SAXSdb — 6zig

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor binding protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Distal tail protein × 12 （D3WAD3） Baseplate protein gp16 × 3 （D3KFX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RBP_BPLP2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 C； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 D； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 E； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 F； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 G； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 H； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 I； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 J； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 K； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 L； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 M； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 N； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 O； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 P； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 Q； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 R； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

Distal tail protein

物种未注明

UniProt D3WAD3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Receptor binding protein × 18 （Q71AW2） Baseplate protein gp16 × 3 （D3KFX4）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DIT_BPLP2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 3； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 4； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 5； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 6； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 7； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 S； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 T； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 U； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 V； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 W； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298 作者链 X； PDB构建体 1–298； UniProt 1–298

Baseplate protein gp16

物种未注明

UniProt D3KFX4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 33	Receptor binding protein × 18 （Q71AW2） Distal tail protein × 12 （D3WAD3）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GP16_BPLP2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 Y； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375 作者链 Z； PDB构建体 1–375； UniProt 1–375

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zig
沉积日期 deposition_date	2020-06-26
结构标题 title	Topological model of the p2 virion baseplate in activated conformation (closed Tal trimer)
关键词 keywords	lactococcal siphophage p2, baseplate, receptor-binding protein, Distal Tail protein, Tail-associated lysin, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6zig__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6zig__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6zig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	82.36 Å
Rg（电子密度）	81.82 Å
总 Rg	81.73 Å
原子数	0
残基数	0
排除体积	1288100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6zig__assembly_1__model_1`	33-meric （33）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Receptor binding protein
分子量 formula_weight	28668.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	18

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R
原子数 atom_count	9435

MTIKNFTFFSPNSTEFPVGSNNDGKLYMMLTGMDYRTIRRKDWSSPLNTALNVQYTNTSIIAGGRYFELLNETVALKGDSVNYIHANIDLTQTANPVSLSAETANNSNGVDINNGSGVLKVCFDIVTTSGTGVTSTKPIVQTSTLDSISVNDMTVSGSIDVPVQTLTVEAGNGLQLQLTKKNNDLVIVRFFGSVSNIQKGWNMSGTWVDRPFRPAAVQSLVGHFAGRDTSFHIDINPNGSITWWGANIDKTPIATRGNGSYFIK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Distal tail protein
分子量 formula_weight	34512.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T,U,V,W,X,2,3,4,5,6,7

MVRQYKIHTNLDGTDDKVWDVTNGKVRFYQPSNLGLQSTNNIWQSNGIGVMGTRSITQPQIEFKLETFGESLEENYQLMKDFVNDILSKKFVTLEYQTEIFQVYADLALADVTKTEGYGKNGTFSEKITFDIITKWYTYENLTFDKIQNGKVIAGMSKIYGGTAPGNYKYIKGTSYTYYGESDIDRLSRWDIKEEIFSFMGILYPKLPKTPAGVRFLDDIGNEYTAIVFKTEQVQDYILINTDVNDETYQGWKGTTALNLFPVMDFERYRTRIIEKGQMELINLSKAEFKIKRKADFV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Baseplate protein gp16
分子量 formula_weight	42883.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,Z,1

MLEANVYDNFNPNYYNISDFSMPNGKKEKRGLPIPKARCQVINYELWETGYLYTSSATLTVSVEVGDIVQILFPEVVPIEEALGKKKKLNLDMVYLVTDVDESNKATLKNYFWAMIESLDVPNAITKTTNFAIIDYLIDPNKNNLMSYGYFFNSSIFAGKATINRKAETSSAHDVAKRIFSKVQFQPTTTIQHAPSETDPRNLLFINFASRNWNRKRITTRVDIKQSVTMDTETIVERSAYNFAVVFVKNKATDDYTDPPKMYIAKNNGDVIDYSTYHGDGTDLPDVRTAKTLFYDRDDHGNPPELSTIKVEISPSTIVTRLIFNQNELLPLYVNDLVDIWYEGKLYSGYIADRVKTEFNDRLIFVESGDKPNVI

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分辨率 resolution	42.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	68

Topological model of the p2 virion baseplate in activated conformation (closed Tal trimer)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Distal tail protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Baseplate protein gp16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zig__assembly_1__model_1

6zig__assembly_1__model_1 | I(q)

6zig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Topological model of the p2 virion baseplate in activated conformation (closed Tal trimer)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Receptor binding protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Distal tail protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Baseplate protein gp16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6zig__assembly_1__model_1

6zig__assembly_1__model_1 | I(q)

6zig__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)