SAXSdb — 6zov

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enteropeptidase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 785–1019	片段：CATALYTIC DOMAIN	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 785–1019	片段：CATALYTIC DOMAIN	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 785–1019	片段：CATALYTIC DOMAIN	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 785–1019	片段：CATALYTIC DOMAIN	GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.25；293 K；PEG20000	分辨率 2.19 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6ZOV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
4DGJ Structure of a human enteropeptidase light chain variant 提交 2012-01-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 785–1019（235 aa）	突变：N6D, G21D, G22D, C112S, N142D, K210E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.1 M HEPES, 16% PEG 10000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 1.90 Å R-free 0.210
7WQW Structure of Active-EP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–784（261 aa）链 B 785–1019（235 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7WQX Structure of Inactive-EP 提交 2022-01-26	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 519–1019（501 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
7WQZ Structure of Active-mutEP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–784（261 aa）链 B 785–1019（235 aa）	突变：H825A, D876A, S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
7WR7 Structure of Inhibited-EP 提交 2022-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–784（261 aa）链 B 785–1019（235 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 GBS 4-carbamimidamidobenzoic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8H3S Substrate-bound EP, polyA model 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 183–784（602 aa）链 B 785–1019（235 aa）	突变：H825A, D876A, S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
8H3U Inhibitor-bound EP, polyA model 提交 2022-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 183–784（602 aa）链 B 785–1019（235 aa）	突变：H825A,D876A,S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
8ZI4 Cryo-EM structure of wtEP-trypsinogen 提交 2024-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8ZIV wtEP-trypsinogen in Tryp-1 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.95 Å
8ZIW enteropeptidase with E574A 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 501–784（284 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：E574A 突变：H825A/D876A/S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.92 Å
8ZIY trypsinogen-EP-E574A 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：E574A 突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
8ZIZ enteropeptidase with N619A 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 509–784（276 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：N619A 突变：H825A/D876A/S971A	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.89 Å
8ZJ4 trypsinogen-EP-N619A 提交 2024-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 182–784（603 aa）链 D 785–1019（235 aa）	突变：N619A 突变：H825A/D876A/S971A	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.67 Å

共 13 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENTK_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–235； UniProt 785–1019 作者链 B； PDB构建体 1–235； UniProt 785–1019 作者链 C； PDB构建体 1–235； UniProt 785–1019 作者链 D； PDB构建体 1–235； UniProt 785–1019

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6zov
沉积日期 deposition_date	2020-07-07
结构标题 title	ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6
关键词 keywords	PEPTIDASE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.61 Å
零角强度 I(0) i0	187639000.00
分子量 molecular_weight	106350.0 kDa
排除体积 excluded_volume	131750 Å³
包络体积 envelope_volume	164720 Å³
水化壳体积 shell_volume	43689 Å³
包络直径 envelope_diameter	94.3 Å
壳层 Rg shell_rg	38.61 Å
包络 Rg envelope_rg	30.36 Å
形状 Rg shape_rg	30.61 Å
总 Rg total_rg	31.29 Å
总原子数 total_atoms	7474
残基数 n_residues	938
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	92.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.19 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6360e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	187700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7143
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	44.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.686
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	121200000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.169; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.882

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enteropeptidase
分子量 formula_weight	26379.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.9
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8003

IVGGSDAKEGAWPWVVGLYYDDRLLCGASLVSSDWLVSAAHCVYGRNLEPSKWTAILGLHMKSNLTSPQTVPRLIDEIVINPHYNRRRKDNDIAMMHLEFKVNYTDYIQPISLPEENQVFPPGRNCSIAGWGTVVYQGTTADILQEADVPLLSNERCQQQMPEYNITENMICAGYEEGGIDSCQGDSGGPLMCQENNRWFLAGVTSFGYECALPNRPGVYARVSRFTEWIQSFLH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	4-carbamimidamidobenzoic acid
分子量 formula_weight	179.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	451

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6zova_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6zovb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6zovc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6zovd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6zovA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6zovB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6zovC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6zovD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.925 Å
晶胞边长 b length_b	147.517 Å
晶胞边长 c length_c	147.518 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	104.310 Å
R 因子 r_factor	0.2268
R_work r_work	0.2262
R_free r_free	0.2504

fit	/app/data/saxs_computation/zo/6zov/6zov.fit
pddf	/app/data/pr_computation/zo/6zov/6zov.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/zo/6zov/6zov.dat

ENTEROPEPTIDASE IN COMPLEX WITH COMPOUND 6