosphatase and actin regulator

Homo sapiens

UniProt Q4VY12

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 90–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 90–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 90–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 90–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
5 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 90–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271
6 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 90–144 突变:N-terminal Vector derived sequence GHMGS MN MANGANESE (II) ION × 2 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.4;293 K;20% PEG 3350, 0.2M Potassium Citrate 分辨率 1.78 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q4VY12_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 309–363; UniProt 90–144 作者链 D; PDB构建体 309–363; UniProt 90–144 作者链 F; PDB构建体 309–363; UniProt 90–144 作者链 I; PDB构建体 309–363; UniProt 90–144 作者链 L; PDB构建体 309–363; UniProt 90–144 作者链 O; PDB构建体 309–363; UniProt 90–144

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zej

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zej
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zej
沉积日期 deposition_date2020-06-16
结构标题 titleStructure of PP1-Phactr1 chimera [PP1(7-304) + linker (SGSGS) + Phactr1(526-580)]
关键词 keywordsPP1, Phosphatase, Phactr, RPEL, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.18
零角强度 I(0) i0830679000.00
分子量 molecular_weight238070.0 kDa
排除体积 excluded_volume297420 ų
包络体积 envelope_volume393270 ų
水化壳体积 shell_volume72526 ų
包络直径 envelope_diameter167.7
壳层 Rg shell_rg49.22
包络 Rg envelope_rg45.62
形状 Rg shape_rg46.18
总 Rg total_rg46.32
总原子数 total_atoms32870
残基数 n_residues2094
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax155.4
Rg (实空间) rg_real46.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.36
I(0) (实空间) i0_real8.3070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal830600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8737
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary59.4
偏度 Skewness skewness0.338
峰度 Kurtosis kurtosis-0.287
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha77400000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.738

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id6zejA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6zejD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6zejF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6zejI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6zejL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases
结构域编号 domain_id6zejO01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Metallo-dependent phosphatases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)