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X-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-P174L LABELED WITH A CHLOROALKANE-TETRAMETHYLRHODAMINE FLUOROPHORE SUBSTRATE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 56.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Haloalkane dehalogenase

Rhodococcus sp.

UniProt P0A3G3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 4–293 未记录 OEH [9-[2-carboxy-5-[2-[2-(6-chloranylhexoxy)ethoxy]ethylcarbamoyl]phenyl]-6-(dimethylamino)xanthen-3-ylidene]-dimethyl-azanium × 1 CL CHLORIDE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;0.1 M MES pH 6.0, 1.0 M lithium chloride, 20% (m/v) PEG 6000 分辨率 1.40 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 41 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DHAA_RHOSO
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–291; UniProt 4–293

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6zvu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6zvu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6zvu
沉积日期 deposition_date2020-07-27
结构标题 titleX-RAY STRUCTURE OF THE HALOALKANE DEHALOGENASE HALOTAG7-P174L LABELED WITH A CHLOROALKANE-TETRAMETHYLRHODAMINE FLUOROPHORE SUBSTRATE
关键词 keywordsHALOALKANE DEHALOGENASE, HALO, TAG, HALOTAG7, SELF-LABELING PROTEIN, FLUOROPHORE, TETRAMETHYLRHODAMINE, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.62
零角强度 I(0) i018079300.00
分子量 molecular_weight33919.0 kDa
排除体积 excluded_volume42988 ų
包络体积 envelope_volume45892 ų
水化壳体积 shell_volume20889 ų
包络直径 envelope_diameter58.8
壳层 Rg shell_rg24.83
包络 Rg envelope_rg17.89
形状 Rg shape_rg17.61
总 Rg total_rg18.63
总原子数 total_atoms2402
残基数 n_residues293
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax56.6
Rg (实空间) rg_real18.88
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.24
I(0) (实空间) i0_real1.8080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.1110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.90
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8239
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary55.8
偏度 Skewness skewness0.039
峰度 Kurtosis kurtosis-0.469
角度范围 angular_range— – 0.4150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6895000.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.966; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6zvuA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)